New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1160293 | 43 (0.730) | 4 (0.070) | 3/238 | NT | 8.1% | coding (105/846 nt) | gtsC | mannose/glucose ABC transporter permease |
? | NC_002947 | = 1160322 | 51 (0.940) | coding (134/846 nt) | gtsC | mannose/glucose ABC transporter permease |
CTCGTGCCTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGTCAGCGGTTACTTCTGGAACTCGATCATGATCACCGTGCCCG > NC_002947/1160149‑1160438 | cTCGTGCCTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCATGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGAtgctg < 4:153926/148‑1 (MQ=255) tCGTGCCTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGtcttc > 4:274923‑M1/1‑144 (MQ=255) cTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAg > 1:188937/1‑149 (MQ=255) cTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAg > 8:224570/1‑149 (MQ=255) cTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAg > 2:29638/1‑149 (MQ=255) gTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTc > 6:301437/1‑146 (MQ=255) gTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCaa < 5:301437/148‑1 (MQ=255) tACTCGGAGCTGCGGAGCAAATGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGACTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGa < 5:267687/149‑1 (MQ=255) tCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGCCCAGCTTCAAGAccc > 5:127927/1‑149 (MQ=255) tGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGa < 8:151049/149‑1 (MQ=255) gCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGa > 5:343470/1‑148 (MQ=255) gAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGAcatc > 3:111539‑M2/1‑145 (MQ=255) gAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGAcatc > 1:29638‑M2/1‑145 (MQ=255) cAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGtcttcgggggtcttgaagctggtcagcagcatcac > 4:186575‑M1/1‑113 (MQ=255) aaCGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGAcatcaccac > 6:343470‑M2/1‑140 (MQ=255) cGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGtcttcgggggtcttgaagctggtcagcagcatcaccacca < 3:274923‑M1/149‑41 (MQ=255) cGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCg < 7:288862/149‑1 (MQ=255) ccATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCCGTGCGCTGCCGCCGCCTCATGGCCAGCCAGGCCGTGTTGCTGAGGGGCGTGCTGCTGTATCTTGTGCCGCTGGTGGTGATGgcttcggggggcttgaagctggtcagcagcatcaccaccagc < 5:313650‑M1/149‑43 (MQ=255) ccATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGtcttcgggggtcttgaagctggtcagcagcatcaccaccagc < 3:186575‑M1/149‑43 (MQ=255) tGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAAc < 2:188937/149‑1 (MQ=255) cATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACct < 3:51873/149‑1 (MQ=255) tCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGAccc < 1:301704/119‑1 (MQ=255) tCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGAccc > 2:301704/1‑119 (MQ=255) cTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGc > 5:361293/1‑149 (MQ=255) gACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGACGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGcc > 3:189233/1‑149 (MQ=255) aCAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGAcatcaccacc > 4:145161‑M2/1‑118 (MQ=255) aCAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGAcatcaccacc < 3:145161‑M2/128‑11 (MQ=255) aCAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCt > 7:185655/1‑149 (MQ=255) tcagcctcagccGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTAcc > 5:336649/1‑149 (MQ=255) cctcagccGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAAc < 3:292061/118‑1 (MQ=255) cctcagccGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAAc > 4:292061/1‑118 (MQ=255) cagccGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCg < 3:57863/143‑1 (MQ=255) cagccGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCg > 4:57863/1‑143 (MQ=255) agccGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAgg < 7:224570/149‑1 (MQ=255) ccGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGAATACCGGCATAGGCt > 5:167265/1‑149 (MQ=255) ggCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTc > 4:351788/1‑148 (MQ=255) ccatccatGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGt > 4:84368/1‑124 (MQ=255) ccatccatGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGt < 3:84368/124‑1 (MQ=255) catccatGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCg < 1:180956/131‑1 (MQ=255) catccatGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCg > 2:180956/1‑131 (MQ=255) tGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGTATAGGCTGGGTCAAGGCCTggg < 6:361293/149‑1 (MQ=255) gCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGt > 6:325299/1‑147 (MQ=255) gATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTg < 8:22862/135‑1 (MQ=255) gATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTg > 7:22862/1‑135 (MQ=255) gATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGGGGTGATGCAGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGTCAGCg < 5:317930/149‑1 (MQ=255) aTCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTg > 5:187700/1‑134 (MQ=255) aTCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTg < 6:187700/134‑1 (MQ=255) aTCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGTCAGCg < 6:336649/148‑1 (MQ=255) tgctgTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGTCAGCGGt < 8:163521/140‑1 (MQ=255) tgctgTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGTCAGCGGt > 7:163521/1‑140 (MQ=255) gctgTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCACCGAAGACATCACCACCGGCAACATGATGAGCTGGACTCCAGTCATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGTCAGCGGTTACTTCTgg > 3:293831/1‑148 (MQ=255) tGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGTCAGCGGTTACTTCTGGAACTCGATCATg < 8:185655/149‑1 (MQ=255) gCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGCCCCCCGAAGCcatcaccaccagcggcacaagatacagcagcacgcccctcagcaacacggcctggctggccatgaggcggcggcagcgcacgggcttgtcgacaggactatgcatgg < 5:313650‑M2/149‑108 (MQ=255) gCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGAcatcaccaccagcggcaccagatacagcagcacggcgatcagcaacacggcatggatggccatgcggctgaggctgagcactggcttgtcgacaggactatgcatgg < 3:186575‑M2/149‑108 (MQ=255) gCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGTCAGCGGTTACTTCTGGAACTCGATCATGATCa > 3:94332/1‑149 (MQ=255) gCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGTCAGCGGTTACTTCTGGAACTCGATCATGATCa > 4:75996/1‑149 (MQ=255) tggtggTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGAcatcaccaccagcggcaccagatacagcagcacggcgatcagcaacacggcatggatggccatgcggctgaggctgagcactggcttgtcgacaggactatgcatggcg < 3:274923‑M2/149‑110 (MQ=255) ggtggtGATGtcttcgggggtcttgaagctggtcagcagcatcaccaccagcggcaccagatacagcagcacggcgatcagcaacacggcatggatggccatgcggctgaggctgagcactggcttgt > 4:145161‑M1/1‑10 (MQ=255) ggtggtGATGtcttcgggggtcttgaagctggtcagcagcatcaccaccagcggcaccagatacagcagcacggcgatcagcaacacggcatggatggccatgcggctgaggctgagcactggcttgt < 3:145161‑M1/128‑119 (MQ=255) gtggtgATGtcttcgggggtcttgaagctggtcagcagcatcaccaccagcggcaccagatacagcagcacggcgatcagcaacacggcatggatggccatgcggctgaggctgagcactggcttgtcgacaggactatgcatggcgtt > 6:343470‑M1/1‑9 (MQ=255) gtgATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGAcatcaccaccagcggcaccagatacagcagcacggcgatcagcaacacggcatggatggccatgcggctgaggctgagcactggcttgtcgacaggactatgcatggcgtttg > 4:186575‑M2/1‑35 (MQ=255) gATGtcttcgggggtcttgaagctggtcagcagcatcaccaccagcggcaccagatacagcagcacggcgatcagcaacacggcatggatggccatgcggctgaggctgagcactggcttgtcgacaggactatgcatggcgtttgctc > 3:111539‑M1/1‑4 (MQ=255) gATGtcttcgggggtcttgaagctggtcagcagcatcaccaccagcggcaccagatacagcagcacggcgatcagcaacacggcatggatggccatgcggctgaggctgagcactggcttgtcgacaggactatgcatggcgtttgctc > 1:29638‑M1/1‑4 (MQ=255) | CTCGTGCCTTACCTGTACTCGGAGCTGCGGAGCAAACGCCATGCATAGTCCTGTCGACAAGCCAGTGCTCAGCCTCAGCCGCATGGCCATCCATGCCGTGTTGCTGATCGCCGTGCTGCTGTATCTGGTGCCGCTGGTGGTGATGCTGCTGACCAGCTTCAAGACCCCCGAAGACATCACCACCGGCAACCTGCTGAGCTGGCCTGCAGTGATTACCGGCATAGGCTGGGTCAAGGCCTGGGGAGCGGTCAGCGGTTACTTCTGGAACTCGATCATGATCACCGTGCCCG > NC_002947/1160149‑1160438 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |