New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1798151 = | 44 (0.750) | 5 (0.090) | 4/254 | NT | 11.9% | coding (74/1128 nt) | lpxB | lipid‑A‑disaccharide synthase |
? | NC_002947 | 1798208 = | 31 (0.540) | coding (131/1128 nt) | lpxB | lipid‑A‑disaccharide synthase |
CGGCCACGCAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGCCTGCGCGAACTGCTC > NC_002947/1798003‑1798296 | cGGCCACGCAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGc > 6:70332/1‑149 (MQ=255) gatgaatacgtcgggcttttcttcgatcagggtctggatcagcagcttgcggcgcttgagcagttcgcgcaggcgccccagtacctcgactagccccatgacggccaggcgctccatggggaaataggattgcaggccctcggcctcc < 3:283224‑M1/2‑1 (MQ=255) cACGCAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTc < 3:334003/149‑1 (MQ=255) cAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAgg < 2:95533/149‑1 (MQ=255) aaCACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGgc > 4:129866/1‑149 (MQ=255) aaCACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGgc > 4:36494/1‑149 (MQ=255) acCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGgcgc‑g > 5:350703/1‑149 (MQ=255) aGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑ccc > 2:220180/1‑149 (MQ=255) cTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGc < 5:328608/149‑1 (MQ=255) tCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATc > 5:6427/1‑149 (MQ=255) aGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCgg < 6:6427/149‑1 (MQ=255) gTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTTATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAATGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCggg < 6:155171/149‑1 (MQ=255) gTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCggg < 3:36494/149‑1 (MQ=255) tCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGTCTTGATGCGTGccc < 3:108140/113‑1 (MQ=255) tCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGccc > 4:108140/1‑113 (MQ=255) tCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTgg > 3:236865/1‑149 (MQ=255) agcagcttgcggcgcttgagcagttcgcgcaggcgccccagtacctcgactagccccatgacggccaggcgctccatggggaaataggattgcaggccctcggcctCCATCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTgg > 2:32128‑M1/107‑149 (MQ=255) cagcttgcggcgcttgagcagttcgcgcaggcgccccagtacctcgactagccccatgacggccaggcgctccatggggaaataggattgcaggccctcggcctCCATCAAGGGGCCGCCAACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTgg > 6:180500‑M1/105‑149 (MQ=255) tGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTggcgg > 5:156820/1‑149 (MQ=255) aGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTggcggc < 3:231585/148‑1 (MQ=255) gCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCAATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGccc < 6:163949/149‑1 (MQ=255) gcgtgagcacttcgcgcaggcgcccccgtacctcgactagccccatgacggccaggcgctccatggggaaataggattgcaggccctcggcctCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATg > 6:346848‑M1/94‑149 (MQ=255) gcgGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGa < 6:350703/149‑1 (MQ=255) cgGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAg < 3:129866/149‑1 (MQ=255) cgGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAg > 1:125432/1‑149 (MQ=255) cATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAgg < 2:125432/147‑1 (MQ=255) tCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGcc > 5:6370/1‑147 (MQ=255) gcgcTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGc < 7:142902/108‑1 (MQ=255) gcgcTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGc > 8:142902/1‑108 (MQ=255) cTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTg < 8:279108/149‑1 (MQ=255) cTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTg < 5:70332/149‑1 (MQ=255) cTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTg < 1:220180/149‑1 (MQ=255) tGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAg < 2:341587/136‑1 (MQ=255) tGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAg > 1:341587/1‑136 (MQ=255) atGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGtt < 3:318923/103‑1 (MQ=255) atGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGtt > 4:318923/1‑103 (MQ=255) atGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGACGAGGGCCTGCAATc > 6:106163/1‑149 (MQ=255) gccccagtacctcgactagccccatgacggccaggcgctccatggggaaataggattgcaggccctcggcctCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAgg < 5:307173‑M1/60‑1 (MQ=255) gccccagtacctcgactagccccatgacggccaggcgctccatggggaaataggattgcaggccctcggcctCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAgg > 6:307173‑M1/73‑132 (MQ=255) gCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTcc < 6:156820/149‑1 (MQ=255) cTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTccc > 8:133713/1‑149 (MQ=255) gCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCAt < 7:133713/148‑1 (MQ=255) aGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAgc > 4:313181/1‑149 (MQ=255) cgcTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAgcgc < 4:333768/149‑1 (MQ=255) cTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTAttt < 6:113009/134‑1 (MQ=255) cTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTAttt > 5:113009/1‑134 (MQ=255) gTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGc > 3:28178/1‑149 (MQ=255) gTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATg < 6:6370/149‑1 (MQ=255) gCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGATGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGc > 5:186153/1‑148 (MQ=255) cAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAg > 7:255465/1‑149 (MQ=255) cGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAgg < 4:28178/149‑1 (MQ=255) ttCAGGCGTGATGCGGGCCCGCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGTTGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGcc < 4:236865/149‑1 (MQ=255) aGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGCCTgc < 5:106163/149‑1 (MQ=255) ggCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGCCTgcg > 6:92608/1‑149 (MQ=255) cGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGCCTGCGCGAACTGCt < 3:313181/149‑1 (MQ=255) gCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGCCTGCGCGAACTGCTc > 7:150870/1‑147 (MQ=255) | CGGCCACGCAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGGCGC‑GCCA‑CCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGCCTGCGCGAACTGCTC > NC_002947/1798003‑1798296 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |