New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3782604 | 50 (0.880) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 5.8% | coding (541/846 nt) | nikC | nickel ABC transporter permease |
? | NC_002947 | = 3782647 | 51 (0.960) | coding (584/846 nt) | nikC | nickel ABC transporter permease |
ATCGCCATCGCCCTGTCCCACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAACGACGCCAAGGAATTCATCTG > NC_002947/3782499‑3782791 | atcgccatcgccCTGTCCCACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAatat > 1:131164/1‑149 (MQ=255) ccatcgccCTGTCCCACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATcgcc < 8:31409‑M2/149‑5 (MQ=255) ccatcgccCTGTCCCACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATcgcc > 8:22217‑M2/1‑145 (MQ=255) ccatcgccCTGTCCCACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATcgcc > 2:8957‑M2/1‑145 (MQ=255) gccCTGTCCCACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGccc < 1:66675/149‑1 (MQ=255) gccCTGTCCCACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGccc > 7:152802/1‑149 (MQ=255) tCCCACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTtgc < 5:205179/148‑1 (MQ=255) ccACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTtgctgg > 6:324854/1‑149 (MQ=255) ccACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTtgctg < 7:89012/148‑1 (MQ=255) ccTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGc > 7:298171/1‑148 (MQ=255) cTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCaa < 8:152802/149‑1 (MQ=255) gTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCa > 8:7354/1‑149 (MQ=255) tATGCGCGCTGGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCTAATACTCTATGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCAt < 1:296029/149‑1 (MQ=255) tGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATg < 2:137965/148‑1 (MQ=255) tGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATg > 3:205810/1‑148 (MQ=255) tGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATg < 7:7354/148‑1 (MQ=255) gcgcATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCCCTTCACGCGGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTTGCAACCATGGACa > 6:269047/1‑149 (MQ=255) gcATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATc < 4:309890/149‑1 (MQ=255) tGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCcac < 7:173969/149‑1 (MQ=255) cgcgGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACat > 3:253636/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGAtgc < 8:298171/149‑1 (MQ=255) gTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCa < 3:177602/149‑1 (MQ=255) cccAGCGCGGCCGCGAATACGTTTTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCca < 5:210242/130‑1 (MQ=255) cccAGCGCGGCCGCGAATACGTTTTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGCCca > 6:210242/1‑130 (MQ=255) cccAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTcc < 7:31409/149‑1 (MQ=255) ccGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGt > 4:305209/1‑149 (MQ=255) aTACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTg > 5:284265/1‑149 (MQ=255) cGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGc > 8:323088/1‑109 (MQ=255) cGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGc < 7:323088/109‑1 (MQ=255) ttGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCgg > 4:213849/1‑149 (MQ=255) gCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGt > 3:352628/1‑149 (MQ=255) gCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGt > 6:301951/1‑149 (MQ=255) ttCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGa < 7:102680/93‑1 (MQ=255) ttCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGa > 8:102680/1‑93 (MQ=255) gCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATcgccggccaggcgtgaagccaatacgtattcgcggccgcgctgggcaatcaccaggccgcgcaccatgcgcgcataccaggcccagtgggacag < 4:224523‑M2/149‑95 (MQ=255) cTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATcgccggccaggcgtgaagccaatacgtattcgcggccgcgctgggcaatcaccaggccgcgcaccatgcgcgcataccaggcccagtgggacaggg < 6:351603‑M2/149‑97 (MQ=255) cACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATgg > 3:205384/1‑149 (MQ=255) gCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGc > 7:115978/1‑149 (MQ=255) cTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCg > 2:95350/1‑149 (MQ=255) tGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGt > 5:233454/1‑149 (MQ=255) ggCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATcgccggccaggcgtgaagccaatacgtattcgcggccgcgctgggcaatcaccaggccgcgcaccatgcgcgcataccaggcccagtgggacagggcgatggcgatgatcacgtt > 3:224523‑M2/1‑33 (MQ=255) ggCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGtga < 2:131164/149‑1 (MQ=255) gcgcGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCTGCCACATGATGCTGCACTTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGtgat < 4:253636/149‑1 (MQ=255) gcgcGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGtgat < 4:352628/149‑1 (MQ=255) gcgcGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGCCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGagat > 5:344634/1‑149 (MQ=255) cgcgGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCTATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGtgat > 1:10106/1‑148 (MQ=255) cgcgGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGtgatg < 2:10106/149‑1 (MQ=255) cgcgGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGtgatg < 1:95350/149‑1 (MQ=255) cagctccAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGCGCTGGCAACCAAGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTTTCGTTCCTTGGACTCGGGGTGGCTCCCCCAACCGCCGAATGGGGCGTGATTATCaa < 3:221037/144‑1 (MQ=255) cgcCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAac < 3:213849/147‑1 (MQ=255) gcCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTg < 2:310935/99‑1 (MQ=255) gcCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTg > 1:310935/1‑99 (MQ=255) gcCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAacgac < 8:115978/149‑1 (MQ=255) ccAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAacgacg > 2:305992/1‑149 (MQ=255) ccAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAacgacg < 1:305992/149‑1 (MQ=255) tgctgcCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATgggg > 4:29514/1‑124 (MQ=255) tgctgcCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATgggg < 3:29514/124‑1 (MQ=255) ccAATATCGCCGGCCCGTTGCTGTTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAACGACGCCAAGGAATTCATc < 4:205384/149‑1 (MQ=255) ccAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAACGACGCCAAGGAATTCATc > 6:88455/1‑149 (MQ=255) ccAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAACGACGCCAAGGAATTCATc < 6:284265/149‑1 (MQ=255) aaTATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAACGACGCCAAGGAATTCATCTg > 5:234486/1‑149 (MQ=255) | ATCGCCATCGCCCTGTCCCACTGGGCCTGGTATGCGCGCATGGTGCGCGGCCTGGTGATTGCCCAGCGCGGCCGCGAATACGTATTGGCTTCACGCCTGGCCGGCGCTTCACGCTGGGCGCGGCTGCGCCAGCATGTGCTGCCCAATATCGCCGGCCCGTTGCTGGTGCTGGCAACCATGGACATCGGCCACATGATGCTGCACGTCTCCGGCCTGTCGTTCCTTGGCCTCGGGGTGGCGCCCCCCACCGCCGAATGGGGCGTGATGATCAACGACGCCAAGGAATTCATCTG > NC_002947/3782499‑3782791 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |