New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 139294 = | 53 (0.940) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 5.8% | coding (1210/1782 nt) | kinB | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
? | NC_002947 | 139339 = | 46 (0.850) | coding (1165/1782 nt) | kinB | alginate biosynthesis sensor protein KinB |
ACGGGAGAAGTTGAGCAGGTCGTTGATCAGTTGGGTAAGACGCTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGTCAGGCTGTAGGTGA > NC_002947/139193‑139485 | aCGGGAGAAGTTGAGCAGGTCGTTGATCAGTTGGGTAAGACGCTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCg < 2:163469/149‑1 (MQ=255) ggcgcggtgatggtgctgcacgatgtgaccgagcaaagggccttcgagcgggtgcgcagcgaattcgtgctgcgcgcctcccacgaactgcgtaccccggTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCg > 8:183524‑M1/101‑148 (MQ=255) aaGTTGAGCAGGTCGTTGATCAGTTGGGTAAGACGCTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACg > 8:57570/1‑149 (MQ=255) gTTGAGCAGGTCGTTGATCAGTTGGGTAAGACGCTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACg > 1:3135/1‑147 (MQ=255) gTTGAGCAGGTCGTTGATCAGTTGGGTAAGACGCTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACg > 2:217080/1‑147 (MQ=255) cAGGTCGTTGATCAGTTGGGTAAGACGCTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGt < 5:355788/149‑1 (MQ=255) ggTCGTTGATCAGTTGGGTAAGACGCTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTgg < 6:104926/149‑1 (MQ=255) atgaGTTGGGTAAGACGCTGCATTTCTTCTCCGTTGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCGGGTCACCGGGGTTCGCAGTTCGTGGGAGgcgc < 2:3135/145‑1 (MQ=255) gTAAGACGCTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGACATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGaa < 1:93613/149‑1 (MQ=255) gCTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTg < 4:68994/149‑1 (MQ=255) cTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTgc < 5:226965/149‑1 (MQ=255) cTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTgc < 5:45534/149‑1 (MQ=255) tGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTgcg > 7:280032/1‑149 (MQ=255) tGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTgcg > 6:34099/1‑149 (MQ=255) cATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGt < 1:238636/108‑1 (MQ=255) cATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGt > 2:238636/1‑108 (MQ=255) tttATTCGACGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCTCTCGCGCAGCAGGACGAAGGCCATGTGCATGACGGTCACCGGGGTACTCAGTTCGTGGGAGGAGCGCAGCACGAATTAGCTGCGCAcc > 6:297505/1‑149 (MQ=255) gATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAgg > 1:251303/1‑149 (MQ=255) tttCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCTCCCGCTCGAAGGCCCtt > 7:167762/1‑149 (MQ=255) cagcagGTCGTTCTCGCGGGATTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCTCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGc < 3:91378/148‑1 (MQ=255) ggTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTc < 1:217080/149‑1 (MQ=255) gTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTca > 6:141193/1‑149 (MQ=255) tCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTgg < 1:50132/93‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTgg > 2:50132/1‑93 (MQ=255) ttCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATc > 6:20682/1‑149 (MQ=255) gcgGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCttt < 3:276553/131‑1 (MQ=255) gcgGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCttt > 4:276553/1‑131 (MQ=255) gcgGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTg > 8:30362/1‑147 (MQ=255) gCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCAc < 5:141193/149‑1 (MQ=255) ttCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCa > 7:166015/1‑149 (MQ=255) ttCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCa > 1:72138/1‑149 (MQ=255) ttCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCa > 2:338325/1‑149 (MQ=255) ggAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCTGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGTCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACcgcg < 5:297505/149‑1 (MQ=255) ggAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACcgcg > 6:272727/1‑149 (MQ=255) gAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCgcgc < 2:251303/149‑1 (MQ=255) cggtgaccggcatgcacatggccttcggcctgctgcgcgagcgggtcaCCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGcc > 8:183524‑M2/49‑148 (MQ=255) ttGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTc < 6:275121/101‑1 (MQ=255) ttGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTc > 5:275121/1‑101 (MQ=255) ACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGa > 8:166015‑M1/1‑148 (MQ=255) cggcatgcacatggccttcggcctgctgcgcgagcgggtcaCCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAg > 1:215686‑M2/42‑144 (MQ=255) cggcatgcacatggccttcggcctgctgcgcgagcgggtcaCCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAg < 2:215686‑M2/103‑1 (MQ=255) gCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGCGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGt > 3:234062/1‑149 (MQ=255) gCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGt < 1:338325/149‑1 (MQ=255) gCTCGCGCAGCACGCCGAACGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTCCGAGGCGAGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCATTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGCAttcg > 6:305867/1‑146 (MQ=255) agcagGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCgg < 5:34099/149‑1 (MQ=255) cagGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGt < 4:234062/149‑1 (MQ=255) aaGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGAc > 5:257121/1‑149 (MQ=255) ggCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCg < 8:280032/149‑1 (MQ=255) cATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCgggg > 1:286863/1‑149 (MQ=255) tgtgCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGt > 3:266182/1‑148 (MQ=255) tgCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGTCa < 7:30362/148‑1 (MQ=255) cATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGTCAGGc < 2:72138/149‑1 (MQ=255) ggtcaCCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGTCAGGCTGTAgg > 2:228210‑M2/6‑149 (MQ=255) gtcaCCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGTCAGGCTGTAGGt < 6:257121‑M2/145‑1 (MQ=255) gtcaCCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGTCAGGCTGTAGGt > 7:49451‑M2/5‑149 (MQ=255) gtcaCCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGTCAGGCTGTAGGt < 5:20682‑M2/145‑1 (MQ=255) aCCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGTCAGGCTGTAGGTGa < 5:272727‑M2/147‑1 (MQ=255) aCCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCATGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGTCAgg < 3:311544‑M2/137‑1 (MQ=255) aCCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCATGCAGCACCAACACCGCGCCGAGGATTGGTCACAGCGGGTGGCTGACCGGGGTCAgg > 4:311544‑M2/2‑138 (MQ=255) | ACGGGAGAAGTTGAGCAGGTCGTTGATCAGTTGGGTAAGACGCTGCATTTCTTCGCCGATGGTTTCCAGCAGGTCGTTCTCGCGGGCTTCGGGCGGGAACTTGACCCGCTCGCGCAGCAGGCCGAAGGCCATGTGCATGCCGGTCACCGGGGTACGCAGTTCGTGGGAGGCGCGCAGCACGAATTCGCTGCGCACCCGCTCGAAGGCCCTTTGCTCGGTCACATCGTGCAGCACCATCACCGCGCCGAGGATTGGTCCCTGCGGGTGGCTGACCGGGGTCAGGCTGTAGGTGA > NC_002947/139193‑139485 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |