New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5666940 | 43 (0.760) | 5 (0.090) | 4/252 | NT | 8.7% | coding (954/1236 nt) | nhaP | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter |
? | NC_002947 | = 5666987 | 63 (1.150) | coding (1001/1236 nt) | nhaP | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter |
AATGACATGACCCGCCGTTACATGGACGGTTTCTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGCCTGCGCGGTGGCGTGTCGGTGGC > NC_002947/5666812‑5667086 | aatgaCATGACCCGCCGTTACATGGACGGTTTCTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTgctg‑gcgctgg < 3:138080/148‑1 (MQ=255) acCCGCCGTTACATGGACGGTTTCTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTgctgct < 3:31522/149‑1 (MQ=255) ccgccgTTACATGGACGGTTTCTGGGAGCTGATCGACGACATGCAGAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGt > 1:258040/1‑149 (MQ=255) tGGACGGTTTCTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCaccgtcaacaggcgcgacagcagcactgccagcgccagcacg > 5:291450‑M1/1‑107 (MQ=255) ggTTTCTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCaccgtcaacaggcgcgacagcagcactgccagcgccagcacgccgcc < 3:47970‑M1/149‑48 (MQ=255) tttCTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTgg > 2:239155‑M2/1‑147 (MQ=255) tttCTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTgg < 1:235464‑M2/149‑3 (MQ=255) tttCTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTgg < 6:163691‑M2/149‑3 (MQ=255) cTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCaccgtcaacaggcgcgacagcagcactgccagcgccagcacgccgccggcc < 7:285657‑M1/148‑52 (MQ=255) cTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCaccgtcaacaggcgcgacagcagcactgccagcgccagcacgccgccggcc < 2:199100‑M1/148‑52 (MQ=255) tGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGcccc > 3:87880/1‑149 (MQ=255) tGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCAGAGCGCTGGCAGTGCTGATGTCGCGCCTGTTGACGGTGGccc > 1:302173/1‑149 (MQ=255) gAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCaccgtcaacaggcgcgacagcagcactgccagcgccagcacgccgccggccgccag < 6:291450‑M1/149‑57 (MQ=255) aGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGc > 1:60953/1‑148 (MQ=255) cTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGAt > 2:337915/1‑149 (MQ=255) tCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGtg < 1:323412/149‑1 (MQ=255) cgacATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGCATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCCCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGtgctgc > 6:101462/1‑149 (MQ=255) cATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGtgctgctgc > 4:203029/1‑149 (MQ=255) tGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTgcgg < 2:162732/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGgcgc > 1:234389/1‑148 (MQ=255) ccTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGgcgc < 2:234389/148‑1 (MQ=255) ccTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGcc > 3:101622/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGcc > 3:96483/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGAGGCGCTGGCGcc > 7:236798/1‑149 (MQ=255) tgctgTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTACTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTg < 7:344706/142‑1 (MQ=255) tgctgTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTACTGTCGCGCCTGTTCACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTg > 8:344706/1‑142 (MQ=255) ctgTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGtgc > 6:69426/1‑127 (MQ=255) ctgTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGtgc < 5:69426/127‑1 (MQ=255) aTTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGCGCCCAAAg < 8:236798/149‑1 (MQ=255) aTCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCTTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCa < 2:235464/148‑1 (MQ=255) aTCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCAc > 7:157030/1‑149 (MQ=255) aTCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCAc > 5:218902/1‑149 (MQ=255) aTCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCAc > 1:326834/1‑149 (MQ=255) ccTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGc < 2:60953/149‑1 (MQ=255) ccTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGc < 8:157030/149‑1 (MQ=255) ccTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGc > 5:134270/1‑149 (MQ=255) cTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTcgc < 4:252133/79‑1 (MQ=255) cTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTcgc > 3:252133/1‑79 (MQ=255) tGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCgg > 7:25961/1‑149 (MQ=255) gAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCggg < 2:258040/148‑1 (MQ=255) gAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGt > 4:239022/1‑149 (MQ=255) ttGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGAGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGAc > 1:7138/1‑149 (MQ=255) gtCAACTTGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGccg < 4:87880/148‑2 (MQ=255) aaCTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGCCTgcg > 1:172046/1‑149 (MQ=255) cTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGCCTGcgcg > 5:34270/1‑149 (MQ=255) cTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGCCTGcgcg > 7:194522/1‑149 (MQ=255) aTGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGCCTGCGCGGTgg > 1:359602/1‑149 (MQ=255) tGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGCCTGCGCGGTGGc < 5:163691/149‑1 (MQ=255) aCCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGCCTGCGCGGTGGCgtg > 3:38491/1‑149 (MQ=255) cTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTggccgccaggtgcatccagttgaacggcagcagcaacagctccaggccgatcaatgcgaacagcagggcattgagcatgtcgtcgatcagctc < 6:291450‑M2/149‑94 (MQ=255) gcggcCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGCCTGCGCGGTGGCGTGTCGGt < 6:134270/149‑1 (MQ=255) gcggcCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCT‑GGGTGGCCTGCGCGGTGGCGTGTCGGt < 8:25961/148‑1 (MQ=255) ggccggcGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTggccgccaggtgcatccagttgaacggcagcagcaacagctccaggccgatcaatgcgaacagcagggcattgagcatgtcgtcgatcagctcccag < 7:285657‑M2/148‑98 (MQ=255) ggccggcGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTggccgccaggtgcatccagttgaacggcagcagcaacagctccaggccgatcaatgcgaacagcagggcattgagcatgtcgtcgatcagctcccag < 2:199100‑M2/148‑98 (MQ=255) ggccggcGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGCCTGCGCGGTGGCGTGTCGGTgg < 5:101462/149‑1 (MQ=255) ccaccgtcaacaggcgcgacagcagcactgccagcgccagcacgccgccggccgccaggtgcatccagttgaacggcagcagcaacagctccaggccgatcaatgcgaacagcagggcattgagcatgtcgtcgatcagctcccagaaa < 1:235464‑M1/149‑148 (MQ=255) ccaccgtcaacaggcgcgacagcagcactgccagcgccagcacgccgccggccgccaggtgcatccagttgaacggcagcagcaacagctccaggccgatcaatgcgaacagcagggcattgagcatgtcgtcgatcagctcccagaaa < 6:163691‑M1/149‑148 (MQ=255) ccaccgtcaacaggcgcgacagcagcactgccagcgccagcacgccgccggccgccaggtgcatccagttgaacggcagcagcaacagctccaggccgatcaatgcgaacagcagggcattgagcatgtcgtcgatcagctcccagaaa > 2:239155‑M1/1‑2 (MQ=255) | AATGACATGACCCGCCGTTACATGGACGGTTTCTGGGAGCTGATCGACGACATGCTCAATGCCCTGCTGTTCGCATTGATCGGCCTGGAGCTGTTGCTGCTGCCGTTCAACTGGATGCACCTGGCGGCCGGCGGCGTGCTG‑GCGCTGGCAGTGCTGCTGTCGCGCCTGTTGACGGTGGCCCCGGCGATCGTGCTGCTGCGGCGCTGGCGCCCGGTGCCCAAAGGCACGGTGCGGGTGCTGACCTGGGGTGGCCTGCGCGGTGGCGTGTCGGTGGC > NC_002947/5666812‑5667086 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |