New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5564019 = | 49 (0.870) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 6.0% | coding (228/1302 nt) | hflX | GTPase HflX |
? | NC_002947 | 5564079 = | 48 (0.890) | coding (168/1302 nt) | hflX | GTPase HflX |
CTGCAGCTTGCCTTCATGGGTACGCGCCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACTCCTGAAACTCCTGCGG > NC_002947/5563875‑5564165 | cTGCAGCTTGCCTTCATGGGTACGCGCCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCt > 1:344318/1‑149 (MQ=255) gCAGCTTGCCTTCATGGGTACGCGCCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGt > 6:280633/1‑149 (MQ=255) gtgagcgggcgttgctcgttcacttggaaggtcagaaccctgaggcgcgcgaagacccgcaggagtttcaggagttggcattgtcggccggtgccgacatcgtctcgctggtcacggtgacaaggcatcagccttccgccaaaTACCTg < 1:26104‑M1/6‑1 (MQ=255) tCATGGGTACGCGCCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGAc > 7:104603/1‑149 (MQ=255) aTGGGTACGCGCCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCa < 2:150030/149‑1 (MQ=255) gTACGCGCCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTc > 4:81636/1‑149 (MQ=255) cgcgCCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTg < 2:344318/149‑1 (MQ=255) gcgcCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGc < 4:198984/149‑1 (MQ=255) gccctgggggCGAATATCTCGAGGATCAGCCGGGTCGGGGCGAGCACACGACACTCTCTTTCACCCGTTAACTCAAGGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTg < 1:292537/142‑1 (MQ=255) gcCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAgg < 5:350124/141‑1 (MQ=255) gcCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAgg > 6:350124/1‑141 (MQ=255) gcCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAg > 1:322903/1‑149 (MQ=255) ttGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCtt < 5:280633/149‑1 (MQ=255) gAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCt > 1:62835/1‑149 (MQ=255) ccctgaggcgcgcgaagacccgcaggagtttcaggagttggcattgtcggccggtgccgacatcgtctcgctggtcacggtgacaaggcatcagccttccgccaaaTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTg < 7:108672‑M1/43‑1 (MQ=255) tCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACt > 5:50931/1‑149 (MQ=255) cGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAg < 5:233430/130‑1 (MQ=255) cGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAg > 6:233430/1‑130 (MQ=255) gAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGc > 7:171138/1‑149 (MQ=255) gATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCaa < 1:56634/149‑1 (MQ=255) aTCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAAt > 7:262052/1‑149 (MQ=255) tCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATc < 2:62835/149‑1 (MQ=255) aGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAg > 3:125362/1‑149 (MQ=255) ccGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTa > 5:146671/1‑149 (MQ=255) cGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTAt > 3:83249/1‑149 (MQ=255) gacccgcaggagtttcaggagttggcattgtcggccggtgccgacatcgtctcgctggtcacggtgacaaggcatcagccttccgccaaaTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGt > 8:108672‑M1/91‑149 (MQ=255) ggagtttcaggagttggcattgtcggccggtgccgacatcgtctcgctggtcacggtgacaaggcatcagccttccgccaaaTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCg > 2:26104‑M1/83‑149 (MQ=255) cacaCGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGTGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCt < 1:5358/149‑1 (MQ=255) aca‑‑cTCGAACACACGTTCA‑AGGTGGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGcc < 8:104603/149‑1 (MQ=255) a‑‑cTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCtt < 5:317092/149‑1 (MQ=255) tCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGcc < 4:170271/145‑1 (MQ=255) tCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGcc > 3:170271/1‑145 (MQ=255) tCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGt > 2:9162/1‑149 (MQ=255) gAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTc < 3:81636/148‑1 (MQ=255) acacGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGt > 6:118103/1‑149 (MQ=255) gTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGAc > 3:308409/1‑148 (MQ=255) gcTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATg < 5:118103/149‑1 (MQ=255) cTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCCTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCg < 2:322903/148‑1 (MQ=255) aCTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCAc > 2:227127/1‑149 (MQ=255) aCTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCAc > 2:215473/1‑149 (MQ=255) cTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCAcc < 6:146671/149‑1 (MQ=255) ggCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCgg < 1:9162/148‑1 (MQ=255) gTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGa < 4:125362/149‑1 (MQ=255) tGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCGTGCCACTGCCAATGAGGTATTTGGCGGAAGGCTGAGGCCTTGTCACCGTGACCAGGGAGACGATGTCGTCACCGGCCGa > 8:120675/1‑148 (MQ=255) gggTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAAt < 4:308409/149‑1 (MQ=255) tgtgATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGc > 4:332254/1‑148 (MQ=255) gtgATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGcc > 4:343440/1‑148 (MQ=255) aTTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAAc < 2:281344/148‑1 (MQ=255) aTTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACt > 2:130041/1‑149 (MQ=255) aTTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGATGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACt > 4:67311/1‑149 (MQ=255) ttGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACTc > 6:204572/1‑149 (MQ=255) tGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACTcc > 3:104211/1‑149 (MQ=255) aaaaTCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACTCCt < 1:130041/148‑1 (MQ=255) ccAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACTCCTGAAACTcc > 7:257836/1‑149 (MQ=255) gTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACTCCTGAAACTCCTGCg < 8:257836/149‑1 (MQ=255) tCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACTCCTGAAACTCCTGCgg < 5:204572/149‑1 (MQ=255) tCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACTCCTGAAACTCCTGCgg > 6:98297/1‑149 (MQ=255) | CTGCAGCTTGCCTTCATGGGTACGCGCCCGTTGGGCGAAGATATCGAGGATCAGCCCGGTACGGTCGAGCACACGACA‑‑CTCGAACACACGTTCA‑AGGTTGCGCTCCTGACTGGGCGTGAGGGTGTGATTGAAAATCACCAGGTCTACCTGTTCGGCATGGACCAGGTCGTGCAGCTCTTCGACCTTGCCACTGCCAATCAGGTATTTGGCGGAAGGCTGATGCCTTGTCACCGTGACCAGCGAGACGATGTCGGCACCGGCCGACAATGCCAACTCCTGAAACTCCTGCGG > NC_002947/5563875‑5564165 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |