New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1906682 = | 31 (0.550) | 8 (0.180) | 6/208 | NT | 25.1% | intergenic (+22/+106) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
? | NC_002947 | 1906776 = | 23 (0.510) | intergenic (+116/+12) | nirD/PP_1707 | nitrite reductase/D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
GCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAAC > NC_002947/1906535‑1906824 | cgagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctg < 6:242377‑M1/1‑1 (MQ=255) gagcgcgaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgacactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggacagcctggtggatgtgtttgacgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgatgg < 1:61102‑M1/2‑1 (MQ=255) cgaagttgttggcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagagacgctcgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgggtttgccgggcgcacgccgcaggtgttggttatctagtgggcttgtgctGGCctct > 5:110862‑M1/143‑149 (MQ=255) gaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatcttgtcggcttgtgctGGCGTCtt < 5:214381‑M1/8‑1 (MQ=255) gaagatgtagtcctgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttagctagtcggcttgtgctGGCCTCtt < 5:209336‑M1/8‑1 (MQ=255) cgcTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTc < 4:90250/149‑1 (MQ=255) cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 3:311302/146‑1 (MQ=255) cAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGc > 6:139483/1‑148 (MQ=255) gcagcaCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGc < 3:185359/149‑1 (MQ=255) tgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGccc < 6:92325‑M1/21‑1 (MQ=255) tgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGccc < 3:148153‑M1/21‑1 (MQ=255) tgcaaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGccc < 6:240789‑M1/21‑1 (MQ=255) caCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGc > 4:198569/1‑129 (MQ=255) caCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGc < 3:198569/129‑1 (MQ=255) caCTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGc > 2:220079/1‑149 (MQ=255) cTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCGCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTc < 6:214060/149‑1 (MQ=255) aaccgcatcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCt < 7:24452‑M1/24‑1 (MQ=255) ggCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTAc > 3:206035/2‑149 (MQ=255) catcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCgg > 1:94846‑M1/121‑133 (MQ=255) catcgcgccagtgccactgtacagacacgcacgcgcatgggcgagatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCgg < 2:94846‑M1/13‑1 (MQ=255) ctgctgAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAAGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGTCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACgg > 4:355171/1‑148 (MQ=255) ctgAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTGTTGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGATGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCCCTCAAACGGaa > 1:262650/1‑148 (MQ=255) gggAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCCAGCCCGCTCCTCCGGTATCTTCCCCg > 4:45998/1‑149 (MQ=255) gAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCt > 5:37983/1‑141 (MQ=255) gAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCt < 6:37983/141‑1 (MQ=255) gAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAAGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGTCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGTCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGcc < 3:355171/149‑1 (MQ=255) tGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTGCGAAGGAAACTGCACCGCCGTGTaa > 4:148153/1‑148 (MQ=255) gaTGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACgg < 4:206035/148‑1 (MQ=255) gcacgcgcatgggcgatatggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGgcg < 6:149557‑M1/57‑1 (MQ=255) gCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGcc > 8:195916/1‑149 (MQ=255) ggTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTgg < 1:220079/149‑1 (MQ=255) cGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCg < 7:195916/149‑1 (MQ=255) cGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCg < 2:262650/149‑1 (MQ=255) gggTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCgg > 2:29598/1‑149 (MQ=255) tggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCgg > 5:149557‑M1/75‑149 (MQ=255) ggTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCggg < 6:5965/149‑1 (MQ=255) ggtggtggccagcctggtggatgtgtttgccggtcgcacgcctcaggggtttgttatctagtcggctttttctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGagctg > 2:61102‑M1/74‑146 (MQ=255) gtggccagcctggtggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTg > 8:23527‑M1/70‑149 (MQ=255) ccGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGccc < 8:257379/149‑1 (MQ=255) gCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGa < 4:46380/132‑1 (MQ=255) gCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGa > 3:46380/1‑132 (MQ=255) ggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCggg > 8:140790‑M1/56‑131 (MQ=255) ggatgtgtttgccgggcgcacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgctGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCggg < 7:140790‑M1/76‑1 (MQ=255) gggAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGgcg > 1:20333/1‑107 (MQ=255) gggAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGgcg < 2:20333/107‑1 (MQ=255) cacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGcgggt > 2:132802‑M1/38‑113 (MQ=255) cacgccgcaggggttggttatctagtcggcttgtgccGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGcgggt < 1:132802‑M1/77‑2 (MQ=255) gCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATaac > 7:263838/1‑148 (MQ=255) gCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGACAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATaa < 7:237177/147‑1 (MQ=255) ggTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGATGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATaaccaa < 1:29598/149‑1 (MQ=255) gATCCCCCTTGGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCTACGGAAGCTCCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCGGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTgcg < 8:214290/149‑1 (MQ=38) ccccTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGt < 8:263838/149‑1 (MQ=255) tgCCGGCCGCTTCGCGGGCAACCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAac < 3:45998/147‑1 (MQ=255) | GCAGCGCCGCTCTACAAGCAGCACTTCAGCCTGCTGAGTGGGGAGTGTCTGGAGGATGCCGGGCAGAGGTTGCGGGTG‑TGGCCGGTGCGGTTGAAGGGGGAGGCGGTGGAGCTGGCGGTGGCCTGATACCCCTTTGCTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACGGAATCTGCACCGCCTTGTAATACGGCGCCGACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACAAGCCGACTAGATAACCAACCCCTGCGGCGTGCGCCCGGCAAAC > NC_002947/1906535‑1906824 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |