New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 674330 | 46 (0.810) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 6.9% | intergenic (‑222/+84) | PP_0575/PP_0576 | membrane protein/lipoprotein |
? | NC_002947 | = 674353 | 38 (0.720) | intergenic (‑245/+61) | PP_0575/PP_0576 | membrane protein/lipoprotein |
GCATCGGAAAAAAGGCGTGCGTGGAATGGATTTTGTCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGG > NC_002947/674205‑674500 | gCATCGGAAAAAAGGCGTGCGTGGAATGGATTTTGTCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAAtt > 3:105134/1‑149 (MQ=255) cgtgcgtgGAATGGATTTTGTCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAAc < 4:105134/149‑1 (MQ=255) gtgGAATGGATTTTGTCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCt > 6:161734/1‑149 (MQ=255) gAATGGATTTTGTCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCAAATTCCTTCGCGGGTAAACCCGCTcca > 6:240056/1‑148 (MQ=255) aTGGATTTTGTCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCccgc > 8:227748/1‑149 (MQ=255) gATTTTGTCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCgg < 5:161734/149‑1 (MQ=255) aTTTTGTCGTAGCTGACACAGGCAAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCTGGTAAACCCGCTCCCGCCggg > 7:109382/1‑149 (MQ=255) tttGTCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGc > 5:31431/1‑148 (MQ=255) tCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACgg < 1:342937/149‑1 (MQ=255) tCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAACTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACg < 2:63402/148‑1 (MQ=255) cGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGt > 7:222251/1‑149 (MQ=255) gACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATGGCCATCTTTGTAGGCGTGGGGTCACCGGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGtgcatgca < 8:304405/149‑1 (MQ=255) acaGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTgcttcgcg > 8:139382‑M2/1‑103 (MQ=255) acaGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTgcttcgcg < 7:139382‑M2/111‑9 (MQ=255) acaGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCccgccg > 4:126376/1‑130 (MQ=255) acaGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCccgccg < 3:126376/130‑1 (MQ=255) gccGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTc < 6:31431/149‑1 (MQ=255) gCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTaaa < 6:2520/99‑1 (MQ=255) gCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTaaa > 5:2520/1‑99 (MQ=255) gCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTAt > 7:28407/1‑149 (MQ=255) gCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTAt > 5:50669/1‑149 (MQ=255) tCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTAttttt > 3:102175/1‑149 (MQ=255) tACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTtgc < 8:165532/149‑1 (MQ=255) aaTCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCgg > 4:130456/1‑149 (MQ=255) tCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTAtt > 1:138909/1‑134 (MQ=255) tCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTAtt < 2:138909/134‑1 (MQ=255) tCTATGTGGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCGATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGt > 5:114985/1‑149 (MQ=255) tATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAACCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTg > 5:312817/1‑149 (MQ=255) aTGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGc > 5:275179/1‑149 (MQ=255) tGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGtt < 8:222251/146‑1 (MQ=255) tAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGccc < 7:188359/148‑1 (MQ=255) ggCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGc < 6:50669/149‑1 (MQ=255) gCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCTAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGATGCCCGGTGGGTAGTTGCACAGCa > 4:212727/1‑149 (MQ=255) gCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCa < 4:102175/149‑1 (MQ=255) tGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCt < 8:28407/149‑1 (MQ=255) ccGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGC‑AAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACgg > 1:246841/1‑148 (MQ=255) aCATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTg < 3:130456/148‑1 (MQ=255) aCATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGC‑AAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCg < 2:246841/149‑1 (MQ=255) aTCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTgcttcgcggatgttcgcgggtgaccccacgcctacatagatggcgattacgagtacgactgcgtcacaggcctggcctgtgtcagctacgacaaaatccattccacgcacgcctt < 8:302819‑M2/149‑116 (MQ=255) tCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTgcttcgcggatgttcgcgggtgaccccacgcctacatagatggcgattacgagtacgactgcgtcaccggcctggcctgtgtcagctacgacaaaatccattccacgcacgccttt < 4:93078‑M2/149‑117 (MQ=255) tCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGa > 2:112079/1‑149 (MQ=255) ccGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCGGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGAt > 6:302560/1‑149 (MQ=255) gcgAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTgcttcgcggatgttcgcgggtgaccccacgcctacatagatggcgattacgagtacgactgcgtcaccggcctggcctgtgtcagctacgacaaaatccattccacgcacgcctttttt < 3:234704‑M2/149‑120 (MQ=255) cGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGtt > 6:198283/1‑149 (MQ=255) tGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCg < 3:162620/149‑1 (MQ=255) cATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGttc > 5:87633/1‑149 (MQ=255) cAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTgg > 6:221006/1‑149 (MQ=255) cAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTgg > 4:228411/1‑149 (MQ=255) cAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTgg < 6:87633/149‑1 (MQ=255) aTTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCg > 7:134309/1‑149 (MQ=255) ttGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCGCAGCACCTTGGGCACGGTATTGGGGATGGCGCTGTTGCGTGCTTCCGGGCGTGGCgg > 8:127894/1‑149 (MQ=255) | GCATCGGAAAAAAGGCGTGCGTGGAATGGATTTTGTCGTAGCTGACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGG > NC_002947/674205‑674500 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |