New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5802409 | 51 (0.990) | 4 (0.080) | 4/252 | NT | 7.5% | coding (425/1239 nt) | pilQ | type IV pili biogenesis protein |
? | NC_002947 | = 5802485 | 49 (0.980) | coding (349/1239 nt) | pilQ | type IV pili biogenesis protein |
CTCGACGATACGCGCCTCGATCGCTACCTGGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCACCCGGGCGTCTGCTGATTGCGCGGC > NC_002947/5802267‑5802554 | cTCGACGATACGCGCCTCGATCGCTACCTGGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGc > 5:147182/1‑149 (MQ=255) acgaTACGCGCCTCGATCGCTACCTGGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGt > 8:56777/1‑148 (MQ=255) cgaTACGCGCCTCGATCGCTACCTGGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCa < 8:6700/149‑1 (MQ=255) cgaTACGCGCCTCGATCGCTACCTGGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCa < 5:242094/149‑1 (MQ=255) gcCTCGATCGCTACCTGGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAg > 7:70856/1‑149 (MQ=255) tCGATCGCTACCTGGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGcc > 7:172257/1‑149 (MQ=255) tCGATCGCTACCTGGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGcc > 3:176185/1‑149 (MQ=255) gATCGCTACCTTGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCt < 3:295100/148‑1 (MQ=255) gATCGCTACCTGGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCt < 8:172257/148‑1 (MQ=255) gcgcACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACt > 2:302944/1‑149 (MQ=255) cGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTgcgc > 6:146351/1‑147 (MQ=255) ggCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGACCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGAACCACAAACGTGTTCGTGCGCTCAACCACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACACTCCCGGCCTGCCAGCAGCAACTgctc > 6:332877/1‑144 (MQ=255) gCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTgcgc > 5:235511/1‑145 (MQ=255) aaCTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCggcggc < 5:130759/149‑1 (MQ=255) gcgcCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGctgctgcccattcaccacgccaaggccgccgatctggcgcagttgctgctggcagg > 8:92654‑M1/1‑93 (MQ=255) caccaGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACGACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCgt > 1:234284/1‑149 (MQ=255) caccaGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGGGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCgt < 8:214184/149‑1 (MQ=255) caccaGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGctgctgcccattcaccacgccaaggccgccgatctggcgcagttgctgctggcaggcctg > 6:79142‑M1/1‑89 (MQ=255) caccaGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCgt > 7:258472/1‑149 (MQ=255) caccaGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCgt < 6:147182/149‑1 (MQ=255) accaGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCgtg < 1:302944/149‑1 (MQ=255) accaGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCgtg < 2:234284/149‑1 (MQ=255) ccaGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCgtgg < 5:146351/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGa < 8:258472/149‑1 (MQ=255) cTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGaa < 1:112500/149‑1 (MQ=255) gcgcATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATgg < 2:71945/149‑1 (MQ=255) gcgcATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATgg < 6:235511/149‑1 (MQ=255) gcATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGgc < 3:313300/149‑1 (MQ=255) tctcGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATggg > 2:98050/1‑145 (MQ=255) tctcGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATggg < 1:98050/145‑1 (MQ=255) cccGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGgcag > 1:133752/3‑147 (MQ=255) ccAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGctgctgcccattcaccacgccaaggccgccgatctggcgcagttgctgctggcaggcctggagggtgacggcatccctcc < 5:79142‑M1/149‑81 (MQ=255) cGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACg < 6:252818/149‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGctgctgcccattcaccacgccaaggccgccgatctggcgcagttgctgctggcaggcctggagggtgacggcatccctccggctagc < 7:92654‑M1/149‑88 (MQ=255) aGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAAt < 8:70856/148‑1 (MQ=255) gCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATgg < 2:133752/149‑1 (MQ=255) gCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATgg > 6:48206/1‑149 (MQ=255) gggCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCt < 5:48206/149‑1 (MQ=255) gcgcaccaACACGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTgcg > 6:81035/4‑149 (MQ=255) caccacCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCACGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTgc < 4:119987/148‑1 (MQ=255) aCGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAgc > 1:1396/1‑149 (MQ=255) aCGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGATAGCCGGAGGGATGCAGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGACAGATCGCCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAga > 3:27022/1‑148 (MQ=255) gtgtTGGTGCGCTCATCGACACTCTTGCTAGCCGGAGGGATGTCGTAACCCTCCATGCCTGCCTGCTGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCTGCTCCCGTCGCAATTGCTGCAGGTGCGCATCCAgcgc < 5:332877/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGa < 4:176185/148‑1 (MQ=255) ggTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGa < 2:297197/148‑1 (MQ=255) gTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGAc > 7:46497/1‑148 (MQ=255) tGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACt > 2:312599/1‑148 (MQ=255) cTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCAccc > 3:155243/1‑149 (MQ=255) tCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCAc < 2:181134/146‑1 (MQ=255) tCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCAc > 1:181134/1‑146 (MQ=255) aTCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCACCCggg < 8:46497/149‑1 (MQ=255) acacTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCACCCGGGCGTc > 5:5100/1‑149 (MQ=255) tCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCACCCGGGCGTctgct > 5:20488/1‑149 (MQ=255) aaGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAg < 6:157759/110‑1 (MQ=255) aaGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCACCCGGGCGTCTGCTGa > 2:98935/1‑149 (MQ=255) gCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGctccggctagcttgagtgtcgatgagcgcaccaacacgttggtggtgcatctgcccgctgac < 7:92654‑M2/149‑63 (MQ=255) ggcGGAGGGATGCCGTCAAGCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGACAGATCGGCGGCCTTGGGGTGGTGTATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCACCCGGGCGTCTGCTGATTgcgc < 4:27022/147‑1 (MQ=255) cGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCACCCGGGCGTCTGCTGATTGCGCgg > 6:325771/1‑149 (MQ=255) ggAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGctccggctagcttgagtgtcgatgagcgcaccaacacgttggtggtgcatctgcccgctgaccgcctgg < 5:79142‑M2/149‑70 (MQ=255) gAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCACCCGGGCGTCTGCTGATTGCGCGGc > 1:55638/1‑148 (MQ=255) | CTCGACGATACGCGCCTCGATCGCTACCTGGCGCACCGGCACATCCAACTGCGCCACCAGCTGGCGCATCTCGGCCAGGCGGTCAGCGGGCAGATGCACCACCAACGTGTTGGTGCGCTCATCGACACTCAAGCTAGCCGGAGGGATGCCGTCACCCTCCAGGCCTGCCAGCAGCAACTGCGCCAGATCGGCGGCCTTGGCGTGGTGAATGGGCAGCAGCTCCCGACGCAATGGCTGCAGGTGCGCATCCAGCGCCTGACTCACCCGGGCGTCTGCTGATTGCGCGGC > NC_002947/5802267‑5802554 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |