New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4013895 | 36 (0.700) | 5 (0.100) | 5/242 | NT | 11.8% | coding (221/519 nt) | PP_3541 | MgtC family transporter |
? | NC_002947 | = 4013921 | 41 (0.850) | coding (195/519 nt) | PP_3541 | MgtC family transporter |
GTCGTCAGGCCCTTCACATGACTGGTGTTCTGGCCGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAGCGCACAAGGATTTGCGTCACCTCGCGCTCAT > NC_002947/4013778‑4014066 | tgcgcttgctgatggctgctgtgcttggcgcagtactgggcttcgagcgcgaacacaagggcaagtctgccggggtgcgtacccacatgctggtgtcgctgggcgctgcCCTGTTCATGCTGGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCAt > 2:18592‑M1/110‑148 (MQ=255) ggCCCTTCACATGACTGGTGTTCTGGCCGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCa < 3:12573/149‑1 (MQ=255) ggCCCTTCACATGACTGGTGTTCTGGCCGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCa < 6:12891/149‑1 (MQ=255) gctgatggctgctgtgcttggcgcagtactgggcttcgagcgcgaacacaagggcaagtctgccggggtgcgtacccacatgctggtgtcgctgggcgctgcCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAggg > 3:179177‑M1/103‑147 (MQ=255) ccTTCACATGACTGGTGTTCTGGCCGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAgcg > 3:158965/1‑149 (MQ=255) tgctgtgcttggcgcagtactgggcttcgagcgcgaacacaagggcaagtctgccggggtgcgtacccacatgctggtgtcgctgggcgctgcCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAg < 1:25507‑M1/43‑1 (MQ=255) tgctgtgcttggcgcagtactgggcttcgagcgcgaacacaagggcaagtctgccggggtgcgtacccacatgctggtgtcgctgggcgctgcCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAg > 2:25507‑M1/94‑136 (MQ=255) aCTGGTGTTCTGGCCGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGac < 2:3376/148‑1 (MQ=255) tGGTGTTCTGGCCGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGCTACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGacac > 6:88092/1‑148 (MQ=255) ttggcgcagtactgggcttcgagcgcgaacacaagggcaagtctgccggggtgcgtacccacatgctggtgtcgctgggcgctgcCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAgg < 1:18367‑M1/44‑1 (MQ=255) ttggcgcagtactgggcttcgagcgcgaacacaagggcaagtctgccggggtgcgtacccacatgctggtgtcgctgggcgctgcCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAgg > 2:18367‑M1/86‑129 (MQ=255) gtgtTCTGGCCGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAg < 6:174390/149‑1 (MQ=255) gtgtTCTGGCCGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAg > 2:210643/1‑149 (MQ=255) tGGCCGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCAtgtg > 1:179756/1‑149 (MQ=255) ccGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGt < 4:99674/149‑1 (MQ=255) ccTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCAcc > 4:228132/1‑149 (MQ=255) ttCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCAcccc > 6:253050/1‑149 (MQ=255) gTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACtt < 5:88092/149‑1 (MQ=255) cACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTg > 4:43655/1‑143 (MQ=255) cACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTg < 3:43655/143‑1 (MQ=255) aCCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTtgt < 1:210643/149‑1 (MQ=255) aCCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTtgt < 4:246991/149‑1 (MQ=255) cGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCAccc < 4:28098/129‑1 (MQ=255) cGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCAccc > 3:28098/1‑129 (MQ=255) cGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTgtgt < 8:293410/149‑1 (MQ=255) cGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTgtgt > 7:293410/1‑149 (MQ=255) cGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTgtgt > 3:149879/1‑149 (MQ=255) cGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTgtgt > 1:180716/1‑149 (MQ=255) agaAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCatgaaca > 1:166924‑M2/1‑81 (MQ=255) agaAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCatgaaca < 2:166924‑M2/88‑8 (MQ=255) gaAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTgg < 2:37447/116‑1 (MQ=255) gaAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTgg > 1:37447/1‑116 (MQ=255) aaCCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGTGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCgcgc < 5:31441/149‑1 (MQ=255) aTACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGaa < 2:179756/149‑1 (MQ=255) cGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGcc > 5:311461/1‑148 (MQ=255) cAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCAtg > 3:148447/1‑98 (MQ=255) cAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCAtg < 4:148447/98‑1 (MQ=255) tCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGcaca < 6:311461/149‑1 (MQ=255) ccGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCAcagcag > 4:171643/1‑149 (MQ=255) ccGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCAcagcag > 2:10102/1‑149 (MQ=255) aGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCatgaacagggcactcagtcgggtgatccagggcatcgttgccggtatgggttttctcggtgcgggtaccattctgaagggtaacggccagaacaccagtcatgtgaaggg < 5:309396‑M2/149‑111 (MQ=255) tGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCatgaacaggcactcagtcgggtgatccagggcatcgttgccggtatcggttttctcggtgcgggtaccattctgaagggtaacggccagaacaccagtcatgtgaagggcct < 8:84084‑M2/149‑113 (MQ=255) tGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGc < 8:94563/95‑1 (MQ=255) tGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGc > 7:94563/1‑95 (MQ=255) gCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCatgaacaggcactcagtcgggtgatccagggcatcgttgccggtatcggttttctcggtgcgggtaccattctgaagggtaacggccagaacaccagtcatgtgaagggcct < 1:306189‑M2/148‑113 (MQ=255) CCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAg < 8:181562‑M1/149‑1 (MQ=255) cTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCatgaacaggcactcagtcgggtgatccagggcatcgttgccggtatcggttttctcggtgcgggtaccattctgaagggtaacggccagaacaccagtcatgtgaagggcctgac < 1:28321‑M2/149‑116 (MQ=255) TTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAGCGca < 3:220096‑M1/149‑1 (MQ=255) T‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAGCGCACAAg > 5:253050‑M1/1‑149 (MQ=255) c‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAg > 4:116897/1‑136 (MQ=255) c‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAg < 3:116897/136‑1 (MQ=255) ggCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAGCGCACAAGGa > 1:197604/1‑149 (MQ=255) ccccGCCATGCTCGGTGCCAGCatgaacaggcactcagtcgggtgatccagggcatcgttgccggtatcggttttctcggtgcgggtaccattctgaagggtaacggccagaacaccagtcatgtgaagggcctgacgaccgctgccgg > 2:306189‑M2/1‑22 (MQ=255) gCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAGCGCACAAGGATTTGCGt < 7:69410/149‑1 (MQ=255) cTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAGCGCACAAGGATTTGCGTCACCTc < 4:149879/149‑1 (MQ=255) tCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAGCGCACAAGGAttt < 5:17370/138‑1 (MQ=255) tCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAGCGCACAAGGAttt > 6:17370/1‑138 (MQ=255) gTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAg > 3:185201/1‑122 (MQ=255) gTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAg < 4:185201/122‑1 (MQ=255) cAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAGCGCACAAGGATTTGCGTCACCTCGCGCTCAt < 3:228132/149‑1 (MQ=255) | GTCGTCAGGCCCTTCACATGACTGGTGTTCTGGCCGTTACCCTTCAGAATGGTACCCGCACCGAGAAAACCGATACCGGCAACGATGCCCTGGATCACCCGACTGAGTGCCTGTTCAT‑C‑GGCCCCCGCCATGCTCGGTGCCAGCATGAACAGGGCAGCGCCCAGCGACACCAGCATGTGGGTACGCACCCCGGCAGACTTGCCCTTGTGTTCGCGCTCGAAGCCCAGTACTGCGCCAAGCACAGCAGCCATCAGCAAGCGCACAAGGATTTGCGTCACCTCGCGCTCAT > NC_002947/4013778‑4014066 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |