New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1521400 = | 51 (0.870) | 5 (0.090) | 4/248 | NT | 9.3% | coding (657/1353 nt) | murD | UDP‑N‑acetylmuramoylalanine‑‑D‑glutamate ligase |
? | NC_002947 | 1521439 = | 49 (0.870) | coding (696/1353 nt) | murD | UDP‑N‑acetylmuramoylalanine‑‑D‑glutamate ligase |
ACCAGCTCAACGCCGAAGTGGCGACCGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGC > NC_002947/1521264‑1521545 | aCCAGCTCAACGCCGAAGTGGCGACCGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGa < 7:335507/147‑1 (MQ=255) cTCAACGCCGAAGTGGCGACCGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAgccggcc < 8:163615/149‑1 (MQ=255) aaCGCCGAAGTGGCGACCGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCt > 4:117633/1‑149 (MQ=255) aGTGGCGACCGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTg > 7:202477/1‑148 (MQ=255) gCGACCGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAgg > 1:310150/1‑149 (MQ=255) gCGACCGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAgg > 6:233691/1‑149 (MQ=255) gACCGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGcc > 2:234479/1‑149 (MQ=255) ccGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTTGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGt < 8:202477/149‑1 (MQ=255) cGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAgccgg < 6:158549/127‑1 (MQ=255) cGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAgccgg > 5:158549/1‑127 (MQ=255) cacgcgccggcatcagcgtctggaactcgaacgcaaggtatttctcaccgtccacttcacgcaggccaaacgctttgaagtcgggcgggttgaggccgaaggtccagcatGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTc > 4:317785‑M1/111‑148 (MQ=255) ttCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCa > 3:354264/1‑149 (MQ=255) aCATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTg < 4:354264/148‑1 (MQ=255) aTCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGAc > 7:131926/1‑149 (MQ=255) aGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCtt < 8:131926/149‑1 (MQ=255) gCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTc > 2:123486/1‑149 (MQ=255) gCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTc < 3:117633/149‑1 (MQ=255) aCCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCt < 3:238179/135‑1 (MQ=255) aCCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCt > 4:238179/1‑135 (MQ=255) cacaTGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCaa > 1:354087/1‑149 (MQ=255) acaTGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGc > 7:63140/1‑143 (MQ=255) acaTGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGc < 8:63140/143‑1 (MQ=255) tcgaacgccaggtatttctcaccgtccacttcacgcaggccaaacgctttgaagtcgggcgggttgaggccgaaggtccagcatGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTc > 5:153135‑M1/85‑122 (MQ=255) tcgaacgccaggtatttctcaccgtccacttcacgcaggccaaacgctttgaagtcgggcgggttgaggccgaaggtccagcatGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTc < 6:153135‑M1/38‑1 (MQ=255) aCCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAAcccgccc > 2:270370/1‑149 (MQ=255) cGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTg < 1:92612/125‑1 (MQ=255) cGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTg > 2:92612/1‑125 (MQ=255) cGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGa < 2:310150/149‑1 (MQ=255) taGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTc < 2:354087/148‑1 (MQ=255) ggCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGc > 4:104517/1‑149 (MQ=255) ttCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGttt > 2:317441/1‑149 (MQ=255) ttCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCAGAGCCGACCGCTGCCGGt > 1:95819/1‑94 (MQ=255) ttCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCAGAGCCGACCGCTGCCGGt < 2:95819/94‑1 (MQ=255) gCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCt > 6:117924/1‑149 (MQ=255) cTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGc > 6:183070/1‑149 (MQ=255) accaccTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGt > 8:229904/1‑149 (MQ=255) accTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTg < 5:318095/138‑1 (MQ=255) accTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTg > 6:318095/1‑138 (MQ=255) accTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGaa < 5:117924/149‑1 (MQ=255) accTGGCAAAACACCGTATTTTCCTCGGTTCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCATGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCgg < 4:306851/81‑1 (MQ=255) ccTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAg < 5:257063/149‑1 (MQ=255) cTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGt < 5:287991/149‑1 (MQ=255) ccAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCAACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGAc > 6:267136/1‑149 (MQ=255) gccaaacgctttgaagtcgggcgggttgaggccgaaggtccagcatGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGc < 7:101134‑M1/43‑1 (MQ=255) gccaaacgctttgaagtcgggcgggttgaggccgaaggtccagcatGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGc > 8:101134‑M1/47‑89 (MQ=255) cacCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTga < 8:326146/149‑1 (MQ=255) tCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCt < 5:183070/148‑1 (MQ=255) tCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCt < 5:214067/148‑1 (MQ=255) gTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTc < 7:229904/149‑1 (MQ=255) ccGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGt < 3:104517/149‑1 (MQ=255) aGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCt < 5:114494/106‑1 (MQ=255) aGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCt > 6:114494/1‑106 (MQ=255) tggtggtCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACg < 5:233691/149‑1 (MQ=255) tggtCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAATTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCCAGTTCCAGAAGCt > 4:281320/1‑148 (MQ=255) tCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATg > 6:40851/1‑149 (MQ=255) ccGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCa > 2:313064/1‑135 (MQ=255) gCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGgcg > 7:186477/1‑149 (MQ=255) ccAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGgcgc < 1:234479/149‑1 (MQ=255) cAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGc > 2:16433/1‑136 (MQ=255) cAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGc < 1:16433/136‑1 (MQ=255) | ACCAGCTCAACGCCGAAGTGGCGACCGTTCTGAACATCAGCGAAGACCACATGGACCGCTATAGCGGCCTTCCGGCCTACCACCTGGCCAAACACCGGATTTTCCGCGGTGCCCGCCAGGTGGTGGTCAACCGCCAGGACGCCCTGAGCCGGCCGCTGCCGGTGGAAGGCCGTCCATGCTGGACCTTCGGCCTCAACCCGCCCGACTTCAAAGCGTTTGGCCTGCGTGAAGTGGACGGTGAGAAATACCTGGCGTTCGAGTTCCAGACGCTGATGCCGGCGC > NC_002947/1521264‑1521545 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |