New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1160293 | 43 (0.730) | 4 (0.070) | 3/238 | NT | 8.1% | coding (105/846 nt) | gtsC | mannose/glucose ABC transporter permease |
? | NC_002947 | = 1160322 | 51 (0.940) | coding (134/846 nt) | gtsC | mannose/glucose ABC transporter permease |
AATCCTGGCGATCCTCGTGCCTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1160136‑1160293 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtggtgatgTCTTCGGGGGTCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCACCACCAGCGGCACCAGATACAGCAGCACGGCGATCAGCAACACGGCATGGATGGCCATGCGGCTGAGGCTGAGCACTGGCTTGTCGACAGGACTATGCATGGCGTTTGCTC < NC_002947/1160322‑1160178 AATCCTGGCGATCCTCGTGCCTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTG < 2:86903/149‑1 CTGGCGATCCTCGTGCCTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTG < 6:335879/148‑1 CTGGCGATCCTCGTGCCTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTG < 7:200726/148‑1 TCGTGCCTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGTCTTC > 4:274923/1‑149 CAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGTCTTCGGGGGTCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCAC > 4:186575/1‑148 CGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGTCTTCGGGGGTCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCACCACCA < 3:274923/149‑1 CCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCCGTGCGCTGCCGCCGCCTCATGGCCAGCCAGGCCGTGTTGCTGAGGGGCGTGCTGCTGTATCTTGTGCCGCTGGTGGTGATGGCTTCGGGGGGCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCACCACCAGC < 5:313650/149‑1 CCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGTCTTCGGGGGTCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCACCACCAGC < 3:186575/149‑1 CATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGG < 7:248561/98‑1 CATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGG > 8:248561/1‑98 GGTGGTGATGTCTTCGGGGGTCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCACCACCAGCGGCACCAGATACAGCAGCACGGCGATCAGCAACACGGCATGGATGGCCATGCGGCTGAGGCTGAGCACTGGCTTGT < 3:145161/128‑1 GGTGGTGATGTCTTCGGGGGTCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCACCACCAGCGGCACCAGATACAGCAGCACGGCGATCAGCAACACGGCATGGATGGCCATGCGGCTGAGGCTGAGCACTGGCTTGT > 4:145161/1‑128 GTGGTGATGTCTTCGGGGGTCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCACCACCAGCGGCACCAGATACAGCAGCACGGCGATCAGCAACACGGCATGGATGGCCATGCGGCTGAGGCTGAGCACTGGCTTGTCGACAGGACTATGCATGGCGTT > 6:343470/1‑149 GATGTCTTCGGGGGTCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCACCACCAGCGGCACCAGATACAGCAGCACGGCGATCAGCAACACGGCATGGATGGCCATGCGGCTGAGGCTGAGCACTGGCTTGTCGACAGGACTATGCATGGCGTTTGCTC > 1:29638/1‑149 GATGTCTTCGGGGGTCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCACCACCAGCGGCACCAGATACAGCAGCACGGCGATCAGCAACACGGCATGGATGGCCATGCGGCTGAGGCTGAGCACTGGCTTGTCGACAGGACTATGCATGGCGTTTGCTC > 3:111539/1‑149 AATCCTGGCGATCCTCGTGCCTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1160136‑1160293 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtggtgatgTCTTCGGGGGTCTTGAAGCTGGTCAGCAGCATCACCACCAGCGGCACCAGATACAGCAGCACGGCGATCAGCAACACGGCATGGATGGCCATGCGGCTGAGGCTGAGCACTGGCTTGTCGACAGGACTATGCATGGCGTTTGCTC < NC_002947/1160322‑1160178 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |