| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_002947 | = 5990003 | 5520 (87.920) | intergenic (+315/+34) | PP_5247/ycaC‑III | hypothetical protein/putative hydrolase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 6154 total aligned reads displayed.
TGATGATTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTCGCGGTGCAGCTC > NC_002947/5989855‑5990153 | tgatgaTTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGTGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACagaga < 7:12409/149‑1 (MQ=255)tgatgaTTCAGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACagaga > 4:45309/1‑149 (MQ=255) aGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGcc > 7:370467/1‑149 (MQ=255) aGCCATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGcc > 5:297930/1‑149 (MQ=255) ccATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCtt > 3:184879/1‑149 (MQ=255) ccATCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCtt > 5:217585/1‑149 (MQ=255) aTCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACATGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGCGAGAGCCGGccgtgg > 8:71653/1‑145 (MQ=255) aTCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCTCTCTGTAGGgagccggtttttt > 6:369320‑M2/1‑136 (MQ=255) aTCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTtg > 5:83222/1‑149 (MQ=255) aTCGATGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACAGGCTCCCGACAGAGAGAGCCGGCCTTtg > 6:311486/1‑149 (MQ=255) gctgcggTGCCTGCTCCAGCTACTGCCGCTGAAGGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGACACGCTACCAATGCCGCCAATACAGCTCAACGACTGGAACCAAGCGCAACAAAAAAACCGGCGCCCTACAGCGAGAGCCGGCCTTtgt < 8:216833/142‑1 (MQ=255) tGGGGTTCCTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCAc > 2:292109/1‑149 (MQ=255) ccTGATCCAGTTACTGCCGCTGAATGACAACTGGCTTCGCGCTCGGGTGAAACGCTAACAATGCCGCCAATACAGGTCAACGACTGGAACAAAGCGCAACAAAAAAACCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCt < 3:239418/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaaaaCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACAt > 1:335547/1‑149 (MQ=255) aaaaaaCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATc > 8:13136/1‑149 (MQ=255) aaaaaCCGGCTCCCTACAGAGAgagccggtttttttgttgcgctttgttccagtcgttgacctgtattggcggcattgttagcgtttcacccgagcgcgaagccagttgtcattcagcggcagtaactggatcaggaaccccatcgatg < 4:126449‑M2/149‑128 (MQ=255) aaaaaCCGGCTCCCTACAGAGAgagccggtttttttgttgcgctttgttccagtcgttgacctgtattggcggcattgttagcgtttcacccgagcgcgaagccagttgtcattcagcggcagtaactggatcaggaaccccatcgatg < 5:356969‑M2/149‑128 (MQ=255) aaaaaCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCATTCGACATCg > 3:271048/1‑149 (MQ=255) aCCGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTgc < 5:53183/149‑1 (MQ=255) cGGCTCCCTACAGAGAgagccggtttttttgttgcgctttgttccagtcgttgacctgtattggcggcattgttagcgtttcacccgagcgcgaagccagttgtcattcagcggcagtaactggatcaggaaccccatcgatggctgaa < 7:317497‑M2/149‑134 (MQ=255) CGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTgcgc > 4:254820‑M1/1‑149 (MQ=255) CGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTgcgc > 7:147934‑M1/1‑149 (MQ=255) CGGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTgcgc > 5:319752‑M1/1‑149 (MQ=255) GGCTCCCTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTgcgc < 8:292967‑M1/148‑1 (MQ=255) ccTACAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGtt < 6:161590/139‑1 (MQ=255) cAGAGAGAGCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTCGCGGt < 2:235640/149‑1 (MQ=255) agagagagCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTCGCGGTg > 4:179016/1‑149 (MQ=255) gagagagCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAATGTGGTTGGAGCAAAGTGCAGCCAGCCCTTCGACATCGTTGCGCCAGTCGCGGTGc < 1:388698/149‑1 (MQ=255) agagagCCGGCCTTTGTGCACGTTGCTGGTGGTTGATTACTTACCCGCAGTCAGCGCGTTATAGCTGGTCATCAGGTTGCGATAATCCGGAAt > 6:289197/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |