New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1048329 | 35 (0.620) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 7.9% | coding (49/3045 nt) | PP_0906 | RND family multidrug transporter |
? | NC_002947 | = 1048377 | 37 (0.700) | coding (1/3045 nt) | PP_0906 | RND family multidrug transporter |
TGGTGACCGTGATCAGGGCGTTTTCCATTTGCGGGTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGACCACCTGTTCCCCGGCCTGCAGGCCTTCGCTGAC > NC_002947/1048233‑1048519 | tggtgACCGTGATCAGGGCGTTTTCCATTTGCGGGTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATgtca > 3:238222‑M2/1‑145 (MQ=255) gtgACCGTGATCAGGGCGTTTTCCATTTGCGGGTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATgtcagc < 4:274128‑M2/149‑7 (MQ=255) aCCGTGATCAGGGCGTTTTCCATTTGCGGGTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGcctc > 2:312577/1‑149 (MQ=255) cAGGGCGTTTTCCATTTGCGGGTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTcc > 1:343283/1‑149 (MQ=255) gggCGTTTTCCATTTGCGGGTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGTAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCtt < 6:65743/149‑1 (MQ=255) ggCGTTTTCCATTTGCGGGTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTg > 3:200272/1‑149 (MQ=255) aTTTGCGGGTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTgcgc > 7:303899/1‑149 (MQ=255) aTTTGCGGGTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACAGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTgcgc > 6:95060/1‑149 (MQ=255) ggTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTg > 2:2150/1‑132 (MQ=255) ggTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTg < 1:2150/132‑1 (MQ=255) gCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCtt < 3:274128/148‑1 (MQ=255) ggATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAg > 2:257370/1‑149 (MQ=255) gCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGAAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGtt > 2:106958/1‑149 (MQ=255) cAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTg > 2:166374/1‑149 (MQ=255) gCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTc < 8:303899/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTgg > 5:11052/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTTGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGc < 5:95060/149‑1 (MQ=255) aGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTAt > 8:316774/1‑149 (MQ=255) ggCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATg < 1:312577/149‑1 (MQ=255) aGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGc < 7:21778/149‑1 (MQ=255) gCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCg < 6:11052/149‑1 (MQ=255) cGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCgg > 8:130705/1‑148 (MQ=255) cagcagAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCg > 8:206273/1‑149 (MQ=255) gAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGgtgt > 7:177301/1‑149 (MQ=255) gAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGgtgt < 1:166374/149‑1 (MQ=255) aaTCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGTGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGgtgt > 6:313817/1‑148 (MQ=255) agcagGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATgtcagcctgctgattctgctgctcggcttccaggcctggaacaagctgcagatccgccagtacccgcaaatggaaaacgccctgatcacg < 8:197109‑M2/149‑91 (MQ=255) agcagGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGt < 2:343283/148‑1 (MQ=255) agGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATgtcagcctgctgattatgctgctcggcttccaggcctggaacaagctgcagatccgccagtacccgcaaaaggaaaacgccctgataccggtc < 4:307236‑M2/149‑94 (MQ=255) agGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGttt > 5:188691/1‑147 (MQ=255) gCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATgtcagcctgctgattctgctgctcggcttccaggcctggaacaagctgcagatccgccagtacccgcaaatggaaaacgccctgatcacggtcac > 7:197109‑M2/1‑54 (MQ=255) aCCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGc < 2:186573/148‑1 (MQ=255) cACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCcg > 5:336852/1‑149 (MQ=255) gCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCcggcg < 7:206273/149‑1 (MQ=255) gCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGa > 6:362408/1‑149 (MQ=255) ccAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGTGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGac < 5:313817/149‑1 (MQ=255) cAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTATCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCAGAGTCCTTGGACGCTGCGCCCGGTTCCGCCTTGAGGGCGTTGTACTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTCTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGac > 2:159144/1‑148 (MQ=255) aCGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGACCACCTGTTCCCCGGCCTGCAg < 7:316774/149‑1 (MQ=255) aCGTGTCGGTGAACGCCAGGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGACCACCTGTTCCCCGGCCTGCAg < 6:336852/149‑1 (MQ=255) tgtCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGCCCACCTGTTCCCCGGCCTGCAGGcc > 7:146749/1‑149 (MQ=255) aaCGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGTACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGACCACCTGTTCCCCGGCCTGCAGGCCTTCGCTg < 1:106958/148‑1 (MQ=255) aaCGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGACCACCTGTTCCCCGGCCTGCAGGCCTTCGCTg > 3:109477/1‑148 (MQ=255) aCGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGACCACCTGTTCCCCGGCCTGCAGGCCTTCGCTGAc > 5:154899/1‑149 (MQ=255) | TGGTGACCGTGATCAGGGCGTTTTCCATTTGCGGGTACTGGCGGATCTGCAGCTTGTTCCAGGCCTGGAAGCCGAGCAGCAGAATCAGCAGGCTGACCACGCTGGCCAGCACCGGGCGTTGGATGAACGTGTCGGTGAACGCCATGTCAGCCTCCTGAGTCCTTGGCCGCTGCGCCCGGTTCGGGCTTGAGGGCGTTGTCCTGGCCTATGCGTATTGCGGCACCGGGTGTGAGTTTCAGCTGCCCGGCGGTGACCACCTGTTCCCCGGCCTGCAGGCCTTCGCTGAC > NC_002947/1048233‑1048519 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |