New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5081136 = | 50 (0.880) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 5.5% | coding (403/1236 nt) | lysC | aspartokinase |
? | NC_002947 | 5081200 = | 55 (1.020) | coding (339/1236 nt) | lysC | aspartokinase |
CGGGTCGGTGGTGTAGACGCCATCAACATCAGTGTAGATCTGGCACTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACACCGCTGGCACACCACGCTT > NC_002947/5080990‑5081280 | aactggacgtgatcgtgtcgacgggtgagcaggtcaccattgccctgctgaccatggccttgatcaagcgtggtgtgccagcggtgtcctacaccggcaaccaggtgcgtattctcaccgacagctcgcacaacaaggcgcgcattCt > 5:329304‑M1/147‑148 (MQ=255) gggTCGGTGGTGTAGACGCCATCAACATCAGTGTAGATCTGGCACTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGc < 6:111954/149‑1 (MQ=255) ggtggtGTAGACGCCATCAACATCAGTGTAGATCTGGCACTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCaa < 3:230337/146‑1 (MQ=255) ggtggtGTAGACGCCATAAACATCAGTGTAGATCTCGGACTAATCAGACTTCATATAAACAGCCAGGGCCACGCCGGTGGTTTCAGAGGCACCCCGCCCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGATCGTCGACGAACTGGAAGCCTGCAacag > 4:230337/1‑147 (MQ=255) aCATCAGTGTAGATCTGGCACTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCTCCAGGGCCACGGCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑ccttcctt < 6:293828/149‑1 (MQ=255) aTCAGTGTAGATCTGGCACTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGa < 4:255293/149‑1 (MQ=255) gATCTGGCACTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCAc > 6:316717/1‑149 (MQ=255) gATCTGGCACTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGAGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCAc > 3:174870/1‑149 (MQ=255) tGGCACTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTCGAGGTCgg > 6:293766/1‑142 (MQ=255) tGGCACTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTCGAGGTCgg < 5:293766/142‑1 (MQ=255) aCTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAAtcttc < 7:106438/149‑1 (MQ=255) aCTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAAtcttc > 5:257781/1‑149 (MQ=255) tgctgaccatggccttgatcaagcgtggtgtgccagcggtgtcctacaccggcaaccaggtgcgtattctcaccgacagctcgcacaacaaggcgcgcattCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAAtcttct < 5:275319‑M1/48‑1 (MQ=255) cTCATGAGCCTTGAGCGGCGCCGCCAGGGCGACGCCGGTGGTATCTGAGCCACGACGACCGAGGGTTGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCGCGGGTAGCCTGCAACCACGACGTCGCGG‑CCTTCGTTGAGGTCGGCTCGAAtcttct < 4:252047/149‑1 (MQ=255) tcaGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGgtc < 6:257781/149‑1 (MQ=255) ccTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAg < 5:171361/124‑1 (MQ=255) ccTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAg > 6:171361/1‑124 (MQ=255) cTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑cct > 3:273714/1‑115 (MQ=255) cTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACACCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑cct < 4:273714/115‑1 (MQ=255) ttCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGAt > 2:340590/1‑149 (MQ=255) ttCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGAt > 1:108826/1‑149 (MQ=255) ggggccAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAAt < 5:222642/146‑1 (MQ=255) agcgtggtgtgccagcggtgtcctacaccggcaaccaggtgcgtattctcaccgacagctcgcacaacaaggcgcgcattCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATgc > 6:275319‑M1/81‑149 (MQ=255) gcgtggtgtgccagcggtgtcctacaccggcaaccaggtgcgtattctcaccgacagctcgcacaacaaggcgcgcattCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATgcg > 5:19918‑M1/80‑149 (MQ=255) cAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGGAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTg > 2:42340/1‑126 (MQ=255) cAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGGAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTg < 1:42340/126‑1 (MQ=255) aGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATgcgcgc > 8:221944/1‑149 (MQ=255) gCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAAtcttc < 4:324800/120‑1 (MQ=255) gCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAAtcttc > 3:324800/1‑120 (MQ=255) ccACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCAAGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCGTCTGGTCGTCGAATTGCAGCATccgctcgtgg > 6:251618/1‑143 (MQ=255) aCGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCttgtt < 2:108826/149‑1 (MQ=255) ccaccaCGACCCTGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGt > 1:256137/1‑146 (MQ=255) accacGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAAt > 5:236666/1‑117 (MQ=255) accacGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAAt < 6:236666/117‑1 (MQ=255) ccacGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGTTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGGAGTATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAAt < 5:251618/149‑1 (MQ=255) cacGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGt < 2:180085/142‑1 (MQ=255) cacGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGt > 1:180085/1‑142 (MQ=255) acGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATAc > 7:26703/1‑149 (MQ=255) cGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACg < 1:340590/149‑1 (MQ=255) ccAGGGTAGTGAAGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTAGAAGCCTGAAAACACGAACACTCTT‑ACTTACTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCATGTTGTGCGAGCTTTCTGTGAGAATACGCAcc < 5:342898/149‑1 (MQ=255) aGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTg > 5:295209/1‑149 (MQ=255) gggTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTgg < 7:221944/149‑1 (MQ=255) ccGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGa > 2:155120/1‑149 (MQ=255) cTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGGCCCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACAcc > 1:68802/1‑149 (MQ=255) cTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACACCg > 5:355842/1‑149 (MQ=255) gtcgACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAg > 3:348416/1‑103 (MQ=255) gtcgACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAg < 4:348416/103‑1 (MQ=255) gtcgACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGt > 6:156122/1‑107 (MQ=255) gtcgACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGt < 5:156122/107‑1 (MQ=255) gtcgACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGcc > 4:41020/1‑132 (MQ=255) gtcgACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGcc < 3:41020/132‑1 (MQ=255) gtcgACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACACCg > 6:61687/1‑146 (MQ=255) gtcgACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACACCg < 5:61687/146‑1 (MQ=255) gtcgACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACACCGCt < 1:155120/148‑1 (MQ=255) catGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACACCGCTGGCAcacca > 7:256877/3‑149 (MQ=255) gAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACACCGCTGGCACACCACGCt > 3:265501/1‑149 (MQ=255) aaGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATGTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACACCGCTGGCACACCACGCtt < 7:146277/149‑1 (MQ=255) aaGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACACCGCTGGCACACCACGCtt > 1:23580/1‑149 (MQ=255) | CGGGTCGGTGGTGTAGACGCCATCAACATCAGTGTAGATCTGGCACTCATCAGCCTTCAGCGCCGCCGCCAGGGCCACGCCGGTGGTATCAGAGCCACCACGACCCAGGGTAGTGATGCTGCCGTGCTCGTCGACGCCCTGGAAGCCTGCAACCACGACCACGCGG‑CCTTCCTTGAGGTCGGCACGAATCTTCTGGTCGTCGATTTGCAGAATGCGCGCCTTGTTGTGCGAGCTGTCGGTGAGAATACGCACCTGGTTGCCGGTGTAGGACACCGCTGGCACACCACGCTT > NC_002947/5080990‑5081280 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |