New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1602950 = | 39 (0.760) | 4 (0.080) | 4/240 | NT | 9.8% | coding (797/1215 nt) | PP_5469 | SAM‑dependent methyltransferase |
? | NC_002947 | 1603031 = | 38 (0.800) | coding (878/1215 nt) | PP_5469 | SAM‑dependent methyltransferase |
CCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGACCGACAGCCTGCGTGCGCTGTACCTGGAAGCCTGTGGC > NC_002947/1602892‑1603179 | ccAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGcc > 5:291217/1‑149 (MQ=255) ggCCTTGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGGGATGATCGCCTTGCATGCCTGGGACATCGCGACCGACTACGCC‑ATGCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGtg < 7:113369/149‑1 (MQ=255) cTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGtgctg > 1:178735/1‑149 (MQ=255) gAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGtgctgc < 5:39530/147‑1 (MQ=255) cAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGc < 4:292436/148‑1 (MQ=255) cAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCa < 7:124947/149‑1 (MQ=255) cAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGAGCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAg > 6:24798/1‑147 (MQ=255) gtgtGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGa < 5:28560/149‑1 (MQ=255) tgATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGtgctgc < 1:285718/133‑1 (MQ=255) tgATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGtgctgc > 2:285718/1‑133 (MQ=255) aTGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATccgc‑ccg > 1:324476/1‑149 (MQ=255) aTGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATccgc‑cc < 6:291217/148‑1 (MQ=255) gcAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTg > 6:24021/1‑149 (MQ=255) aGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGATGTGATGCTCGCCTTGGATGCCTGTGACTTCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGca < 7:91040/149‑1 (MQ=255) gtggtgCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑TTCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAg > 5:249639/1‑149 (MQ=255) gCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATcatcat > 2:169992/1‑99 (MQ=255) tGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGt > 6:44334/1‑149 (MQ=255) gatgatcgcggcgttgcagcggatgccagtgtggatggcgtagtcggtggcgatgtcacaggcatgcaaggcgatcatcaTGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCAtgc > 6:41451‑M2/81‑149 (MQ=255) TGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCAtgctg < 2:136730‑M1/149‑1 (MQ=255) tcgcggcgttgcagcggatgccagtgtggatggcgtagtcggtggcgatgtcacaggcatgcaaggcgatcatcaTGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAg > 5:26246‑M2/76‑149 (MQ=255) CGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCAGcaaccccgg > 3:138394‑M1/1‑139 (MQ=255) CGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCAGcaaccccgg < 4:138394‑M1/142‑4 (MQ=255) GCCTTGCATGCCTGGGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGTCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAg > 4:235735‑M1/1‑147 (MQ=255) CCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTAc < 6:278701‑M1/149‑1 (MQ=255) cTTGCATGCCTGTGACATCGCGACGGACTACGGC‑ATCATCTCTGGCATCCGCTGCTACGCAGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGG‑CCGCATCTGCACAGCCgggtg < 4:319390/124‑3 (MQ=255) cTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCgggg > 3:319390/1‑124 (MQ=255) tGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTg > 2:127154/1‑148 (MQ=255) ccTGTGACATCGCCACCGACTACGCCGATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCa > 1:172776/1‑149 (MQ=255) cTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCAcc > 5:268061/1‑149 (MQ=255) tgtgACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCAAACACAAGCAGTACAACGCCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCAcc > 1:107413/1‑149 (MQ=255) gtgACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTg > 6:120541/1‑149 (MQ=255) gtgACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTg > 8:42137/1‑149 (MQ=255) tgACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCt < 1:127154/147‑1 (MQ=255) tgACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTgg < 6:268061/149‑1 (MQ=255) gatgccagtgtggatggcgtagtcggtggcgatgtcacaggcatgcaaggcgatcatcaTGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTgg < 6:26246‑M2/90‑1 (MQ=255) gCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCcag > 7:241495/1‑147 (MQ=255) gCCACCGACTACCCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCcagca < 2:52988/149‑1 (MQ=255) aCCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGc < 2:178735/149‑1 (MQ=255) cTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGaaa < 7:42137/149‑1 (MQ=255) cTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGaaa < 2:172776/149‑1 (MQ=255) cc‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGcc > 8:234871/1‑120 (MQ=255) cc‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGcc < 7:234871/120‑1 (MQ=255) gCATCCGCTGCAACGCCGCGAGCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGACCGACAGCCt < 5:24798/148‑1 (MQ=255) tCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGACCGACAGCCtgcgt > 4:284081/1‑149 (MQ=255) ggcatgcaaggcgatcatcaTGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGACCGACAGCCTGCGTgcgc < 5:41451‑M2/129‑1 (MQ=255) tGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGAc > 3:66296/1‑131 (MQ=255) tGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGAc < 4:66296/131‑1 (MQ=255) cAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGACCGACAGCCTGCGTGCGCTg > 8:34103/1‑148 (MQ=255) gcgatcatcaTGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGACCGACAGCCTGCGTGCGCTGTACCTgg > 6:234742‑M2/11‑148 (MQ=255) catcaTGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCg > 2:200399‑M2/6‑107 (MQ=255) catcaTGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCg < 1:200399‑M2/102‑1 (MQ=255) tcaTGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGACCGACAGCCTGCGTGCGCTGTACCTGGAAGCCtgt < 1:136730‑M2/146‑1 (MQ=255) tcaTGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGACCGACAGCCTGCGTGCGCTGTACCTGGAAGCCtgt < 5:44334‑M2/146‑1 (MQ=255) tgtgCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGACCGACAGCCTGCGTGCGCTGTACCTGGAAGCCTGGGGc < 5:278701/149‑1 (MQ=255) | CCAGGCCTGGAGTTCCAGTGTGGTGATGTGCGCAGCGTGGTGCCTGAGGCCATCGAGGTGATGATCGCCTTGCATGCCTGTGACATCGCCACCGACTACGCC‑ATCCACACTGGCATCCGCTGCAACGCCGCGATCATCATGTGCTCGCCGTGCTGCCACAAGCAGATCCGC‑CCGCAACTGCACAGCCCGGGGTTGCTGCAACCCATGCTGCAGTACGGCCTGCACCTGGGCCAGCAGGCCGAAATGCTGACCGACAGCCTGCGTGCGCTGTACCTGGAAGCCTGTGGC > NC_002947/1602892‑1603179 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |