New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4157696 = | 43 (0.760) | 3 (0.050) | 3/258 | NT | 6.1% | coding (183/888 nt) | PP_3660 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 4157729 = | 49 (0.870) | coding (150/888 nt) | PP_3660 | LysR family transcriptional regulator |
TGGTACTGGCGCCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGCGAACGTTATCAGCTGTTCTGGGGTCA > NC_002947/4157581‑4157877 | tGGTACTGGCGCCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCa < 2:340410/149‑1 (MQ=255) tACTGGCGCCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGt > 7:97264/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTg < 5:97728/149‑1 (MQ=255) gcgcCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGt > 4:330182/1‑148 (MQ=255) acacggcaacatcagccatgcggcccaagccctgcacctgtctcagccggcggtgtccggccagctcaagctcttgcaagaggcgtttggcgagcccctttaccaacgtACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTgg > 8:306217‑M1/110‑149 (MQ=255) gcCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTa > 1:212703/1‑147 (MQ=255) gcCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTa > 4:172862/1‑147 (MQ=255) ccGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAg < 3:135866/149‑1 (MQ=255) cGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGCTCCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAg < 1:102762/149‑1 (MQ=255) cGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAgg > 5:242519/1‑149 (MQ=255) gcgcACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGc < 2:166258/148‑1 (MQ=255) cgcACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTc < 2:212703/149‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAAc < 3:172862/149‑1 (MQ=255) gcgcTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAACGCTTGCGCCTGCCGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCCCCGGCCGCTGTCCGCCGCCCGCCGCGGCCGGCACGTGGGTAAAGGGGCTCGCCTAACGCct > 1:210259/1‑149 (MQ=255) cgcTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCctc < 2:93235/149‑1 (MQ=255) tCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTg > 3:181304/1‑149 (MQ=255) cAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTg < 2:169642/147‑1 (MQ=255) ggCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCGTCGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGc > 1:64915/1‑149 (MQ=255) gcgcAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTg > 3:16914/1‑102 (MQ=255) gcgcAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTg < 4:16914/102‑1 (MQ=255) gccggcggtgtccggccagctcaagctcttgcaagaggcgtttggcgagcccctttaccaacgtACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTa < 7:104143‑M1/42‑1 (MQ=255) gccggcggtgtccggccagctcaagctcttgcaagaggcgtttggcgagcccctttaccaacgtACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTa > 8:104143‑M1/65‑106 (MQ=255) gcgcCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACAccgccg < 2:296963/147‑1 (MQ=255) cTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCtt < 8:320371/113‑1 (MQ=255) cTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCtt > 7:320371/1‑113 (MQ=255) tGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTgaga > 4:252671/1‑149 (MQ=255) cGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAg < 2:64915/149‑1 (MQ=255) gTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGTCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAg < 3:330182/149‑1 (MQ=255) tttCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAgg < 3:252671/149‑1 (MQ=255) g‑cgcAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCtt > 8:118561/1‑149 (MQ=255) cgcAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTg < 4:181304/149‑1 (MQ=255) gcgcTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCg > 3:225444/1‑149 (MQ=255) gCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCt < 7:118561/149‑1 (MQ=255) tGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGAt < 8:97264/149‑1 (MQ=255) ccAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTg > 5:202271/1‑149 (MQ=255) cAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGc > 7:165451/1‑149 (MQ=255) gCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCg > 8:63483/1‑149 (MQ=255) taccaacgtgccggccgcggcgtgcggctgacagcggccggtACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGc < 7:104143‑M2/64‑1 (MQ=255) taccaacgtgccggccgcggcgtgcggctgacagcggccggtACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGc > 8:104143‑M2/43‑106 (MQ=255) ccaacgtgccggccgcggcgtgcggctgacagcggccggtACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCgtgt > 8:306217‑M2/41‑149 (MQ=255) tGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGcc > 5:331171/1‑126 (MQ=255) tGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGcc < 6:331171/126‑1 (MQ=255) ggCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAg > 1:196702/1‑102 (MQ=255) ggCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAg < 2:196702/102‑1 (MQ=255) gCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGtt > 7:7297/1‑131 (MQ=255) gCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGtt < 8:7297/131‑1 (MQ=255) cGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCACCCGTgg > 4:92131/1‑149 (MQ=255) cTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGc > 5:146122/1‑148 (MQ=255) tCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGCGAAc < 4:225444/149‑1 (MQ=255) cAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCGAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCg > 4:262424/1‑133 (MQ=255) cAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCg < 3:262424/133‑1 (MQ=255) aGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGCGAACGt > 7:293587/1‑149 (MQ=255) gCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGTACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGCGAACGTTATc < 6:202271/149‑1 (MQ=255) cACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGCGAACGTTATCa < 7:63483/149‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGCGAACGTTATCAg < 6:146122/149‑1 (MQ=255) gccgcGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGCGAACGTTATCAGCt > 2:183236/1‑149 (MQ=255) ccgcGGCCGGCACGTTCGTAAAGCGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGCGAACGTTATCAGCTg < 4:71606/149‑1 (MQ=255) aCGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGCGAACGTTATCAGCTGTTCTGGGGTCa < 2:84457/149‑1 (MQ=255) | TGGTACTGGCGCCGATGCGCACGGTGCCGCGCTCCAGCCCGCGCATGGCCTCGCGCAGCGCTTGCGCCTGACGGAAGGTTTCG‑CGCAGGCGCTCGGCATGC‑GCCAGCAACTGCTCACCGGCCGCTGTCAGCCGCACGCCGCGGCCGGCACGTTGGTAAAGGGGCTCGCCAAACGCCTCTTGCAAGAGCTTGAGCTGGCCGGACACCGCCGGCTGAGACAGGTGCAGGGCTTGGGCCGCATGGCTGATGTTGCCGTGTTCGGCAACCGTGGCGAACGTTATCAGCTGTTCTGGGGTCA > NC_002947/4157581‑4157877 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |