New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 329807 | 49 (0.830) | 4 (0.070) | 4/242 | NT | 7.8% | coding (164/720 nt) | gltR‑I | two‑component system response regulator |
? | NC_002947 | = 329871 | 49 (0.890) | coding (100/720 nt) | gltR‑I | two‑component system response regulator |
CCTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTCGGTGAGGGCCGGTGGCGCTCGTTACG > NC_002947/329724‑330014 | ccTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCt > 8:234830‑M2/1‑148 (MQ=255) ccTTGGCTGACAGCATGATCACGGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCt < 7:234830‑M2/149‑2 (MQ=255) cTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCtg > 6:27426‑M2/1‑147 (MQ=255) ggCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCtgc > 4:100341‑M2/1‑144 (MQ=255) aCAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCtgctgccg > 3:155764‑M2/1‑139 (MQ=255) aCAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTgcc‑gc < 4:105490/148‑1 (MQ=255) cAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTgcc‑gc > 2:53345/1‑147 (MQ=255) tGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACg < 1:53345/149‑1 (MQ=255) tCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGtt > 8:275501/1‑148 (MQ=255) tCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGtt < 7:275501/148‑1 (MQ=255) aCTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTg > 2:85774/1‑147 (MQ=255) tGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCAGCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGtt < 6:41766/144‑1 (MQ=255) tGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCAGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGtt > 5:41766/1‑144 (MQ=255) ccAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCg < 6:226294/149‑1 (MQ=255) ggTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGt < 1:85774/149‑1 (MQ=255) tgtgGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCa < 7:52349/149‑1 (MQ=255) gCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGt < 5:10219/148‑1 (MQ=255) gCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGt > 7:355666/1‑148 (MQ=255) gCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGt < 1:125464/148‑1 (MQ=255) ccTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGtt < 2:366191/127‑1 (MQ=255) ccTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGtt > 1:366191/1‑127 (MQ=255) cAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATcac < 3:181682/149‑1 (MQ=255) cAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATca > 4:181682/1‑148 (MQ=255) aaCTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATcac > 2:125679/1‑148 (MQ=255) aGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTcgcg > 6:34105/1‑149 (MQ=255) gCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGa < 2:255612/149‑1 (MQ=255) ccGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCtcgtc < 1:125679/149‑1 (MQ=255) tCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAg < 6:141539/116‑1 (MQ=255) tCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAg > 5:141539/1‑116 (MQ=255) aCCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAATTTCGCGGATCTCGTCGTcatcat > 2:360388/1‑149 (MQ=255) cccGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCatcatc < 5:34105/149‑1 (MQ=255) ccGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCtgctgccgggtgaggacggccttagcctgtgcaggcagttgcaggccacacctgggttggcagtgatcatgctgt < 3:56897‑M2/148‑76 (MQ=255) cGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCtgctgccgggtgaggacggccttagcctgtgcaggcagttgcaggccacacctgggttggcagtgatcatgctgt < 2:72133‑M2/147‑76 (MQ=255) ggCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGAc < 7:153926/149‑1 (MQ=255) tCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGc < 3:89977/77‑1 (MQ=255) tCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGc > 4:89977/1‑77 (MQ=255) ggTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAgg > 2:84616/1‑149 (MQ=255) ggTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGGTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAgg > 2:47728/1‑149 (MQ=255) gTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCCAGCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAaagaa < 1:258170/111‑1 (MQ=255) gTCGAGCACCACCAGCTACACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACAGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCACGTAATCACAaagaa > 2:258170/1‑110 (MQ=255) aGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCtgctgccgggtgaggacggccttagcctgtgcaggcagttgcaggccactcctgggttggcagtgatcatgctgtcagccaagggcagcacgc > 1:72133‑M2/1‑56 (MQ=255) aGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGTAGTTCGCgg < 7:213817/114‑1 (MQ=255) aGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAATTTcgcgt > 8:213817/1‑113 (MQ=255) caccaGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCa < 1:84616/149‑1 (MQ=255) ccaGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATg < 8:355666/149‑1 (MQ=255) ccaGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATg < 1:360388/149‑1 (MQ=255) ccACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGaa > 7:292431/1‑148 (MQ=255) ccACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGaa > 8:30175/1‑148 (MQ=255) cACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCTGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATTCAGaaa > 1:96458/1‑148 (MQ=255) cACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGaaa > 5:305223/1‑148 (MQ=255) ccGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCtgctgccgggtgaggacggccttagcctgtgcaggcagttgcaggccacacctgggttggcagtgatcatgctgtcagccaagggcagcacgctggaccgcatcatcggtctggaa > 4:56897‑M2/1‑33 (MQ=255) ccAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCg < 3:197292/120‑1 (MQ=255) ccAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCg > 4:197292/1‑120 (MQ=255) cAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTCGGTGa < 6:305223/149‑1 (MQ=255) aCGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTCGGTGAGGGCCGGTg > 3:178568/1‑149 (MQ=255) aTCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTCGGTGAGGGCCGGTGgcgc > 6:190184/1‑149 (MQ=255) gTTGACAGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATAACAAAGAAGTTAGCGGATCTAGTCGTCATAATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTAGGTGAGGGCCGGTGGAGCTCGt > 2:257988/1‑149 (MQ=255) gACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACcagca > 6:15455/1‑93 (MQ=255) gACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACcagca < 5:15455/93‑1 (MQ=255) gACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTCGGTGAGGGCCGGTGGCGCTCGTGAc > 8:202115/1‑149 (MQ=255) aCCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTCGGTGAGGGCCGGTGGCGCTCGTTACg > 3:132267/1‑149 (MQ=255) aCCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATCCAGAAAAACACCTGTTCGGTGAGGGCCGGTGGCGCTCGTTACg < 1:257988/149‑1 (MQ=255) | CCTTGGCTGACAGCATGATCACTGCCAACCCAGGTGTGGCCTGCAACTGCCTGCACAGGCTAAGGCCGTCCTCACCCGGCAGCATCAGGTCGAGCACCACCAGCTCCACTTTGTGCCGGGCCAGCTGGTCACGCATCTGTTGACCGTCTGCTGCC‑GCCAGCACGTTGTAGCCGGCATCGGTCAGGTAATCACAAAGAAGTTCGCGGATCTCGTCGTCATCATCGACAACCAGCAGGGTCGTGCTCATGCAGAAAAACACCTGTTCGGTGAGGGCCGGTGGCGCTCGTTACG > NC_002947/329724‑330014 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |