| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5989993 | 3269 (57.820) | 58 (1.080) | 27/244 | NT | 1.8% | intergenic (+305/+44) | PP_5247/ycaC‑III | hypothetical protein/putative hydrolase |
| ? | NC_002947 | = 5990003 | 3092 (57.820) | intergenic (+315/+34) | PP_5247/ycaC‑III | hypothetical protein/putative hydrolase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 3691 total aligned reads displayed.
TGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGC > NC_002947/5989855‑5990151 | atTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAgagcc > 6:169521‑M2/1‑144 (MQ=255) tCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAgagccgg < 8:176759‑M2/149‑8 (MQ=255) gcgcaacgatgtcgaagggctggctgcactttgctccaaccacattccggattatcgcaacctgatgaccagctataacgcgctgactgcgggtaagtaatcaaccaccagcaacgtgcacaaaggCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCg > 4:72818‑M1/127‑149 (MQ=255) cgcacATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGc < 6:199402/145‑1 (MQ=255) ccATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCtt > 1:131361/1‑149 (MQ=255) aTCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTtg > 5:332410/1‑149 (MQ=255) gATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTtgtg < 3:255678/148‑1 (MQ=255) gATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGATTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAgagc < 7:214170‑M2/137‑5 (MQ=255) gggTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGt < 4:161411/149‑1 (MQ=255) ggTTCCTCATCCAGTTACTGCCGCTCAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACCCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAAGGACTGGAACAAAGCGAAACAAAA‑AAACCGGCACCCTACAGAGAGAGGAGGCCTTTGTGCACGtt > 4:204748/1‑149 (MQ=255) ccTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAAAGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCt < 8:322030/148‑1 (MQ=255) cTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtgg < 8:230056/149‑1 (MQ=255) aTCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCTCTCTGTAGGgagccggtttttttgttgcgctttgttc > 3:278696‑M2/1‑120 (MQ=255) tCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCtggtatg > 2:332287/1‑146 (MQ=255) cAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGtt < 3:169147/148‑1 (MQ=255) aGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGa < 2:159416/149‑1 (MQ=255) aGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGa < 7:9858/149‑1 (MQ=255) aGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGa < 8:155559/149‑1 (MQ=255) tACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGAtt < 3:295704/148‑1 (MQ=255) aCTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGAtta < 6:100301/148‑1 (MQ=255) tGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGAttact > 5:107642/1‑148 (MQ=255) ccGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGAttactt < 5:47574/147‑1 (MQ=255) cGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTAcc > 2:6464/1‑149 (MQ=255) 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aaTTACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCa < 7:26581/148‑1 (MQ=255) aaTGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCa < 8:301650/148‑1 (MQ=255) aaTGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAg > 6:147372/1‑149 (MQ=255) cAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAgc > 5:134733/1‑149 (MQ=255) aaCTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAgcg > 6:39786/1‑149 (MQ=255) cTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTta > 6:352182/1‑148 (MQ=255) ttCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTta > 2:285152/1‑147 (MQ=255) cgcTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTg < 8:131300/149‑1 (MQ=255) cgcTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGCTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTg < 1:75547/149‑1 (MQ=255) gcTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTgg > 2:359528/1‑149 (MQ=255) 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gcAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTc < 4:48715/149‑1 (MQ=255) aacaaAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGa > 4:244005/1‑149 (MQ=255) aacaaAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGGCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGa > 8:281694/1‑149 (MQ=255) acaaAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGATTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGa > 1:345862/1‑148 (MQ=255) caaAA‑AAACCGGATCCCTACAGAGAGAGCCGGCATTTGTGCAGGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACa > 8:205093/1‑149 (MQ=255) aaaa‑aaaCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACAt > 7:75472/1‑149 (MQ=255) atacaCCTGCTCCCTCCAGCGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGAAGTCAGCGCGTTATAGATGGTCATCAGGTTGCGATAATCCTGAAtg < 4:286200/109‑1 (MQ=255) aaaCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTgg < 4:126222/118‑1 (MQ=255) aaCCGGCTCCCTACAGAGAgagccggtttttttgttgcgctttgttccagtcgttgacctgtattcgcggcattgttagcgtttcacccgagcgcgaagccagttgtcattcagcggcagtaactggatcaggaaccccatcgatggct < 3:23834‑M2/149‑131 (MQ=255) aCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGcagc < 1:159718/129‑1 (MQ=255) CGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTgcgc > 6:65754‑M1/1‑149 (MQ=255) ggCTCCCTACAGAGAgagccggtttttttgttgcgctttgttccagtcgttgacctgtattggcggcattgttagcgtttcacccgagcgcgaagccagttgtcattcagcggcagtaactggatcaggaaccccatcgatggctgaat > 5:216557‑M2/1‑15 (MQ=255) gCTCCCTACAGAGAgagccggtttttttgttgcgctttgttccagtcgttgacctgtattggcggcattgttagcgtttcacccgagcgcgaagccagttgtcattcagcggcagtaactggatcaggaaccccatcgatggctgaatc > 7:161177‑M2/1‑14 (MQ=255) GCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTgcgc < 4:178048‑M1/147‑1 (MQ=255) CCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTc < 2:314537‑M1/149‑1 (MQ=255) ccTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGtt < 6:221814/106‑1 (MQ=255) tACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTcgcg > 2:231314/1‑149 (MQ=255) cAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGcagc > 3:215213/1‑117 (MQ=255) cAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTcgcg < 7:329452/147‑1 (MQ=255) cAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGGTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTcgcg < 3:194338/147‑1 (MQ=255) agagagCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTc < 5:275574/141‑1 (MQ=255) agagagCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCa < 1:297809/149‑1 (MQ=255) | TGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAA‑AAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGC > NC_002947/5989855‑5990151 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |