New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1791893 | 45 (0.920) | 3 (0.060) | 3/252 | NT | 6.3% | coding (543/1359 nt) | rseP | regulatory intramembrane protein RIP |
? | NC_002947 | = 1791932 | 46 (0.980) | coding (582/1359 nt) | rseP | regulatory intramembrane protein RIP |
GCTGACCGCGGGTCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCGAAGGGGCCGGCTGCCGCTGCGGGCCTG > NC_002947/1791785‑1792076 | gCTGACCGCGGGTCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGc > 3:208630‑M2/1‑148 (MQ=255) gCTGACCGCGGGTCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGGCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGCACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGc > 8:261182‑M2/1‑148 (MQ=255) aCCGCGGGTCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACGTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGctg < 2:230888‑M2/147‑4 (MQ=255) aCCGCGGGTCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGctg < 2:234828‑M2/147‑4 (MQ=255) ccGCGGGTCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAg < 1:297972/149‑1 (MQ=255) cgGGTCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTc < 3:188662/149‑1 (MQ=255) gTCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTGTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAg > 2:104632/1‑149 (MQ=255) gTCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAg > 4:221765/1‑149 (MQ=255) tCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGc < 1:13948/149‑1 (MQ=255) aGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTg > 3:240287/1‑149 (MQ=255) gTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTTCAGCTGGTTCGTCGTCTGGTCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTTCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGtt < 5:1046/148‑1 (MQ=255) gTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGtt < 7:36553/148‑1 (MQ=255) gTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGtt < 1:144869/148‑1 (MQ=255) tttCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAgg > 5:119660/1‑132 (MQ=255) tttCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAgg < 6:119660/132‑1 (MQ=255) tttCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTgg < 1:27/149‑1 (MQ=255) ttCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTgg < 2:2659/148‑1 (MQ=255) gtgGATGGAAATACGACCAACGGTTCGTCGGCGGTCAATTTGCATATGGTTCGTACTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGTCGTGCGCGATGAGGGCGAAAGCGCCGAGCGCCAGCTGAAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCa > 1:161640/1‑148 (MQ=255) tGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGgcg > 8:199695/1‑149 (MQ=255) atcAACTGTTGGTCGGCTGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGAGGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTg < 8:112914/118‑1 (MQ=255) aCCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTg > 7:112914/1‑120 (MQ=255) aCGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGctg < 2:293316‑M2/104‑4 (MQ=255) gTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGAccc > 3:216829/1‑148 (MQ=255) tCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTc > 5:294198/1‑148 (MQ=255) aTTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTgggg < 4:240287/149‑1 (MQ=255) ttGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGcc < 6:288407/117‑1 (MQ=255) ttGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGcc > 5:288407/1‑117 (MQ=255) catcgggTTCGTCGTCAGGTCGAGACCGGTTCCTTGCATATTGGGGTGCGCGATGTGGGCGGCAGCGGCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTTGACCAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTg < 1:230888/143‑1 (MQ=255) cAGCTTGTTCGTCGTATGGTCGAGATCTGTAACTTGCATATTGGCTTGCGCGATGAGGGCGCCAGCTCCGAGCGCCATCTGCATGTCAACCTTGACCAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTg < 1:234828/148‑1 (MQ=255) cAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTgg > 2:244444/1‑102 (MQ=255) cAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTgg < 1:244444/102‑1 (MQ=255) gTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCtt < 3:221765/148‑1 (MQ=255) tcgtcTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGcc > 4:180381/1‑149 (MQ=255) ggCGAGAGCGGTACCTTGCAGTTTGGCGTTCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGTA‑CAGTTGTCTCAAGGTCGCCTACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGTGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGAt < 2:161640/149‑1 (MQ=255) ggCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGccc < 3:249055/143‑1 (MQ=255) ggCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGccc > 4:249055/1‑143 (MQ=255) ggCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGa < 6:294198/148‑1 (MQ=255) cGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCgg > 5:127885/1‑149 (MQ=255) cTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTgg > 8:156363/1‑149 (MQ=255) ttGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGctgcaaggtaccgctctcgcccagacgacgaaccagctgcaaattgaccgccgaccaaccgttggtcggcttgccatccacagaaacaatttcctgacccgcgg < 7:208914‑M2/149‑105 (MQ=255) gCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGctgcaaggtaccgctctcgcccagacgacgaaccagctgcaaattgaccgccgaccaaccgttggtcggcttgccatccacagaaacaatttcctgacccgcggt < 6:169626‑M2/148‑106 (MQ=255) gCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGcc > 7:186768/1‑148 (MQ=255) agctgggCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTGGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCCAGCACCGGGGTGATCGCCggg < 7:45066/144‑3 (MQ=255) aGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCgag < 1:104632/149‑1 (MQ=255) aTTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGcc > 4:153280/1‑144 (MQ=255) tGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGctgcaaggtaccgctctcgcccagacgacgaaccagctgcaaattgaccgccgaccaaccgttggtcggcttgccatccacagaaacaatttcctgacccgcggtcagccctgcaga > 5:169626‑M2/1‑32 (MQ=255) tGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCg < 6:127885/149‑1 (MQ=255) gATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCGAAggg > 1:97800/1‑149 (MQ=255) gATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCGAAgg > 7:64634/1‑148 (MQ=255) aTGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTgcg < 8:293209/97‑1 (MQ=255) aTGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTgcg > 7:293209/1‑97 (MQ=255) tGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCGAAgg < 8:64634/146‑1 (MQ=255) gggCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCGAAGGGGCCgg > 3:275838/1‑149 (MQ=255) gggCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCGAAGGGGCCgg > 2:47722/1‑149 (MQ=255) ggCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCg > 2:11076/1‑117 (MQ=255) ggCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCg < 1:11076/117‑1 (MQ=255) gcCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCGAAGGGGCCGGCtac < 1:47722/149‑3 (MQ=255) cGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCGAAGGGGCCGGCTGCCGCTGCgg < 7:199695/149‑1 (MQ=255) gcCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCGAAGGGGCCGGCTGCCGCTGCGGGCCTg < 4:216829/149‑1 (MQ=255) | GCTGACCGCGGGTCAGGAAATTGTTTCTGTGGATGGCAAGCCGACCAACGGTTGGTCGGCGGTCAATTTGCAGCTGGTTCGTCGTCTGGGCGAGAGCGGTACCTTGCAGATTGGCGTGCGCGATGAGGGCGCCAGCGCCGAGCGCCAGCTGCAGGTCAAGCTGGA‑CAGTTGGCTCAAGGGCGCCGACGAGCCGGACCCGATTCAATCCCTGGGGCTGCGCCCTTGGCGCCCGGCGATCACCCCGGTGCTGGCCGAGATCGATCCGAAGGGGCCGGCTGCCGCTGCGGGCCTG > NC_002947/1791785‑1792076 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |