| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5989993 | 3269 (57.820) | 58 (1.080) | 27/244 | NT | 1.8% | intergenic (+305/+44) | PP_5247/ycaC‑III | hypothetical protein/putative hydrolase |
| ? | NC_002947 | = 5990003 | 3092 (57.820) | intergenic (+315/+34) | PP_5247/ycaC‑III | hypothetical protein/putative hydrolase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 3885 total aligned reads displayed.
CACCCTACACTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTC > NC_002947/5989845‑5990141 | aCCCTACACTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAATGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTcc < 2:70539/149‑1 (MQ=255) cccTACACTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTccc > 4:340307/1‑149 (MQ=255) cTACACTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTa > 8:37686/1‑149 (MQ=255) cTACACTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATCCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTa < 6:52310/149‑1 (MQ=255) cacTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACag < 7:80495/149‑1 (MQ=255) acTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACaga < 4:11302/149‑1 (MQ=255) acTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACa > 1:301686/1‑147 (MQ=255) tgatgaTTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACaga > 3:123586/1‑147 (MQ=255) tgatgaTTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACaga > 2:9374/1‑147 (MQ=255) tgatgaTTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATACAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCTCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGTAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CAGGCTCCCTACaga > 6:108613/1‑147 (MQ=255) atgatTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGGCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAga > 6:315329‑M2/1‑147 (MQ=255) atgatTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACagaga > 4:303711/1‑147 (MQ=255) tCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAgagccgg < 8:176759‑M2/149‑8 (MQ=255) aGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCtctctgtagggagccggtt < 2:297289‑M1/149‑20 (MQ=255) cATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCttt > 6:77735/1‑149 (MQ=255) cATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCttt < 1:183638/149‑1 (MQ=255) gATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACTACTGGCTTCGCGCTCGTGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACCGGTGAGCGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAACA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTtgtg < 7:337086/148‑1 (MQ=255) tGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCAc < 7:254192/149‑1 (MQ=255) 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gATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtggtg > 3:174470/1‑149 (MQ=255) caccAGTTACCGCCCCAGAATGACAACTGGCTTCGCGCCCGGGTGAAACGCCAACAAAGCCGCCAATACCGGTAAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtgg < 2:158267/145‑1 (MQ=255) aTCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtggtg < 2:238771/148‑1 (MQ=255) aTCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtggtg < 2:395/148‑1 (MQ=255) tCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTggtggt < 7:106233/149‑1 (MQ=255) cAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑g < 6:259822/149‑1 (MQ=255) aGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACagag > 7:58646/1‑115 (MQ=255) aGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑Ga < 7:223197/149‑1 (MQ=255) aGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑Ga < 2:183051/149‑1 (MQ=255) aGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑Ga > 2:102953/1‑149 (MQ=255) gTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GAt < 6:207783/149‑1 (MQ=255) gTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GAt < 2:266369/149‑1 (MQ=255) ttACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GAtt < 5:85920/149‑1 (MQ=255) tGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAgagccg < 8:16006‑M2/116‑7 (MQ=255) gCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTcc > 1:100292/1‑97 (MQ=255) gCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTAccc > 4:240889/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) gAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGcaga > 8:285452/1‑148 (MQ=255) cAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCaaa < 3:80385/139‑1 (MQ=255) cAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGcagccag > 6:185486/1‑149 (MQ=255) cAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGcagccag > 5:170909/1‑149 (MQ=255) aGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGTAGCAAAGTGCAGCCAGccc < 4:261137/149‑1 (MQ=255) aGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGccc < 2:3351/149‑1 (MQ=255) gcAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTc < 7:129356/149‑1 (MQ=255) acgtgcacaaaggCCGGCTCTCTCTGTAGGGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCtt < 1:236954‑M1/136‑1 (MQ=255) aacaaAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCt < 3:58340/145‑1 (MQ=255) acaaAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTAGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGa > 8:107072/1‑148 (MQ=255) caaAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACa > 3:348004/1‑149 (MQ=255) aaaaa‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATc > 1:274992/1‑149 (MQ=255) aaaaa‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATcc < 8:324839/107‑1 (MQ=255) aaaaa‑CCGGATCACTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACAAGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCATGTTGCGATAATCAGGAAtt > 3:286200/1‑112 (MQ=255) aa‑CCGGCTCCCTACAGAGAgagccggtttttttgttgcgctttgttccagtcgttgacctgtattggcggcattgttagcgtttcacccgagcgcgaagccagttgtcattcagcggcagtaactggatcaggaaccccatcgatggct < 7:145525‑M2/149‑131 (MQ=255) aa‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCaaa < 4:200213/123‑1 (MQ=255) a‑CCGGCTCCCTACAGGGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTgc < 5:3224/149‑1 (MQ=255) a‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGcagc < 1:159718/129‑1 (MQ=255) a‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTc < 6:158599/138‑1 (MQ=255) CGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTgcgc > 8:238468‑M1/1‑149 (MQ=255) ggCTCtctctgtagggagccggtttttttgttgcgctttgttccagtcgttgacctgtattggcggcattgttagcgtttcacccgagcgcgaagccagttgtcattcagcggcagtaactggatcaggaaccccatcgatggctgaa > 4:221952‑M1/1‑5 (MQ=255) GGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGcagc < 7:311308‑M1/126‑1 (MQ=255) | CACCCTACACTGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAA‑CCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTT‑GATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTC > NC_002947/5989845‑5990141 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |