New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 487574 = | 47 (0.850) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 6.1% | coding (728/990 nt) | pdxA | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
? | NC_002947 | 487613 = | 48 (0.920) | coding (689/990 nt) | pdxA | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
CGGATGATCGGCAGGCCCAGGGTCACGTTCACTGCTGCGCCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTT > NC_002947/487427‑487719 | cGGATGATCGGCAGGCCCAGGGTCACGTTCACTGCTGCGCCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCgg > 7:61262/1‑149 (MQ=255) aacgtgtaacccgtatcctgcatgccgacatgcgcgacaagtttggcattgccagacccgcgtatcgacgtgtgcggcctcaacccgcatgcgggcgagggcggccccctgggccgcgaagaaatcgacatcatcgacccgaccctGGc < 1:273688‑M1/3‑1 (MQ=255) gtgtaacccgtatcctgcatgccgacatgcgcgacaagtttggcattgccaacccgcgtatcctcgtgtgcggcctcaacccgcatgcgggcgagggcggccacctgggccgcgaagaaatcgacatcatcgagccgaccctGGCCcgc > 3:138716‑M1/143‑149 (MQ=255) ccAGGGTCACGTTCACTGCTGCGCCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATg > 4:240089/1‑149 (MQ=255) cggtCACTGCTGCTCAGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGAACCGCTTCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACTGGGTTTCGGCCGGGAGCGGCCCGAGCAGGTCGATGCCTTGGGtt < 8:61262/146‑2 (MQ=255) gTTCACTGCTGCGCCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGccc > 4:73183/1‑126 (MQ=255) gTTCACTGCTGCGCCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGccc < 3:73183/126‑1 (MQ=255) ctgcGCCGAAGACTTTGTACTTGAGTAAGGGAAGGCACTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCgg > 2:197444/1‑149 (MQ=255) tgcGCCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCggg > 5:90785/1‑149 (MQ=255) acaagtttggcattgccaacccgcgtatcctcgtgtgcggcctcaacccgcatgctggcgagggcggccacctgggccgcgaagaaatcgacatcatcgagccgaccctGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCa > 1:17455‑M1/110‑149 (MQ=255) gAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAggg > 2:90365/1‑149 (MQ=255) aaGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGt < 3:240089/149‑1 (MQ=255) tACTTGAGTGCGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCga < 2:246637/148‑1 (MQ=255) aCTTGAGTACGGTAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCa < 5:203064/111‑1 (MQ=255) aCTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCa > 6:203064/1‑111 (MQ=255) cTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCgatg < 1:90365/148‑1 (MQ=255) ttGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGt < 7:194855/119‑1 (MQ=255) ttGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGt > 8:194855/1‑119 (MQ=255) ttGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCgatgat > 7:235614/1‑149 (MQ=255) aggaCGGGAAGGCCCTGGGCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGt < 8:246841/145‑1 (MQ=255) gTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGCGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCg < 2:166269/149‑1 (MQ=255) gcgtatcctcgtgtgcggcctcaacccgcatgcgggcgagggcggccacctgggccgcgaagaaatcgacatcatcgagccgaccctGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAgg < 5:7382‑M1/42‑1 (MQ=255) gcgtatcctcgtgtgcggcctcaacccgcatgcgggcgagggcggccacctgggccgcgaagaaatcgacatcatcgagccgaccctGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAgg > 6:7382‑M1/88‑129 (MQ=255) aCGGGACGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGCGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGGCGGCTCGATGATGTCGAt < 4:246343/149‑1 (MQ=255) gggAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCgat > 6:193479/1‑138 (MQ=255) gggAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCgat < 5:193479/138‑1 (MQ=255) gCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTc < 4:348556/124‑1 (MQ=255) gCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTc > 3:348556/1‑124 (MQ=255) ccTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCgg < 6:90785/149‑1 (MQ=255) gTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTCCTT‑CGCGGcc > 8:101855/1‑147 (MQ=255) gTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGt > 7:246630/1‑149 (MQ=255) gTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGgc > 8:60299/1‑149 (MQ=255) aCATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGgccg > 7:220072/1‑149 (MQ=255) aCATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCAACAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCACGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGgccg > 7:224533/1‑149 (MQ=255) aCCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCg > 7:67289/1‑148 (MQ=255) ccGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCTGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTTCCGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGc < 1:197444/149‑1 (MQ=255) ccGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCa > 2:273688/1‑149 (MQ=255) cAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGAttt < 4:48176/109‑1 (MQ=255) cAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGAttt > 3:48176/1‑109 (MQ=255) cAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCgg < 4:188126/117‑1 (MQ=255) cAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCgg > 3:188126/1‑117 (MQ=255) aGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCTCATg < 5:251096/142‑1 (MQ=255) aGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCTCATg > 6:251096/1‑142 (MQ=255) cTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAgg < 8:220072/148‑1 (MQ=255) cAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGAt < 6:234273/99‑1 (MQ=255) cAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGAt > 5:234273/1‑99 (MQ=255) aGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGca > 7:333728/1‑149 (MQ=255) gggggTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGACCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGa > 1:160293/1‑149 (MQ=255) gggTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATa > 1:86430/1‑149 (MQ=255) ggTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGcaca > 1:198265/1‑131 (MQ=255) ggTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGcaca < 2:198265/131‑1 (MQ=255) ggTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTCCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTgg < 7:101855/149‑1 (MQ=255) gccggcAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAg > 1:38206/1‑116 (MQ=255) gccggcAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAg < 2:38206/116‑1 (MQ=255) ggcAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCaaa < 7:60299/149‑1 (MQ=255) aGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACtt > 7:77672/1‑149 (MQ=255) GGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGtt > 1:353518‑M1/1‑104 (MQ=255) GGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGtt < 2:353518‑M1/104‑1 (MQ=255) | CGGATGATCGGCAGGCCCAGGGTCACGTTCACTGCTGCGCCGAAGCCTTTGTACTTGAGTACGGGAAGGCCCTGGTCGTGGTACATCGCCAGCACCGCATCGCAGTGCTCCAGATATTTGGGGGTAAACAGGGTATCGGCCGGCAGCGGCCCGCGCAGGTCCATGCCTTCGGTGCGCAGGCGGGCCAGGGTCGGCTCGATGATGTCGATTTCTT‑CGCGGCCCAGGTGGCCGCCCTCGCCCGCATGCGGGTTGAGGCCGCACACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTT > NC_002947/487427‑487719 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |