| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 478261 = | 37 (0.650) | 3 (0.070) | 3/200 | NT | 11.0% | intergenic (+9/+101) | PP_0393/cca | 2‑amino‑4‑hydroxy‑6‑ hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase |
| ? | NC_002947 | 478356 = | 20 (0.460) | intergenic (+104/+6) | PP_0393/cca | 2‑amino‑4‑hydroxy‑6‑ hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase/multifunctional tRNA nucleotidyltransferase/2',3'‑cyclic phosphodiesterase/2' nucleotidase/phosphatase | |||||
GTTGCTGGCGCCCGACCTGGTGCATCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTT > NC_002947/478120‑478406 | gTTGCTGGCGCCCGACCTGGTGCATCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCctct > 7:156200/1‑149 (MQ=255)cctgcgaggcgcagcagcggcggcgcgagcggtggatgtgaagccgttggtgcaagccgggctgaccggtcaggcactgggcgaagcactcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCctc < 8:188795‑M1/7‑1 (MQ=255)cctgcgaggcgcagcagcggcggcgcgagcggtggatgtgaagccgttggtgcaagccgggctgaccggtcaggcactgggcgaagcactcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCctc < 6:32765‑M1/7‑1 (MQ=255) gcgaggcgcagcagcggcggcgcgagcggtggatgtgaagccgttggtgcaagccgggctgaccggtcaggcactgggcgaagcactcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTc < 1:147679‑M1/10‑1 (MQ=255) cgagccgcagcagcggcggcgcgagcggtggatgtgaagccgttggtgcaagccgggctgaccggtcaggcactgggcgaagcactcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTcg < 4:115999‑M1/11‑1 (MQ=255) ggCGCCCGACCTGGTGCATCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCgg > 7:88246/1‑149 (MQ=255) ggcgcagcagcggcggcgcgagcggtggatgtgaagccgttggtgcaagccgggctgaccggtcaggcactgggcgaagcactcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCgg > 6:197162‑M1/136‑149 (MQ=255) cccGACCTGGTGCATCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTa > 4:209380/1‑148 (MQ=255) gACCTGGTGCATCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑Acc < 8:156200/149‑1 (MQ=255) gACCTGGTGCATCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑Acc > 8:135492/1‑149 (MQ=255) gcggcggcgcgagcggtggatgtgaagccgttggtgcaagccgggctgaccggtcaggcactgggcgaagcactcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCg < 7:105325‑M1/23‑1 (MQ=255) tGCATCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑Aaccccgcc > 5:32765/1‑143 (MQ=255) tGCATCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCATCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTcg > 5:155322/1‑147 (MQ=255) gCATCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTa > 2:236694/1‑149 (MQ=255) aTCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTac > 3:116002/1‑148 (MQ=255) ggTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACggg < 3:154998/149‑1 (MQ=255) ggTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACggg < 4:111494/149‑1 (MQ=255) ggCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑Ac > 3:57917/1‑127 (MQ=255) ggCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑Ac < 4:57917/127‑1 (MQ=255) gCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCAGGAACGATCAGGTACTGGCCACCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGATCATACGACGGGCTGAGc > 1:48059/1‑149 (MQ=255) cATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACctc < 4:116002/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAACACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGa < 1:236694/149‑1 (MQ=255) gCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCt > 6:32446/1‑149 (MQ=255) aGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGt < 8:88246/149‑1 (MQ=255) ggAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTa < 4:329760/149‑1 (MQ=255) ggAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTa < 7:311379/149‑1 (MQ=255) cgcA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGc < 5:32446/149‑1 (MQ=255) cggtcaggcactgggcgaagcactcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGc > 7:188795‑M1/77‑149 (MQ=255) gatcAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTa < 3:209380/148‑1 (MQ=255) aGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGAtgtgt < 8:226879/122‑1 (MQ=255) aGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGAtgtgt > 7:226879/1‑122 (MQ=255) tGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAg < 8:294499/127‑1 (MQ=255) tGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAg > 7:294499/1‑127 (MQ=255) ctcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACTGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCggg > 3:236455‑M1/55‑130 (MQ=255) ctcaaaggtgaacggctgaaagcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCggg < 4:236455‑M1/76‑1 (MQ=255) ccGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTACTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGGAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCggg > 4:305981/1‑148 (MQ=255) tttGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGt > 1:279158/1‑121 (MQ=255) tttGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGt < 2:279158/121‑1 (MQ=255) gcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑Acc < 1:217406‑M1/21‑1 (MQ=255) gcgctcgaggcttaccagcgcggttagacctacCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑Acc > 2:217406‑M1/34‑54 (MQ=255) gCAGTTGACGCCCGCCTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAAc < 6:43448/74‑1 (MQ=255) gCAGTTGACGCCCGCCTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAAc > 5:43448/1‑74 (MQ=255) gTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAg > 6:100030/1‑149 (MQ=255) aCGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCt > 1:23470/1‑149 (MQ=255) aCGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCt > 2:294041/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTTGAGCCTTTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑CCCCGCTCCTACGAGGGGCTGAGCCCAACCTCTTATGTGTGCCCCCTTTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCttt < 6:155322/149‑1 (MQ=39) gCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCt > 7:182137/1‑56 (MQ=255) gCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCt < 8:182137/56‑1 (MQ=255) aTCGGCCTCTCCGCGGTTAA‑CCCCGCTCCAACGCCGGGCTCAGCCCAACCTCTGTTGTGTGCCCCCTGTTGGAGCGGGTTAACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCttt < 4:127125/148‑1 (MQ=255) | GTTGCTGGCGCCCGACCTGGTGCATCCGGGTGTGGGCAAGTGCATGGCGCAGCTGTGGCAGGAAGCGCA‑GATCGATCAGGTACTGGCCCCCGTGGCCTTTGAGTGGCGCGGGTTGCAGTTGACGCCCGCTTGAGCCTGTATCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACGACGGGCTGAGCCCAACCTCTGATGTGTGCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAGGTCTAACCGCGCTGGTAAGCCTCGAGCGCTTTCAGCCGTTCACCTTT > NC_002947/478120‑478406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |