New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4012716 | 33 (0.640) | 4 (0.080) | 4/246 | NT | 9.9% | coding (552/900 nt) | mvaB | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase |
? | NC_002947 | = 4012757 | 42 (0.860) | coding (593/900 nt) | mvaB | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase |
CTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGTG > NC_002947/4012610‑4012900 | cTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTTCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAg > 2:16957‑M2/1‑148 (MQ=255) cTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAg > 8:3840‑M2/1‑148 (MQ=255) cTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCCCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAg < 5:281858‑M2/149‑2 (MQ=255) ttACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCCCGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGCCACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAgg < 7:199663‑M2/149‑3 (MQ=255) ccgAGGGCAAGGTCAGCGCCGTGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAg > 8:199663‑M2/2‑145 (MQ=255) ggTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGc < 5:183428/149‑1 (MQ=255) ccGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGcc > 5:87761/1‑149 (MQ=255) ccGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGa < 8:107391/149‑1 (MQ=255) ccGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGa < 4:269896/149‑1 (MQ=255) ccGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACg > 2:51594/1‑149 (MQ=255) cTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGc > 8:226919/1‑149 (MQ=255) cTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGc < 7:410/149‑1 (MQ=255) tGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGcc > 4:305539/1‑149 (MQ=255) cGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTgg < 5:82866/149‑1 (MQ=255) aTGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTaa > 1:223698/1‑149 (MQ=255) gggCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCtt > 4:201868/1‑141 (MQ=255) gggCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCtt < 3:201868/141‑1 (MQ=255) tgctACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTa > 5:262335/1‑149 (MQ=255) tACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCtt < 6:42891/134‑1 (MQ=255) tACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCtt > 5:42891/1‑134 (MQ=255) tACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGc > 3:35114/1‑149 (MQ=255) cggTCTCGCCGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCCGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGc < 4:45596/148‑1 (MQ=255) tctcGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACGTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTg > 7:160211/1‑149 (MQ=255) ctcGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTcc > 4:281362/1‑104 (MQ=255) ctcGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTcc < 3:281362/104‑1 (MQ=255) gCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCt < 6:87761/147‑1 (MQ=255) ggTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAggg < 7:226919/149‑1 (MQ=255) ccATCGGCACCGGTACCTCAGGCGACACCCGACTCCTTTTCGATGTGGTGTCGGCCCAGGTAACTCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTAAGGACAGGCATTGGATAACGTCTATGCCATCCTGCTCGAGGGAATCAGc < 6:281858/149‑1 (MQ=255) cATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAggtaccggtgccgatggtgtcacccagcgagacctcgtagcagcccatgtcgtgcagggcgcgggccaccggggccacctgctcggcgctga < 5:91869‑M2/149‑93 (MQ=255) tCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAggtaccggtgccgatggtgtcacccagcgagacctcgtagcagcccatgtcgtgcagggcgcgggccaccggggccacctgctcggcgctgacc > 6:91869‑M2/1‑55 (MQ=255) gCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAggtaccggtgccgatggtgtcacccagcgagacctcgtagcagcccatgtcgtgcagggcgcgggccaccggggccacctgctcggcgctgaccttg < 6:333969‑M2/149‑98 (MQ=255) gCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTc > 2:71723/1‑149 (MQ=255) gCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCgg > 1:318463/1‑148 (MQ=255) gCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGcc > 3:301039/1‑149 (MQ=255) cacCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAggtaccggtgccgatggtgtcacccagcgagacctcgtagcagcccatgtcgtgcagggcgcgggccaccggggccacctgctcggcgctgaccttgccctcgtaagggcagccaa > 5:333969‑M2/1‑33 (MQ=255) aCGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGt < 8:256560/120‑1 (MQ=255) ctgcTGGTCGCGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGGTGGCCGGACACTTCCATGACTCTTCCGGCCAGGCCGTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTCTTCGCCAGCTCGGTAGCCGGGCTGggcgg < 3:205794/146‑1 (MQ=255) cGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGggcgg < 1:51594/149‑1 (MQ=255) ttCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGcc < 1:71723/148‑1 (MQ=255) ttCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGcc < 4:301039/148‑1 (MQ=255) ttCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTAGACATCTCGGTAGCCGGGCTGGGAGGCTGcca > 8:153333/1‑148 (MQ=255) gAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTc > 6:233212/1‑96 (MQ=255) gAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTc < 5:233212/96‑1 (MQ=255) gAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTc < 5:270990/114‑1 (MQ=255) gAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTc > 6:270990/1‑114 (MQ=255) gAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTa > 2:3512/1‑149 (MQ=255) aGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTAc < 2:223698/149‑1 (MQ=255) gtgtCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTggg < 5:155778/131‑1 (MQ=255) gtgtCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTggg > 6:155778/1‑131 (MQ=255) gtCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGccc > 6:44845/1‑138 (MQ=255) gtCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGccc < 5:44845/138‑1 (MQ=255) gCCCAGCTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGTg > 3:23253/1‑148 (MQ=255) | CTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGGTAGCCGGGCTGGGCGGCTGCCCTTACGCCAAGGGTG > NC_002947/4012610‑4012900 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |