New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3214112 = | 49 (1.000) | 4 (0.080) | 4/254 | NT | 8.4% | coding (27/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
? | NC_002947 | 3214140 = | 40 (0.840) | coding (55/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
GTCGGCAGCCCCGCAGGGTTGGCCCCCGGTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAA > NC_002947/3213996‑3214283 | gtcgGCAGCCCCGCAGGGTTGGCCCCCGGTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCAttt < 2:95575/148‑1 (MQ=255) tcgGCAGCCCCGCAGGGTTGGCCCCCGGTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCa < 5:110367/149‑1 (MQ=255) cAGCCCCGCAGGGTTGGCCCCCGGTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTgg > 5:58625/1‑149 (MQ=255) ccGCAGGGTTGGCCCCCGGTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGACCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAAATTCGCCTGGGTCGTGGCGTTTTTAATTTCACTGGACGGt > 7:211718/1‑149 (MQ=255) ggTTGGCCCCCGGTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCAAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTg > 1:88492/1‑149 (MQ=255) gccggggtaggaggcggtgatggagatctgcggtggcgccacgttggggtactgggccacgggcaaggatggaatcaccagcaaaccggccagtgaaatGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTg > 1:107804‑M1/100‑136 (MQ=255) gccggggtaggaggcggtgatggagatctgcggtggcgccacgttggggtactgggccacgggcaaggatggaatcaccagcaaaccggccagtgaaatGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTg < 2:107804‑M1/37‑1 (MQ=255) ggCCCCCGGTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGc < 1:1380/143‑1 (MQ=255) ggCCCCCGGTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGc > 2:1380/1‑143 (MQ=255) cGGTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCAt < 3:206025/149‑1 (MQ=255) ggTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAATCAATCGTCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGGCGGTTTGCTGGTGATTCCATc < 2:286097/149‑1 (MQ=255) cccGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATcc < 4:32488/144‑1 (MQ=255) cccGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCtagat > 3:32488/1‑145 (MQ=255) ccGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGccc < 2:88492/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGt < 4:280965/120‑1 (MQ=255) gcgcCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGt > 3:280965/1‑120 (MQ=255) gcgcCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTgg < 2:102777/148‑1 (MQ=255) cgcCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGcc < 6:58625/149‑1 (MQ=255) gcCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGcc > 5:113347/1‑148 (MQ=255) cTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTg > 8:185238/1‑125 (MQ=255) cTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTg < 7:185238/125‑1 (MQ=255) gcAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTgg > 2:77470/1‑119 (MQ=255) gcAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTgg < 1:77470/119‑1 (MQ=255) aGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCCAGATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCAGTGGCCGGTTTGATGGTGATTCCATCCTTGCCCTTGGCCCAGTccc > 1:242372/1‑149 (MQ=255) aGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTAccc > 7:228088/1‑148 (MQ=255) acGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGgc < 4:80377/149‑1 (MQ=255) cgttggggtactgggccacgggcaaggatggaatcaccagcaaaccggccagtgaaatgaacttcgcctgggtcgtggcgttgttcATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGcc < 3:213960‑M2/38‑1 (MQ=255) cgttggggtactgggccacgggcaaggatggaatcaccagcaaaccggccagtgaaatgaacttcgcctgggtcgtggcgttgttcATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGcc > 4:213960‑M2/87‑124 (MQ=255) tGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCAc > 2:98315/1‑149 (MQ=255) cccAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCTGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAg < 8:228088/149‑1 (MQ=255) cccAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCa < 6:94928/143‑1 (MQ=255) cccAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCa > 5:94928/1‑143 (MQ=255) tGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGAtctc < 6:46587/149‑1 (MQ=255) aGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCAcc > 2:63749/1‑149 (MQ=255) ggcaaggatggaatcaccagcaaaccggccagtgaaatGAACAACGCCACGACCCAGGCGAAGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACg < 3:213960‑M1/86‑1 (MQ=255) ggcaaggatggaatcaccagcaaaccggccagtgaaatGAACAACGCCACGACCCAGGCGAAGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACg > 4:213960‑M1/39‑124 (MQ=255) aGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGcctc < 1:63749/149‑1 (MQ=255) cAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGgcg > 3:285592/1‑149 (MQ=255) ttcttcATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTc > 7:30219/1‑149 (MQ=255) atcc‑‑atcGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCtt < 7:83621/74‑1 (MQ=255) atcc‑‑atcGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCtt > 8:83621/1‑74 (MQ=255) atcc‑‑atcGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCaa < 6:113347/149‑1 (MQ=255) tcc‑‑atcGCCCGTACTTGGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAg < 7:134678/149‑1 (MQ=255) tcc‑‑atcGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAg > 7:217820/1‑149 (MQ=255) cagtgaaatgaacaacgccacgacccaggcgaagttcATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGgc < 2:107804‑M2/99‑1 (MQ=255) cagtgaaatgaacaacgccacgacccaggcgaagttcATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGgc > 1:107804‑M2/38‑136 (MQ=255) gCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGTTTGTATCCTTGCTGTTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAt < 1:98315/148‑1 (MQ=255) cccGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAtgg < 1:88882/149‑1 (MQ=255) ccTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGt > 7:37486/1‑148 (MQ=255) cGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCatcatc < 8:37486/149‑1 (MQ=255) gttgttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCatcatc > 8:4708/1‑148 (MQ=255) gttcATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGaa < 7:4708‑M2/144‑1 (MQ=255) | GTCGGCAGCCCCGCAGGGTTGGCCCCCGGTATGCCCGTTGCGCCTGCGCAGAAACAAACGGCTGCCGCCCAGTGATGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCC‑‑ATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAA > NC_002947/3213996‑3214283 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |