New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3092890 | 39 (0.760) | 5 (0.100) | 5/256 | NT | 11.7% | coding (851/939 nt) | PP_2701 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 3092929 | 37 (0.730) | coding (890/939 nt) | PP_2701 | LysR family transcriptional regulator |
AATCGTTGATGACCATCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCG > NC_002947/3092746‑3093037 | aaTCGTTGATGACCATCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGgcgc > 8:96899/1‑147 (MQ=255) aaTCGTTGATGACCATCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGgcgc < 7:96899/147‑1 (MQ=255) atgaCCATCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGa < 2:36398/149‑1 (MQ=255) aCCATCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGc < 4:58086/148‑1 (MQ=255) cATCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCGTCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGt > 2:198072/1‑149 (MQ=255) cATCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGt > 8:201921/1‑149 (MQ=255) cATCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTCATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGt > 2:94861/1‑149 (MQ=255) aTCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGtt < 6:149666/149‑1 (MQ=255) tCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTc < 5:47581/149‑1 (MQ=255) aaCTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCGTCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGc < 1:198072/149‑1 (MQ=255) cGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTgcgc < 2:310755/149‑1 (MQ=255) gTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCgg < 5:291425/149‑1 (MQ=255) ccAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCgcctgcccgcgcaagctgtggaacagctcctgggcagg > 6:227448‑M1/1‑111 (MQ=255) aGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCacctgcccgcgtaagctgtggaacagctcctgggcaggcgc < 1:24451‑M1/149‑42 (MQ=255) ggTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCgcctgcccgcgcaagctgtggaacagctcctgggcaggcgccg < 5:227448‑M1/149‑44 (MQ=255) tttACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCaa < 7:201921/149‑1 (MQ=255) ccTCCGGTATCGATTGCGAGGTCGGCGCCAGGGCGGTGCAGGCGTTGATGCCGGATTACCCCCTCACGCTGGTCTGCATCGCCCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCCGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCa < 5:319767/148‑1 (MQ=255) cTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCacctgcccgcgcaagctgtggaacagctcctgggcaggcgccgtg > 3:45727‑M1/1‑99 (MQ=255) cTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCacctgcccgcgcaagctgtggaacagctcctgggcaggcgccgtg < 4:45727‑M1/144‑46 (MQ=255) tACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCATGCAGAc > 1:114667/1‑149 (MQ=255) cGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGAc < 4:64086/147‑1 (MQ=255) cGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGt > 2:271316/1‑149 (MQ=255) ttCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAg < 2:114667/148‑1 (MQ=255) gtcgCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAg < 8:157272/145‑1 (MQ=255) gtcgCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAg > 7:157272/1‑145 (MQ=255) gAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGt > 3:6563/1‑148 (MQ=255) aGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTga < 4:6563/149‑1 (MQ=255) ttCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGgta > 5:12528/1‑128 (MQ=255) ttCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGgta < 6:12528/128‑1 (MQ=255) ttCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGtt > 1:172223/1‑149 (MQ=255) ggATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCtt < 4:263719/149‑1 (MQ=255) ccccATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTa > 7:39667/1‑149 (MQ=255) cccATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGaa < 8:53585/111‑1 (MQ=255) cccATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGaa > 7:53585/1‑111 (MQ=255) cATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTggg < 5:147191/102‑1 (MQ=255) cATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTggg > 6:147191/1‑102 (MQ=255) tCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATcgcc < 2:172223/149‑1 (MQ=255) tGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAACTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGATCCa > 1:242340/1‑149 (MQ=255) aTCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGATCCACCg > 4:45195/1‑149 (MQ=255) aTCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGATCCACCg < 8:39667/149‑1 (MQ=255) aTCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGATCCACCg > 3:71182/1‑149 (MQ=255) gCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGcc > 4:197319/1‑149 (MQ=255) acaGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGt > 7:266852/1‑118 (MQ=255) acaGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGt < 8:266852/118‑1 (MQ=255) cTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGACAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAgg > 2:138053/1‑149 (MQ=255) tCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGt > 3:123320/1‑149 (MQ=255) cACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccagattgatggggtaatccggaatcaactcctgcaccgccatggcgacgaactcgcaatcgataccgtag < 4:45727‑M2/144‑100 (MQ=255) cACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccagattgatggggtaatccggaatcaactcctgcaccgccatggcgacgaactcgcaatcgataccgtag > 3:45727‑M2/1‑45 (MQ=255) cGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGCgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccagattgatggggtaatccggaatcaactcctgcaccgccatggcgacgaactcgcaatcgataccgtaggtaaacc < 5:227448‑M2/149‑107 (MQ=255) gcgcCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTACGCGGGCAGGTgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccagattgatggggtaatccggaatcaactcctgcaccgccatggcgacgaactcgcaatcgataccgtaggtaaaccct < 1:24451‑M2/149‑109 (MQ=255) | AATCGTTGATGACCATCAGCGAACTGGCGGTGGACCAAGGGTTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGGTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCG > NC_002947/3092746‑3093037 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |