New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 570780 | 52 (0.880) | 4 (0.070) | 4/250 | NT | 7.7% | coding (1156/1395 nt) | yajR | transporter |
? | NC_002947 | = 570808 | 46 (0.810) | coding (1184/1395 nt) | yajR | transporter |
CACCAGCCAGTTCCTCGGTGCAGCGTTAGGCGGGATTCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTGTGGTGGTGGAAGAAGAAGCCGCCATCTATATCAAACTGGATACGAA > NC_002947/570668‑570955 | caccaGCCAGTTCCTCGGTGCAGCGTTAGGCGGGATTCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCatat < 7:145047/148‑1 (MQ=255) ccagccagTTCCTCGGTGCAGCGTTAGGCGGGATTCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATAtgt > 1:262677/1‑148 (MQ=255) agTTCCTCGGTGCAGCGTTAGGCGGGATTCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGc > 5:31170/1‑149 (MQ=255) agTTCCTCGGTGCAGCGTTAGGCGGGATTCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGc < 6:31170/149‑1 (MQ=255) cTCGGTGCAGCGTTAGGCGGGATTCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGCTCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTgcg > 7:170930/1‑149 (MQ=255) gCGTTAGGCGGGATTCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCtt < 2:87325/149‑1 (MQ=255) gggATTCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCt > 1:356613/1‑147 (MQ=255) gATTCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAgg > 3:269613/1‑149 (MQ=255) ttCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTgcgc < 1:95753/128‑1 (MQ=255) ttCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTgcgc > 2:95753/1‑128 (MQ=255) ttGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGccc < 2:29690/131‑1 (MQ=255) ttGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGccc > 1:29690/1‑131 (MQ=255) ggcggcTGCCAGATCCAGCACGGCGGGCTGAACACGCTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTCGCTGATCGTCGCCTTGAGCATGAACGAGCCCCCATATGTGACCAGCCTCCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGCTCCg > 4:199880/1‑149 (MQ=255) gctggctgTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGaa < 6:144912/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCtt > 4:40090/1‑120 (MQ=255) gTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCtt < 3:40090/120‑1 (MQ=255) cAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCggg < 5:59240/136‑1 (MQ=255) cAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCggg > 6:59240/1‑136 (MQ=255) cAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCg > 6:89208/1‑134 (MQ=255) cAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCg < 5:89208/134‑1 (MQ=255) cggcggGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAgc < 2:262677/149‑1 (MQ=255) ggCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCt > 7:104211/1‑148 (MQ=255) gCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGa < 3:137126/149‑1 (MQ=255) aaCACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGc > 5:335188/1‑149 (MQ=255) gtTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAgg > 2:202653/1‑104 (MQ=255) gtTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAgg < 1:202653/104‑1 (MQ=255) ttCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTTCTATCTGGCTGTTCGGCGCCTTGCGCATGTACGAGCCGCCATATGTGACCCGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCgg < 3:199880/148‑1 (MQ=255) tCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGgt < 8:170930/149‑1 (MQ=255) ccTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGgtg > 3:274723/1‑149 (MQ=255) ccTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGgt < 4:269613/148‑1 (MQ=255) cTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGgtgt < 8:104211/149‑1 (MQ=255) cTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGgtgt < 2:98498/149‑1 (MQ=255) cTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGAAGGCCGTGCCGGgtgt > 3:270505/1‑149 (MQ=255) cTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTAACTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCCCCTGATGGCCGTGCCGGgtgt > 5:201782/1‑149 (MQ=255) tCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGtgtg > 6:251903/1‑149 (MQ=255) gTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGAcc > 6:196340/1‑149 (MQ=255) gcgcGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGa < 1:225265/148‑1 (MQ=255) cTGGGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGGCGCCATATGTGACCAGCCTGCGGATGGCCTTGACGCCTGAGGCGGTGCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGTGTGTGACCGACGGTgtggt < 6:201782/149‑1 (MQ=255) tgtgCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCgccagatagcacacagcaccgcgctgccgaggaacaccgtgttcagcccgccgtgctggaacagccagccgccaagaatcccgcctaacgctgcaccgaggaact > 4:44553‑M2/1‑41 (MQ=255) tgtgCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCgccagatagcacacagcaccgcgctgccgaggaacaccgtgttcagcccgccgtgctggaacagccagccgccaagaatcccgcctaacgctgcaccgaggaact < 3:44553‑M2/146‑106 (MQ=255) tgCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTgtggtggtg > 7:125475/1‑148 (MQ=255) tgCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTGtggtggtgg < 6:185498/149‑1 (MQ=255) cTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCgccagatagcacacagcaccgcgctaccgaggaacaccgtgttcagcccgccgtgctggaacagccagccgccaagaatcccgcctaacgctgcaccgaggaactggctggt < 2:347988‑M2/149‑113 (MQ=255) aTCTGGCTGATCGTCGACTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTGTGGTGGTGgaag > 6:224018/1‑148 (MQ=255) tGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGCGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCgg > 4:100552/1‑118 (MQ=255) tGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCgg < 3:100552/118‑1 (MQ=255) gtcgCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTGTGGTGGTGGAAGAAGAAGCCGCCAt < 4:274723/149‑1 (MQ=255) gCCTTGCGCATGAACGAGCCgccagatagcacacagcaccgcgctaccgaggaacaccgtgttcagcccgccgtgctggaacagccagccgccaagaatcccgcctaacgctgcaccgaggaactggctggtggaatacacccccatt > 1:347988‑M2/1‑20 (MQ=255) ttGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTGTGGTGGTGGAAGAAGAAGCCGCCATCTatat > 2:186978/1‑149 (MQ=255) gcgcATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCAGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTGTGGTGGTGGAAGAAGAAGCCGCCATCTATATc > 7:60235/1‑148 (MQ=255) cATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTGTGGTGGTGGAAGAAGAAGCCGCCATCTATATCAAAc > 5:16624/1‑149 (MQ=255) aCGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTGTGGTGGTGGAAGAAGAAGCCGCCATCAATATCAAACTGGa > 7:135677/1‑148 (MQ=255) cgccATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTGTGGTGGTGGAAGAAGAAGCCGCCATCTATATCAAACTGGATACGaa > 2:116009/1‑148 (MQ=255) | CACCAGCCAGTTCCTCGGTGCAGCGTTAGGCGGGATTCTTGGCGGCTGGCTGTTCCAGCACGGCGGGCTGAACACGGTGTTCCTCGGTAGCGCGGTGCTGTGTGCTATCTGGCTGATCGTCGCCTTGCGCATGAACGAGCCGCCATATGTGACCAGCCTGCGCATGCCCTTGACGCCTGAGGCGGTCCGGGAAGCCGGCCTGACCGAGCGCCTGATGGCCGTGCCGGGTGTGACCGACGCTGTGGTGGTGGAAGAAGAAGCCGCCATCTATATCAAACTGGATACGAA > NC_002947/570668‑570955 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |