New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4094105 = | 47 (0.800) | 3 (0.050) | 3/246 | NT | 6.1% | coding (1102/1581 nt) | PP_3602 | 2,5‑dioxovalerate dehydrogenase |
? | NC_002947 | 4094144 = | 48 (0.860) | coding (1141/1581 nt) | PP_3602 | 2,5‑dioxovalerate dehydrogenase |
CCGACCTTGGCCAGTACCTGGACCAGCAAGCCGGGCAAACCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCAGGACAACGACCAACTGCGCGACGCGCTGCTCGGCCTGCGC > NC_002947/4093962‑4094251 | ctccgcttcgccgatcagcgtcgcggtcagctggccgcgcaggccgagcagcgcgtcgcgcagttggtcgttgtcctgcacctctacggccacggtggtgggcccaaacacttcttcctgcaacagcgggtcggactcgaccagCAGgc < 7:268362‑M1/5‑1 (MQ=255) ccGACCTTGGCCAGTACCTGGACCAGCAAGCCGGGCAAACCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGgcg > 4:197766/1‑149 (MQ=255) cGACCTTGGCCAGTACCTGGACCAGCAAGCCGGGCAAACCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGgcgc > 3:308806/1‑149 (MQ=255) gCCAGTACCTGGACCAGCAAGCCGGGCAAACCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCa < 6:109262/148‑1 (MQ=255) tGGACCAGCAAGCCGGGCAAACCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAg > 3:337990/1‑149 (MQ=255) gACCAGCAAGCCGGGCAAACCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAgg < 5:11617/148‑1 (MQ=255) ccAGCAAGCCGGGCAAACCATGCTCTATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCg < 4:29573/149‑1 (MQ=255) cAAGCCGGGCAAACCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATg > 7:211941/1‑148 (MQ=255) gCCGGGCAAACCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCaag > 7:351867/1‑147 (MQ=255) ccGGGCAAACCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGGGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCTATGCACGc < 5:132616/149‑1 (MQ=255) aaaCCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCctgctg < 8:211941/149‑1 (MQ=255) gcaggccgagcagcgcgtcgcgcagttggtcgttgtcctgcacctctacggccacggtggtgggcccaaacacttcttcctgcaacagcgggtcggactcgaccagCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTgg > 3:267277‑M1/107‑149 (MQ=255) aTGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGAt > 2:314822/1‑132 (MQ=255) aTGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGAt < 1:314822/132‑1 (MQ=255) aaTGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGa > 3:215782/1‑149 (MQ=255) aaTGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGa < 7:203914/149‑1 (MQ=255) aTGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGAc > 8:89802/1‑149 (MQ=255) aTGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGAc < 4:215782/149‑1 (MQ=255) gattGCACAGCTACTTGGTCTGACTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTg < 8:351867/147‑1 (MQ=255) ttGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTg > 2:154802/1‑147 (MQ=255) tACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAgt > 8:180517/1‑149 (MQ=255) aCGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCCAATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAgt > 1:38918/1‑149 (MQ=255) cggcggCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTg < 4:308806/149‑1 (MQ=255) gcggcCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTggg < 6:332666/149‑1 (MQ=255) gcCTTGAACACTTGCATGCCG‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGccc < 4:337990/149‑1 (MQ=255) cTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTc < 6:195909/108‑1 (MQ=255) cTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTc > 5:195909/1‑108 (MQ=255) ctctacggccacggtggtgggcccaaacacttcttcctgcaacagcgggtcggactcgaccagCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCct > 4:150669‑M1/64‑101 (MQ=255) ctctacggccacggtggtgggcccaaacacttcttcctgcaacagcgggtcggactcgaccagCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCct < 3:150669‑M1/38‑1 (MQ=255) gAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCcaccac > 4:200906/1‑149 (MQ=255) ttGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGttt > 3:81209/1‑132 (MQ=255) ttGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGttt < 4:81209/132‑1 (MQ=255) gccc‑atgccGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTa < 8:167937/147‑1 (MQ=255) gccc‑atgccGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTa > 7:167937/1‑147 (MQ=255) cc‑atgccGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTg < 3:36375/125‑1 (MQ=255) cc‑atgccGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTg > 4:36375/1‑125 (MQ=255) cc‑atgccGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAgg < 2:346195/149‑1 (MQ=255) c‑atgccGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGt < 3:197766/149‑1 (MQ=255) atgccGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTg < 2:38918/149‑1 (MQ=255) ccGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCa < 1:154802/148‑1 (MQ=255) ccGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCa < 7:89802/148‑1 (MQ=255) cGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGa > 5:83523/1‑93 (MQ=255) cGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGa < 6:83523/93‑1 (MQ=255) tCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCAGGACaa < 3:200906/148‑1 (MQ=255) cGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGt < 7:289023/126‑1 (MQ=255) cGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGt > 8:289023/1‑126 (MQ=255) tgtgGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCAGGACAACGACCAAc > 5:50487/1‑149 (MQ=255) tgGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCAGGACAACGACCAACTg > 3:255853/1‑149 (MQ=255) ggTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCAGGACAACGACCAACTGCGCGACgcgc < 4:255853/149‑1 (MQ=255) gAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCAGGACAACGACCAACTGCGCGACGCGCTGCTCgg > 3:238525/1‑149 (MQ=255) gAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCAGGACAACGACCAACTGCGCGACGCGCTGCTCgg > 6:192609/1‑149 (MQ=255) aaCCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCAGGACAACGACCAACTGCGCGACGCGCTGCTCGGCCTgcg > 8:268362/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCAGGACAACGACCAACTGCGCGACGCGCTGCTCGGCCTgcgc > 8:81336/1‑149 (MQ=255) | CCGACCTTGGCCAGTACCTGGACCAGCAAGCCGGGCAAACCATGCTCAATGCTGGCGGCTTGCACAGCTACGTCGGCGGCCTTGAACACTTGCATGCCC‑ATGCCGGTATCGAGCATGTGGCCGGCCAGGTGCAGGAAGGCAACCAGGCGCGCGCTCAGCTGTTCAAGGCCGATGCACGCCTGCTGGTCGAGTCCGACCCGCTGTTGCAGGAAGAAGTGTTTGGGCCCACCACCGTGGCCGTAGAGGTGCAGGACAACGACCAACTGCGCGACGCGCTGCTCGGCCTGCGC > NC_002947/4093962‑4094251 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |