New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3561306 = | 41 (0.700) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 6.7% | coding (1061/1377 nt) | tdcG‑III | L‑serine dehydratase |
? | NC_002947 | 3561326 = | 44 (0.770) | coding (1081/1377 nt) | tdcG‑III | L‑serine dehydratase |
TGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATTGCTGCGGTCAAGGCGATC > NC_002947/3561179‑3561469 | tGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAgg > 4:93798/1‑148 (MQ=255) tgtgGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTa > 6:374670/1‑149 (MQ=255) tggtggACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TGAGCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTa < 1:50036/148‑1 (MQ=255) tggtggACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTAc < 4:291528/148‑1 (MQ=255) gtggACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTAcgcc > 3:97409/1‑149 (MQ=255) tggACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTAcgccg < 6:306845/149‑1 (MQ=255) ggACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTAcgccgc > 7:96002/1‑149 (MQ=255) ttCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGccc > 8:308037/1‑147 (MQ=255) ttCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGccc > 6:55791/1‑147 (MQ=255) ttCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGccc > 2:124076/1‑147 (MQ=255) ccTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAg < 8:96002/148‑1 (MQ=255) ccTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGc > 6:306181/1‑149 (MQ=255) cTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCt > 2:190026/1‑149 (MQ=255) cTGCGTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGGGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGc < 7:69613/148‑1 (MQ=255) gCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCtt > 5:200341/1‑148 (MQ=255) cTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCtt < 2:32907/147‑1 (MQ=255) cTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGAAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCtt < 1:216893/147‑1 (MQ=255) gcacctgcaccaggccgcccaccgggtcgcaggtcagcccaaggttgtgctccagggcaatttcggcggcgttttcaagctggggcggcgtagcgcccagtacctgctgccggcctggcgcagGTACTGGGCGCTAc < 1:358934‑M2/14‑1 (MQ=255) gcgcAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAAc < 5:306181/149‑1 (MQ=255) tgtgCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCATGGAg > 3:246804/1‑149 (MQ=255) tcgcaggtcagcccaaggttgtgctccagggcaatttcggcggcgttttcaagctggggcggcgtagcgcccagtacctgctgccggcctggcgcagGTACTggg > 6:314287‑M2/98‑105 (MQ=255) tcgcaggtcagcccaaggttgtgctccagggcaatttcggcggcgttttcaagctggggcggcgtagcgcccagtacctgctgccggcctggcgcagGTACTggg < 5:314287‑M2/8‑1 (MQ=255) aCGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTggg < 1:190026/149‑1 (MQ=255) aCGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTgg < 3:93798/148‑1 (MQ=255) gCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTa < 4:167161/94‑1 (MQ=255) gCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTa > 3:167161/1‑94 (MQ=255) cTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCGGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGa > 3:278545/1‑149 (MQ=255) cTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAACTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGa > 5:87525/1‑149 (MQ=255) gATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCt > 7:266356/1‑149 (MQ=255) ttCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGc < 6:346504/148‑1 (MQ=255) cgCCGAGGTGGGTGGTCTGGGGGTGGTGGGCGGGGCCGGTTCTCGACCCCA‑GGTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAATTTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGa < 1:124076/148‑1 (MQ=255) cGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTgg < 5:374670/149‑1 (MQ=255) aGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGggc < 8:266356/149‑1 (MQ=255) tGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGggcggc < 4:97409/149‑1 (MQ=255) aGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAg < 7:308037/149‑1 (MQ=255) gggAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTg > 3:207137/1‑149 (MQ=255) gAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGcc > 6:173186/1‑149 (MQ=255) ggTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGt < 6:200341/149‑1 (MQ=255) cTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATc > 4:123793/1‑148 (MQ=255) tCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATc > 1:187913/1‑147 (MQ=255) cTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTg < 4:90506/124‑1 (MQ=255) cTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTg > 3:90506/1‑124 (MQ=255) tGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCaa > 2:353765/1‑149 (MQ=255) gtagcgcccagtacCTGCGCCAGGCCGGCAGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGc < 1:358934‑M1/123‑1 (MQ=255) cccagtacCTGCGCCAGGCCGGCAGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGa > 6:314287‑M1/9‑105 (MQ=255) cccagtacCTGCGCCAGGCCGGCAGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGa < 5:314287‑M1/97‑1 (MQ=255) tG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAACTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGAtt < 6:87525/149‑1 (MQ=255) gctgctGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATtg < 4:278545/148‑1 (MQ=255) TGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATtgctg < 7:120247‑M1/149‑1 (MQ=255) TGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATtgctg < 2:27830‑M1/149‑1 (MQ=255) CTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTCCGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACCACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATTGCTGCg < 4:20714‑M1/149‑1 (MQ=255) CTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATtgctgc > 1:353765‑M1/1‑148 (MQ=255) ccGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATTGCTGCGGt < 3:123793/148‑1 (MQ=255) gCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCCACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTTGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATTGCTGCGGTCAAg < 4:246804/149‑1 (MQ=255) ccTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATTGCTGCGGTCAAgg < 2:187913/149‑1 (MQ=255) gcagGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATTGCTGCGGTCAAGGCGATc > 4:222167‑M2/5‑148 (MQ=255) | TGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGT‑‑TCGA‑‑‑TG‑GCTGCTGCCGGCCTGGCGCAGGTACTGGGCGCTACGCCGCCCCAGCTTGAAAACGCCGCCGAAATTGCCCTGGAGCACAACCTTGGGCTGACCTGCGACCCGGTGGGCGGCCTGGTGCAGGTGCCGTGCATCGAGCGCAATGCGATTGCTGCGGTCAAGGCGATC > NC_002947/3561179‑3561469 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |