New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3245851 = | 70 (1.190) | 4 (0.070) | 4/244 | NT | 6.8% | coding (106/879 nt) | PP_2841 | site‑specific recombinase |
? | NC_002947 | 3245906 = | 44 (0.790) | coding (161/879 nt) | PP_2841 | site‑specific recombinase |
GCCCCATCCAGCCAGCAAACCATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACGGGCAGCCGCTTGCCGCCAGGGCGC > NC_002947/3245758‑3246054 | gCCCCATCCAGCCAGCAAACCATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATgg < 4:321174/149‑1 (MQ=255) ccccATCCAGCCAGCAAACCATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGc > 3:185987/1‑149 (MQ=255) ctcgtggtcgatcaggccctgacgccaggcctcgttcatcaccccgcgaatcgcgttgacgtacagcgacgagctgtttggcgcgaagcCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCtt > 8:15322‑M1/90‑148 (MQ=255) cATCCAGCCAGCAAACCATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTc < 3:101555/149‑1 (MQ=255) agccagcAAACCATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGcc < 4:185987/149‑1 (MQ=255) gccagcAAAACATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCTACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGAGccc < 6:47889/149‑1 (MQ=255) cagcAAACCATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTc < 4:278512/141‑1 (MQ=255) cagcAAACCATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTc > 3:278512/1‑141 (MQ=255) gcAAACCATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCaa > 6:19796/1‑147 (MQ=255) cATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCtcgt > 3:327817/1‑149 (MQ=255) tGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCtcgtcg < 7:205919/149‑1 (MQ=255) gcTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTg < 6:184130/149‑1 (MQ=255) gcTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTg > 8:36872/1‑149 (MQ=255) gcTACATTCTTCAGGACACCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTg > 7:213657/1‑149 (MQ=255) aCATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTAc > 7:159719/1‑149 (MQ=255) ttcAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAAc > 5:369866/1‑149 (MQ=255) tcAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAAcg > 1:175880/1‑149 (MQ=255) aGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAAcgc > 1:21857/1‑148 (MQ=255) gACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGt < 6:370169/149‑1 (MQ=255) cGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGtgat < 8:159719/149‑1 (MQ=255) cTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCggg < 7:247157/141‑1 (MQ=255) cTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCggg > 8:247157/1‑141 (MQ=255) tAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGAtt < 6:73425/134‑1 (MQ=255) tAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGAtt > 5:73425/1‑134 (MQ=255) tAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAAc > 6:261851/1‑149 (MQ=255) ttGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGc < 2:21857/148‑1 (MQ=255) gTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCt > 3:224690/1‑110 (MQ=255) gTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCt < 4:224690/110‑1 (MQ=255) gACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCg > 7:301482/1‑149 (MQ=255) cAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGc < 6:26442/143‑1 (MQ=255) cAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGc > 5:26442/1‑143 (MQ=255) cAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAgg < 2:175880/149‑1 (MQ=255) cAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAg < 5:261851/148‑1 (MQ=255) gtgCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAg > 5:24434/1‑80 (MQ=255) gtgCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAg < 6:24434/80‑1 (MQ=255) gtgCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGAcc < 8:301482/148‑1 (MQ=255) tgCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCAc < 6:92176/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCATCGGCTGGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGa < 4:35655/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGTTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCAc > 7:141089/1‑147 (MQ=255) ttGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGag > 2:339296/1‑148 (MQ=255) aagccatcggcacgcagggcagccaccagtgcaatcacatggcccggctcgagccgatgGCTTCGCGCCAAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGag > 8:15322‑M2/60‑148 (MQ=255) atcggcacgcagggcagccaccagtgcaatcacatggcccggctcgagccgatgGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAgg < 6:94136‑M2/72‑1 (MQ=255) atcggcacgcagggcagccaccagtgcaatcacatggcccggctcgagccgatgGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAgg > 5:94136‑M2/55‑126 (MQ=255) ATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTg < 8:54664‑M1/149‑1 (MQ=255) GGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGtt > 1:293731‑M1/1‑148 (MQ=255) tCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCg > 2:118533/1‑148 (MQ=255) gCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTc < 7:36872/149‑1 (MQ=255) tgATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCaa < 1:339296/148‑1 (MQ=255) tGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCgg > 1:190526/1‑149 (MQ=255) cTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCt < 4:342905/119‑1 (MQ=255) cTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCt > 3:342905/1‑119 (MQ=255) acatggcccggctcgagccgatgGCTTCGCGCCTAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACg < 7:15322‑M2/125‑1 (MQ=255) gtggTTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACgg < 8:141089/148‑1 (MQ=255) gCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACGGGCAg > 3:118761/1‑149 (MQ=255) cTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACGGGCAGCCGCtt < 2:229978/149‑1 (MQ=255) cTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACGGGCAGCCGCtt < 4:327817/149‑1 (MQ=255) tGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACGGGCAGCCGCTTgccgc > 2:255540/1‑149 (MQ=255) cgatgGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACGGGCAGCCGCTTGCCGCCAg > 2:89463‑M2/6‑149 (MQ=255) gatgGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCAc < 6:9600‑M2/86‑1 (MQ=255) gatgGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCAc > 5:9600‑M2/5‑90 (MQ=255) atgGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACGGGCAGCCGCTTGCCGCCAggg > 5:25879‑M2/4‑149 (MQ=255) atgGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACGGGCAGCCGCTTGCCGCCAggg > 5:184742‑M2/4‑149 (MQ=255) gCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGCGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACGGGCAGCCGCTTGCCGCCAGGgcgc < 1:118533/149‑1 (MQ=255) | GCCCCATCCAGCCAGCAAACCATGCGCTACATTCTTCAGGACGCCGCCGACCGGCTAGGTTTTGTCGACTGCAACATTGTCGATGTGCCTTGGCATCGGCTCGAGCCGGGCCATGTGATTGCACTGGTGGCTGCCCTGCGTGCCGATGGCTTCGCGCCCAACAGCTCGTCGCTGTACGTCAACGCGATTCGCGGGGTGATGAACGAGGCCTGGCGTCAGGGCCTGATCGACCACGAGCAGCTGTTGCGTATTCGCGAGGTCAAGCCGGCCACGGGCAGCCGCTTGCCGCCAGGGCGC > NC_002947/3245758‑3246054 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |