| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 3928339 = | 36 (0.640) | 9 (0.180) | 8/224 | NT | 23.0% | intergenic (+15/‑125) | peaE/PP_3464 | phenylacetaldehyde dehydrogenase/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 3928420 = | 29 (0.590) | intergenic (+96/‑44) | peaE/PP_3464 | phenylacetaldehyde dehydrogenase/hypothetical protein | |||||
GGGTCAACTGCCACAGCGCGCTGGACCCGGCGCTGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGAGGCACACACTCGCCTGCA > NC_002947/3928191‑3928485 | agtggggcgttgagggtggtgggttcgtggttgtacagctcgtaggcgtggctggcggtggcggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgc > 5:30509‑M1/149‑149 (MQ=255)aggtcggcgttgagggtggtgccatcgtggttgtacagctcgtaggcttggctggcgggggcggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgc > 6:290466‑M1/149‑149 (MQ=255) gtcggcgttgagggtggtgccatcgtggttgtacagctcgtaggcttggctggcgggggcggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCg < 2:7922‑M1/3‑1 (MQ=255) tCAACTGCCACAGCGCGCTGGACCCGGCGCTGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCgg > 4:177158/1‑149 (MQ=255) gttgagggtggtgccatcgtggttgtacagctcgtaggcttggctggcgggggcggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGCctct < 2:319249‑M1/9‑1 (MQ=255) gttgagggtggtgccatcgtggttgtacagctcgtaggcttggctggcgggggcggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtaCCGGCctct < 4:351316‑M1/9‑1 (MQ=255) gagggtggtgccatcgtggttgtacagctcgtaggcttggctggcgggggcggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGCCTCTTcg < 4:297505‑M1/12‑1 (MQ=255) ggtggtgccatcgtggttgtacagctcgtaggcttggctggcgggggcggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGCCTCTTCGCgg > 8:26656‑M1/135‑149 (MQ=255) ggtggtgccatcgtggttgtacagctcgtaggcttggctggcgggggcggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGCCTCTTCGCgg > 2:98178‑M1/135‑149 (MQ=255) ggtggtgccatcgtggttgtacagctcgtaggcttggctggcgggggcggttaacagcagggcaaatgtgcaggcgagtgtctgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGCCGCTTCGCgg > 7:77312‑M1/135‑149 (MQ=255) aGCGCGCTGGACCCGGCGCTGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCgg < 1:221160/149‑1 (MQ=255) aGCGCGCTGGACCCGGCGCTGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCgg < 8:49173/149‑1 (MQ=255) tGGACCCGGCGCTGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAcc > 2:122648/1‑149 (MQ=255) gTTTGGTGGCTACAAGATGGCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGt < 3:352703/149‑1 (MQ=255) tttGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGtt > 5:179397/1‑148 (MQ=255) tttGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTa > 4:185384/1‑149 (MQ=255) gATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTa < 3:185384/149‑1 (MQ=255) gggcggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtaCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCg > 3:351316‑M1/91‑149 (MQ=255) ggcggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtaCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCgg > 7:165465‑M1/90‑149 (MQ=255) ggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtaCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCgg > 5:1715‑M1/87‑146 (MQ=255) ggttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtaCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCgg < 6:1715‑M1/60‑1 (MQ=255) gTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCg < 1:341459/110‑1 (MQ=255) gTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCg > 2:341459/1‑110 (MQ=255) ttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGc < 3:236509‑M1/5‑1 (MQ=255) ttaacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGc > 4:236509‑M1/85‑89 (MQ=255) gTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCAcc < 5:164983/149‑1 (MQ=255) gTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCAc < 1:151889/148‑1 (MQ=255) aacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGc > 6:250952‑M1/83‑140 (MQ=255) aacagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGc < 5:250952‑M1/58‑1 (MQ=255) acagcagggccaatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCAccc > 7:164825‑M1/82‑149 (MQ=255) cGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTg < 8:220053/131‑1 (MQ=255) cGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTg > 7:220053/1‑131 (MQ=255) gTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCgg < 5:231351/94‑1 (MQ=255) gTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCgg > 6:231351/1‑94 (MQ=255) agaTGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGGACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGaa < 5:34195/149‑1 (MQ=255) caatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCggg < 5:231082‑M1/61‑1 (MQ=255) caatgtgcaggcgagtgtgtgcctcatggggttgctccatggtttttattgttgtttttttgttgcctgtgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCggg > 6:231082‑M1/72‑132 (MQ=255) gTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGTTATCACATGCCCTGTAGGCGCGGGTTGACCCGCGAAGAGGcc > 4:52864/1‑149 (MQ=255) gCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTCTACCGGCCTCTTCGATGGTAAACCCGCTACTACACCAGGTATCACATGACCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGATGCCggaa > 5:186212/1‑146 (MQ=255) tGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAg < 5:59338/76‑1 (MQ=255) tGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAg > 6:59338/1‑76 (MQ=255) aaTCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAAc < 1:281126/148‑1 (MQ=255) gtgtTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGTAGCGGGTTAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGa < 6:186212/149‑1 (MQ=255) tgtTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATgg < 2:262185/147‑1 (MQ=255) tgtTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATgg > 1:262185/1‑147 (MQ=255) ttGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTAGCGGGTAAAACCGCTACAACACCACGTATAACATGCCCTGTAAGAGCGGGTTAACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAACATTGatc > 2:291450/1‑146 (MQ=255) aaGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 5:16865/51‑1 (MQ=255) aaGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 6:16865/1‑51 (MQ=255) aaGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCGCCGAAACCAGGTATAACATGCCCTGTAGGAGCGGGGTAACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACAAAAAAACAACAAAAAAAACCCTGGAGCCAcccc > 2:286160/1‑148 (MQ=37) gCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCCCATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGa < 8:167215/138‑1 (MQ=255) gCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATAACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGa > 7:167215/1‑138 (MQ=255) ctctGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGa < 1:286160/149‑1 (MQ=255) aTCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGAGGcac > 3:250633/1‑149 (MQ=255) cTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGAGATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAAC‑AAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGAGGCacacac > 1:85019/1‑149 (MQ=255) tttttCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTTTCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAaacaa > 3:211386/1‑112 (MQ=255) ccTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGAGGCACACACTCGc < 5:283054/148‑1 (MQ=255) ccTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCCCGGCTACACCAGGGATGACATGCCCGGTAGGAGCGGGGTGACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACAAAAAAACAACCAAAAAAACCAAGGAGGAACCCCAAGAGGcacacccacccc > 6:308621/1‑142 (MQ=25) tACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTAGCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGAGGCACACACTCGCCTGc < 3:52864/148‑1 (MQ=255) aCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGGTATCACATGCCCTGTAGGCGCGGTTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGAGGCACACACTCGCCTGca < 5:308621/148‑1 (MQ=255) | GGGTCAACTGCCACAGCGCGCTGGACCCGGCGCTGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGAGGCACACACTCGCCTGCA > NC_002947/3928191‑3928485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |