New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5797718 | 55 (0.930) | 4 (0.070) | 4/244 | NT | 7.1% | coding (182/4446 nt) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
? | NC_002947 | = 5797772 | 52 (0.930) | coding (128/4446 nt) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
GAACACCATGCCGACGGCGTACTGCTTGGGCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTACAGACCTGTTTTCATAGACACATTCTCACCAGGTTC > NC_002947/5797627‑5797920 | gaaCACCATGCCGACGGCGTACTGCTTGGGCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGtca < 2:204716‑M2/149‑4 (MQ=255) aaCACCATGCCGACGGCGTACTGCTTGGGCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGtcat > 4:129659‑M2/1‑145 (MQ=255) cATGCCGACGGCGTACTGCTTGGGCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTcatgcatg > 3:368511/1‑149 (MQ=255) tGCCGACGGCGTACTGCTTGGGCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑Tc < 3:24308/149‑1 (MQ=255) tGCCGACGGCGTACTGCTTGGGCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑Tc < 2:38125/149‑1 (MQ=255) gTACTGCTTGGGCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCa < 3:128924/149‑1 (MQ=255) tACTGCTTGGGCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCAt < 1:67350/149‑1 (MQ=255) cTTGGGCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCa < 4:368511/148‑1 (MQ=255) gggCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGtt < 2:5752/148‑1 (MQ=255) aGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTg > 1:252072/1‑146 (MQ=255) tCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGACAGTTTGCAGAAg > 6:69547/1‑149 (MQ=255) aGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCAt < 8:222488/129‑1 (MQ=255) aGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCAt > 7:222488/1‑129 (MQ=255) aGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAggtggt < 3:212656/149‑1 (MQ=255) aGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAggtggt > 4:212656/1‑149 (MQ=255) gCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGgtggtg < 1:146211/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTggctcgg < 2:168764/144‑1 (MQ=255) cTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTggctcgg > 1:168764/1‑144 (MQ=255) ccATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAg < 4:297135/127‑1 (MQ=255) ccATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAg > 3:297135/1‑127 (MQ=255) ccATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGt > 4:57443/1‑148 (MQ=255) ccATGGAACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATTAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTATTGACGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCATAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGt > 6:168112/1‑148 (MQ=255) cATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCa < 3:57443/149‑1 (MQ=255) aTGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCat < 2:252072/149‑1 (MQ=255) cACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATgg > 4:268590/1‑149 (MQ=255) gCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGc > 7:143454/1‑148 (MQ=255) gCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGc > 8:327846/1‑148 (MQ=255) gAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGACAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCa < 5:69547/149‑1 (MQ=255) aaTTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGgtggtg > 7:98924/1‑119 (MQ=255) aaTTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGgtggtg < 8:98924/119‑1 (MQ=255) ggCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAAc > 4:138262/1‑148 (MQ=255) gCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACca < 7:327846/149‑1 (MQ=255) ttCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGtcatgcagaagcccgatcaattcctgcgtgccatggcccaggagcacttcgctgtcgagctgcccaagcagtacgccgtcggcat < 1:29030‑M2/149‑86 (MQ=255) ttCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACca > 2:316930/1‑147 (MQ=255) gCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGtcatgcagaagcccgatcaattcctgcgtgccatggcccaggagcacttcgctgtc > 3:51583‑M2/1‑60 (MQ=255) gCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGtcatgcagaagcccgatcaattcctgcgtgccatggcccaggagcacttcgctgtc < 4:51583‑M2/116‑57 (MQ=255) tGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTcc < 3:138262/149‑1 (MQ=255) aGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCtt < 1:204716/149‑1 (MQ=255) gCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCAGAGTTGTCCtt > 2:24052/1‑148 (MQ=255) aGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGaa < 3:268590/149‑1 (MQ=255) gCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATGATCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAAttct > 1:101776/1‑149 (MQ=255) taCCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCg < 1:316930/148‑1 (MQ=255) cGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTa < 5:165949/148‑1 (MQ=255) cGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTa > 6:165949/1‑148 (MQ=255) gCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGtcatgcagaagcccgatcaattcctgcgtgccatggcccaggagcacttcgctgtcgagctgcccaagcagtacgccgtcggcatggtgttcttcaaccaggacccggtcaaagccg > 2:29030‑M2/1‑29 (MQ=255) cggcGGCATCAATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTACAGACCTGtt > 3:320942/4‑149 (MQ=255) gTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATgg < 2:330500/136‑1 (MQ=255) gTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATgg > 1:330500/1‑136 (MQ=255) tCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTACAGACCTGttt > 5:47759/1‑148 (MQ=255) ggCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACcaca < 3:149667/108‑1 (MQ=255) ggCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACcaca > 4:149667/1‑108 (MQ=255) ggCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTACAGACCTGTTTTc < 2:101776/148‑1 (MQ=255) ggCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTACAGACCTGTTTTCa < 6:47759/149‑1 (MQ=255) cATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTa < 3:228259/133‑1 (MQ=255) cATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTa > 4:228259/1‑133 (MQ=255) aTTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACcaca > 7:33677/1‑105 (MQ=255) aTTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACcaca < 8:33677/105‑1 (MQ=255) ttGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTACAGACCTGTTTTCATAGa < 5:173991/149‑1 (MQ=255) gATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTACAGACCTGTTTTCATAGac > 8:298431/1‑148 (MQ=255) tccgcGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCTATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATg < 2:16415/119‑1 (MQ=255) gccgcGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGCGCTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATg > 1:16415/1‑121 (MQ=255) gTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTACAGACCTGTTTTCATAGACACATTCTCACCAGGTTc < 7:21238/149‑1 (MQ=255) | GAACACCATGCCGACGGCGTACTGCTTGGGCAGCTCGACAGCGAAGTGCTCCTGGGCCATGGCACGCAGGAATTGATCGGGCTTCTGCATGAGCAGACCGCAACCGTCACCGGTCTTGCCGTCGGCATTGATGCCGCCGCGGTGGGTCATGCATG‑TCAGCGC‑CTGCATGGCAGTTTGCAGAAGGTGGTGGCTCGGCTCACCCGTCATATGGGCGATCAGGCCAAAACCACAGTTGTCCTTGAATTCTTCGGGATGGTACAGACCTGTTTTCATAGACACATTCTCACCAGGTTC > NC_002947/5797627‑5797920 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |