New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3092890 | 39 (0.760) | 5 (0.100) | 5/256 | NT | 11.7% | coding (851/939 nt) | PP_2701 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 3092929 | 37 (0.730) | coding (890/939 nt) | PP_2701 | LysR family transcriptional regulator |
TTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCA > NC_002947/3092787‑3093075 | tttACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCaa < 7:201921/149‑1 (MQ=255) ccTCCGGTATCGATTGCGAGGTCGGCGCCAGGGCGGTGCAGGCGTTGATGCCGGATTACCCCCTCACGCTGGTCTGCATCGCCCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCCGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCa < 5:319767/148‑1 (MQ=255) tACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCATGCAGAc > 1:114667/1‑149 (MQ=255) cGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGAc < 4:64086/147‑1 (MQ=255) cGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGt > 2:271316/1‑149 (MQ=255) ttCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAg < 2:114667/148‑1 (MQ=255) gtcgCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAg > 7:157272/1‑145 (MQ=255) gtcgCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAg < 8:157272/145‑1 (MQ=255) gAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGt > 3:6563/1‑148 (MQ=255) aGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTga < 4:6563/149‑1 (MQ=255) ttCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGgta < 6:12528/128‑1 (MQ=255) ttCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGgta > 5:12528/1‑128 (MQ=255) ttCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGtt > 1:172223/1‑149 (MQ=255) ggATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCtt < 4:263719/149‑1 (MQ=255) ccccATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTa > 7:39667/1‑149 (MQ=255) cccATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGaa < 8:53585/111‑1 (MQ=255) cccATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGaa > 7:53585/1‑111 (MQ=255) cATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTggg > 6:147191/1‑102 (MQ=255) cATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTggg < 5:147191/102‑1 (MQ=255) tCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATcgcc < 2:172223/149‑1 (MQ=255) tGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAACTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCa > 1:242340/1‑149 (MQ=255) aTCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCg > 3:71182/1‑149 (MQ=255) aTCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCg < 8:39667/149‑1 (MQ=255) aTCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCg > 4:45195/1‑149 (MQ=255) gCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGcc > 4:197319/1‑149 (MQ=255) acaGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑Gt < 8:266852/118‑1 (MQ=255) acaGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑Gt > 7:266852/1‑118 (MQ=255) cTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGACAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAgg > 2:138053/1‑149 (MQ=255) tCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGt > 3:123320/1‑149 (MQ=255) cACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccagattgatggggtaatccggaatcaactcctgcaccgccatggcgacgaactcgcaatcgataccgtag > 3:45727‑M2/1‑45 (MQ=255) cACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccagattgatggggtaatccggaatcaactcctgcaccgccatggcgacgaactcgcaatcgataccgtag < 4:45727‑M2/144‑100 (MQ=255) cGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGCgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccagattgatggggtaatccggaatcaactcctgcaccgccatggcgacgaactcgcaatcgataccgtaggtaaacc < 5:227448‑M2/149‑107 (MQ=255) gcgcCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTACGCGGGCAGGTgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccagattgatggggtaatccggaatcaactcctgcaccgccatggcgacgaactcgcaatcgataccgtaggtaaaccct < 1:24451‑M2/149‑109 (MQ=255) ccTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGCgccgtgaggctgtggcggtcgatgcagaccagattgatggggtaatccggaatcaactcctgcaccgccatggcgacgaactcgcaatcgataccgtaggtaaacccttgg > 6:227448‑M2/1‑38 (MQ=255) ccAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGgcg > 6:205602/1‑149 (MQ=255) aGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTg < 3:197319/149‑1 (MQ=255) gCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTgg > 6:193978/1‑149 (MQ=255) ttCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGGCATTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGTCGCGCTGGTTg < 1:94861/149‑1 (MQ=255) ttCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTgg < 2:242340/149‑1 (MQ=255) ccACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTTGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGc < 2:117529/148‑1 (MQ=255) aaaGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTCGGGTCAGAAGTgg > 5:296499/3‑54 (MQ=255) caGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGAt > 2:279462/1‑148 (MQ=255) gcgcGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGcc < 4:71182/148‑1 (MQ=255) ggacAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGc < 1:138053/146‑1 (MQ=255) gTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCa > 5:225723/1‑148 (MQ=255) | TTTACCTACGGTATCGATTGCGAGTTCGTCGCCATGGCGGTGCAGGAGTTGATTCCGGATTACCCCATCAATCTGGTCTGCATCGACCGCCACAGCCTCACGGCGCCTGCCCAGGAGCTGTTCCACAGCTTGCGCGGGCAGGTGCTCAAGCAGACCCGCCCCGTGGGGTCAGAAGTGGTAGTACATGCCTAGTGAGACGTTGCTTGG‑GTTATCGCCCGCCTGATCCACCGGGGTGCCGGCGTAGGTGACCGACGAGGCGCGCTGGTTGGCGATCATGCCAAGGCGTCCA > NC_002947/3092787‑3093075 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |