New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2600997 = | 53 (1.080) | 4 (0.090) | 4/246 | NT | 8.5% | coding (474/1575 nt) | PP_2279 | head‑to‑tail joining protein |
? | NC_002947 | 2601059 = | 36 (0.780) | coding (536/1575 nt) | PP_2279 | head‑to‑tail joining protein |
TTGAGTTGCTCAAGCATTTGATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAGAACGTCTCGATCTACACCCACATCACCCTCAAGGGTGAGACCTGGAACGTG > NC_002947/2600918‑2601201 | ttGAGTTGCTCAAGCATTTGATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGtc > 5:76612/1‑149 (MQ=255) ttGAGTTGCTCAAGCATTTGATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGt < 4:90199/148‑1 (MQ=255) ttGAGTTGCTCAAGCATTTGATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGt < 2:225082/148‑1 (MQ=255) aGTTGCTCAAGCATTTGATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTcc > 6:76793/1‑149 (MQ=255) gTTGCTCAAGCATTTGATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTcc‑c > 4:280140/1‑149 (MQ=255) tCAAGCATTTGATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCg > 1:195462/1‑149 (MQ=255) cAAGCATTTGATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCgg > 7:55979/1‑149 (MQ=255) aTTTGATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCCTCTGGCAGTAcc > 1:33444/1‑148 (MQ=255) gATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGTGACCTGCCCCAGCAGGGAGGAATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCa > 1:2426/1‑149 (MQ=255) aTTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCaga < 7:182710/149‑1 (MQ=255) tgttgGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCagag > 7:34238/1‑148 (MQ=255) tgttgGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCagag < 6:76612/148‑1 (MQ=255) tcgccaggctcgactaatgaccgggcctcctctggcagtaccgccagggagacctcctCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAaggagga < 8:144538‑M1/66‑1 (MQ=255) tcgccaggctcgactaatgaccgggcctcctctggcagtaccgccagggagacctcctCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAaggagga > 7:144538‑M1/59‑124 (MQ=255) ttgGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAgaggag > 2:90443/1‑149 (MQ=255) ttgGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAgagga < 7:76072/148‑1 (MQ=255) ttgGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAgagga < 3:138965/148‑1 (MQ=255) tgGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAgaggag < 8:55979/148‑1 (MQ=255) gcggcAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCCTCTGGCAGTACCGCCagggagacc < 2:33444/149‑8 (MQ=255) gcggcAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCCTCTGGCAGTACCGCCagggagacc < 8:109575/149‑8 (MQ=255) gcggcAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGcc < 3:280140/149‑1 (MQ=255) tgtgT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGTTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTc > 8:210874/1‑148 (MQ=255) gtgt‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTc > 4:151682/1‑147 (MQ=255) t‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTcatcgc > 6:214650/1‑144 (MQ=255) ccTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTg < 3:151682/149‑1 (MQ=255) ccTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATAGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTg > 2:4846/1‑149 (MQ=255) ggcggcATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCgg < 8:34238/149‑1 (MQ=255) cTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCga < 8:280375/148‑1 (MQ=255) cTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCga < 1:4846/148‑1 (MQ=255) tcctccttgaccacgatgtccaggacgttgcccattgggtcacgccggaccacgtagcggtcaaggAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGa < 8:144538‑M2/58‑1 (MQ=255) tcctccttgaccacgatgtccaggacgttgcccattgggtcacgccggaccacgtagcggtcaaggAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGa > 7:144538‑M2/67‑124 (MQ=255) cccccTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGAc < 2:195462/148‑1 (MQ=255) ccccTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCa > 8:139918/1‑149 (MQ=255) TTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATaa < 2:212513‑M1/148‑1 (MQ=255) tCCGCTACGTGGTCCGGCGTGTCCCAATGGGCAACGTGCTGGACATCGTGGTTAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGGCATTACTCGTGCCTTGCGATTACTCCGGCGACAACCCCCGAGACCATAACaa > 2:2426‑M1/2‑148 (MQ=255) accacgatgtccaggacgttgcccattgggtcacgccggaccacgtagcggtcaaggAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAAc > 1:19469‑M2/58‑146 (MQ=255) accacgatgtccaggacgttgcccattgggtcacgccggaccacgtagcggtcaaggAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAg < 2:19469‑M2/92‑1 (MQ=255) CCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGcc < 5:96906‑M1/108‑1 (MQ=255) CCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGcc > 6:96906‑M1/1‑108 (MQ=255) gTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATaa > 4:184632/1‑137 (MQ=255) gTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAGAACGTCTCGAt < 7:139918/149‑1 (MQ=255) cGGCGTTTCCCAATTGGCAACGTCCTGGACATCTTTGTCAAGGAGGATGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTATTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAGAACGTCTCGATCt < 5:76793/148‑1 (MQ=255) cAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAGAACGTCTCGATCTACACCCACAt > 2:15611/1‑148 (MQ=255) cTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAGAACGTCTCGATCTACACCCACATCACCCTCACggtt > 2:98805/1‑145 (MQ=255) cTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAGAACGTCTCGATCTACACCCACATCACCCTCAAGGGTg < 1:212513/148‑1 (MQ=255) cATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAGAACGTCTCGATCTACACCCACATCACCCTTGAGGGTgatgtgg < 1:73980/149‑6 (MQ=255) aTCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAGAACGTCTCGATCTACACCCACATCACCCTCAAGGGTGAGACCTg < 1:90443/149‑1 (MQ=255) ggTGGTCTAGGTGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCGTGGCGATGAGTCCGGCGACACCCCCCGAGTACATTACAAGAACGTCTCGATCTACACCCACATCAGCCTTGAGGGTgatgtgg < 7:106800/145‑6 (MQ=255) tcaaggAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAGAACGTCTCGATCTACACCCACATCACCCTCAAGGGTGAGACCTGGAACgtg < 1:15611‑M2/143‑1 (MQ=255) | TTGAGTTGCTCAAGCATTTGATTGTTGGCGGCAACGGCCTTGTGT‑ACCTGCCCCAGCAGGGCGGCATGAAGTTCTACCCCCTTGACCGCTACGTGGTCCGGCGTGACCCAATGGGCAACGTCCTGGACATCGTGGTCAAGGAGGAGGTCTCC‑CTGGCGGTACTGCCAGAGGAGGCCCGGTCATTAGTCGAGCCTGGCGATGACTCCGGCGACACCCCCCGAGACCATAACAAGAACGTCTCGATCTACACCCACATCACCCTCAAGGGTGAGACCTGGAACGTG > NC_002947/2600918‑2601201 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |