New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1408922 = | 49 (0.870) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 6.0% | coding (1375/1509 nt) | PP_1230 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 1408955 = | 47 (0.880) | coding (1408/1509 nt) | PP_1230 | hypothetical protein |
GCGACCTTGCAGGCCTTGCTGGATGGCCAGACCGACGCCCAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCG > NC_002947/1408808‑1409094 | gCGACCTTGCAGGCCTTGCTGGATGGCCAGACCGACGCCCAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACt < 3:251653/148‑1 (MQ=255) gagaaaccatcacccctgcggcgacagggcccccagatgcgccgccatgaacatggcaaattcttcaacggtcatttttcggccattgaaatcgaccatgccatcggcataGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGc > 6:142734‑M1/112‑149 (MQ=255) gCAGGCCTTGCTGGATGGCCAGACCGACGCCCAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATg > 6:309571/1‑149 (MQ=255) atcacccctgcggcgacagggcccccagatgcgccgccatgaacatggaaattcttcaacggtcatttttcggccattgaaatcgaccatgccatcggcataGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTAt < 1:24615‑M1/36‑1 (MQ=255) atcacccctgcggcgacagggcccccagatgcgccgccatgaacatggaaattcttcaacggtcatttttcggccattgaaatcgaccatgccatcggcataGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTAt > 2:24615‑M1/103‑138 (MQ=255) ttGCTGGATGGCCAGACCGACGCCCAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGAt > 3:302437/1‑141 (MQ=255) ttGCTGGATGGCCAGACCGACGCCCAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGAt < 4:302437/141‑1 (MQ=255) cAGACCGACGCCCAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATgg < 8:308265/149‑1 (MQ=255) cGACGCCCAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGa > 1:163489/1‑148 (MQ=255) ccAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGa > 3:175468/1‑149 (MQ=255) cAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAAt > 7:197950/1‑135 (MQ=255) cAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAAt < 8:197950/135‑1 (MQ=255) aGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCg < 6:128057/149‑1 (MQ=255) gATTGCCATGCACTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTCGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGtt > 2:135776/1‑148 (MQ=255) ccATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTgaagaa > 1:61904/1‑149 (MQ=255) gCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTg > 3:233753/1‑149 (MQ=255) aGTCGAGACAGGCGGTGGAGATGGTAGGCATTATGTAGCTGAAGAGCTGCTTGGCCACCTTGCAGGGAGATGATGTGGTCAGAAGCCTGCACTATTCCGATGGCATTGTCGATTTCAATGTCAGAAAAATGACCGTTGAAGAAttttc > 5:219090/1‑146 (MQ=255) tCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCAt > 5:69181/1‑149 (MQ=255) tCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCAt > 5:185883/1‑149 (MQ=255) gAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGt < 6:137503/149‑1 (MQ=255) gAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGACCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGt < 5:309571/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTc < 1:346804/149‑1 (MQ=255) cGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACGGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATggcg < 1:135776/149‑1 (MQ=255) gggggAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGAc < 8:227164/120‑1 (MQ=255) gggggAGATGGTCGGCATGATGACGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGAc > 7:227164/1‑120 (MQ=255) gggAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGgcggcg > 3:38177/1‑149 (MQ=255) gagaTGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCa > 4:335809/1‑149 (MQ=255) gTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTggg > 4:131442/1‑149 (MQ=255) tCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTgggg < 2:163489/149‑1 (MQ=255) gCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGcc > 1:105330/1‑149 (MQ=255) gCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGcc > 8:276925/1‑149 (MQ=255) gCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGcc < 3:131442/149‑1 (MQ=255) gatgGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGt > 1:146146/1‑149 (MQ=255) atgGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAAt < 3:699/98‑1 (MQ=255) atgGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAAt > 4:699/1‑98 (MQ=255) ggCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTcgc > 6:46820/1‑149 (MQ=255) gcgcTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCCGCGCATCTGGGGGCCCTGTcgc < 7:228013/148‑1 (MQ=255) gcTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTcgccgc < 7:276925/149‑1 (MQ=255) gcTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTcgc > 3:25296/1‑146 (MQ=255) gcTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTcgc < 4:25296/146‑1 (MQ=255) cAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAg < 2:61904/147‑1 (MQ=255) cAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAg < 5:46820/147‑1 (MQ=255) cGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGAt < 3:190325/149‑1 (MQ=255) cGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGAt < 4:38177/149‑1 (MQ=255) cATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGt > 5:232659/1‑149 (MQ=255) gcatagtgcaggctgctgaccacatcatcgccctgcacTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTtctc > 6:142734‑M2/39‑149 (MQ=255) cACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTcc > 1:341487/1‑149 (MQ=255) atagtgcaggctgctgaccacatcatcgccctgcacTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTT‑CCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGAt < 1:24615‑M2/102‑1 (MQ=255) atagtgcaggctgctgaccacatcatcgccctgcacTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTT‑CCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGAt > 2:24615‑M2/37‑138 (MQ=255) aCCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCt > 1:334881/1‑149 (MQ=255) aCCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCt < 2:105330/149‑1 (MQ=255) GGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGc > 7:132678‑M1/1‑149 (MQ=255) gtgGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCgg > 6:294423/1‑149 (MQ=255) tgGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCggg > 5:65653/1‑149 (MQ=255) tgGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCgg < 6:109173/148‑1 (MQ=255) agcagcCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAAc > 4:94355/1‑149 (MQ=255) gcagcCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAAcc < 6:69181/149‑1 (MQ=255) agcCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCg > 5:63346/1‑149 (MQ=255) gcCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATggcggc < 3:247242/79‑1 (MQ=255) gcCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATggcggc > 4:247242/1‑79 (MQ=255) | GCGACCTTGCAGGCCTTGCTGGATGGCCAGACCGACGCCCAAGCGATTGCCATGCAGTCGAGCCAGGCGGGGGAGATGGTCGGCATGATGGCGCTGCAGAGCGGCATGGCCACCGTGCAGGGCGATGATGTGGTCAGCAGCCTGCACTATGCCGATGGCATGGTCGATTTCAATGGCCGAAAAATGACCGTTGAAGAATTTGCCATGTTCATGGCGGCGCATCTGGGGGCCCTGTCGCCGCAGGGGTGATGGTTTCTCCTGTTGCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCG > NC_002947/1408808‑1409094 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |