New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1074430 = | 83 (1.460) | 4 (0.070) | 3/254 | NT | 5.3% | coding (426/1452 nt) | gatA | glutamyl‑tRNA(Gln) amidotransferase subunit A |
? | NC_002947 | 1074483 = | 61 (1.100) | coding (373/1452 nt) | gatA | glutamyl‑tRNA(Gln) amidotransferase subunit A |
CGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCATAGGGCGCCTTGAAGTTGTC > NC_002947/1074283‑1074576 | aaagacctgttctgcaccaacggcgtacgcaccagctgcggctcgaagatgctcgacaacttcaaggcgccctatgacgccaccgtggtcgccaagctggcggaagccggcatggtcaccctgggcaagaccaacatggacgagttcgc < 2:336169‑M1/1‑1 (MQ=255) gTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGCTCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTc > 1:98413/1‑148 (MQ=255) gTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCa > 7:331957/1‑149 (MQ=255) ggCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACgg > 2:108169/1‑149 (MQ=255) ggCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACgg > 4:155129/1‑149 (MQ=255) gCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACggg > 8:232153/1‑149 (MQ=255) gCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTACTCGAGGTTCCACggg < 4:236217/149‑1 (MQ=255) gAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGttc < 4:232503/148‑1 (MQ=255) gAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGtt > 1:309879/1‑147 (MQ=255) gAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGtt < 7:48227/147‑1 (MQ=255) gAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGGGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGttc < 7:56576/148‑1 (MQ=255) aGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCGGCTGGCTGGCGGATCGAGGCGC‑GGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGttctt < 1:50476/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGttcttc < 8:331957/148‑1 (MQ=255) tGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGGTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACcgcg > 7:54893/1‑149 (MQ=255) ggTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAAt > 4:21251/1‑149 (MQ=255) tCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATgg < 2:309879/149‑1 (MQ=255) ccGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGttc < 4:64956/125‑1 (MQ=255) ccGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGttc > 3:64956/1‑125 (MQ=255) cGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGAtt < 7:232153/149‑1 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5:360667/115‑1 (MQ=255) accGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAgg > 6:360667/1‑115 (MQ=255) accGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCa < 6:333350/149‑1 (MQ=255) accGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCa > 5:332825/1‑149 (MQ=255) gacCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGc > 2:348130/1‑149 (MQ=255) acCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCg < 6:181285/149‑1 (MQ=255) gcccgGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTg < 7:335274/142‑1 (MQ=255) gcccgGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTg > 8:335274/1‑142 (MQ=255) gcccgGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCAt < 6:275170/149‑1 (MQ=255) cccgGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCATa < 5:80439/149‑1 (MQ=255) cTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCATAGGGCGCCTTGa < 7:260717/149‑1 (MQ=255) tCGAGGTTCCACGGGTTCATCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCATAGGGCGCCTTGaa > 8:129972/1‑149 (MQ=255) gAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCATAGGGCGCCTTGaa < 8:296654/147‑1 (MQ=255) gAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCATAGGGCGCCTTGaa < 5:350360/147‑1 (MQ=255) gAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCATAGGGCGCCTTGAAGt > 7:18492/1‑149 (MQ=255) gAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGCCCTATGACGccaccgtg < 5:200978/148‑7 (MQ=255) aGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCATAGGGCGCCTTGAAGtt < 6:329964/149‑1 (MQ=255) ttCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCATAGGGCGCCTTGAAGTTGTc < 6:192309/149‑1 (MQ=255) | CGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGCTGGCGGATCGAGCCGC‑CGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTCCGCCAGCTTGGCGACCACGGTGGCGTCATAGGGCGCCTTGAAGTTGTC > NC_002947/1074283‑1074576 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |