New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1899218 = | 41 (0.740) | 6 (0.120) | 5/226 | NT | 16.2% | intergenic (+288/‑232) | PP_t18/PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
? | NC_002947 | 1899278 = | 26 (0.530) | intergenic (+348/‑172) | PP_t18/PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
CCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTT > NC_002947/1899076‑1899364 | gcgccggctgccccggcatgctgatgcaagcggggcaacacggcgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGc < 5:248483‑M1/6‑1 (MQ=255) cTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGCGCACGccccac > 3:13495/1‑146 (MQ=255) tCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTcc > 7:144768/1‑149 (MQ=255) ccGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAgg < 6:52030/149‑1 (MQ=255) cGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGt < 6:67091/149‑1 (MQ=255) ccccggcatgctgatgcaagcggtgcaacacggcgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAgg > 5:19643‑M1/134‑148 (MQ=255) tCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTgc > 7:2250/1‑149 (MQ=255) aTCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGcgcc > 4:71349/1‑149 (MQ=255) tcCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCt > 8:99988/1‑120 (MQ=255) tcCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCt < 7:99988/120‑1 (MQ=255) tcCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCt > 5:64152/1‑149 (MQ=255) tcCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCt > 8:143297/1‑149 (MQ=255) ggggcaacacggcgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCtt > 2:157365‑M1/113‑149 (MQ=255) tGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCGTGCCCGcga > 2:122588/1‑116 (MQ=255) ggACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGc < 4:46212/147‑1 (MQ=255) gggAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTCGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCACCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCATGCGATATcac > 2:289291/1‑147 (MQ=255) aGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCtgt < 7:289245/149‑1 (MQ=255) ggCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCtgtg < 1:289291/148‑1 (MQ=255) ggCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTgg < 2:70671/149‑1 (MQ=255) ggCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTgg < 8:144768/149‑1 (MQ=255) ggCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTgg < 7:143297/149‑1 (MQ=255) ctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTgg > 4:161696‑M1/98‑149 (MQ=255) cAGTGCTCATGCTGGAAATTGACCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGa < 8:182211/149‑1 (MQ=255) cTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCgg < 3:71349/148‑1 (MQ=255) aTGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGc > 7:187498/1‑93 (MQ=255) aTGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGc < 8:187498/93‑1 (MQ=255) tGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGccc > 5:309911/1‑149 (MQ=255) gAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCCCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGccc < 1:285000/147‑1 (MQ=255) ccccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAggg > 6:261167/1‑149 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCCCGACCCCCGGTACTGGGCCGCCCTCCGGGCGTGGGGTAACCCGGTGGGAGCGGGGATGCCCGCGAAAGGGc > 2:106734/1‑149 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCATCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCa < 8:115222/104‑1 (MQ=255) ccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGcc > 8:173326/1‑149 (MQ=255) ccAGCAAAGCGACTGGGAGCATGAGGTTGCCAACGCATGGTGCGTAACCTGTGAAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCTCCCCACACCGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCTAAACGGcc > 4:44372/1‑149 (MQ=37) cAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCATAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCg < 1:106734/149‑1 (MQ=255) aGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTg < 2:278910/108‑1 (MQ=255) aGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTg > 1:278910/1‑108 (MQ=255) gacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTc > 8:218033‑M1/71‑100 (MQ=255) gacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTc < 7:218033‑M1/30‑1 (MQ=255) cTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGc > 5:83997/1‑149 (MQ=255) aTGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCGGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCGTTGCGATTTCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAAt < 6:64152/149‑1 (MQ=255) ccACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACACGGAATTCGCCGCCCTCAGGCCGTGGGATATACCGGTGGGAGCGGGCATGCCCCCGAAAAGGCCGGTATAAGAGGCCCAAAAAATgaggaag > 2:187090/1‑142 (MQ=25) tcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCtt < 7:336265‑M1/37‑1 (MQ=255) tcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCtt > 8:336265‑M1/44‑80 (MQ=255) aaCCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTTCCATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGACCGCGAAAGGGCCCGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCAAACTCATCCCGGGCTg > 4:105957/1‑149 (MQ=38) ggCCTGTTCGCTG‑GCACGCCCGATCCCTCAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGa < 3:105957/149‑1 (MQ=255) ttCGCGG‑GCACGCCCGCACCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGGGATATACCAGTGGGAGCGGGGAAGGCCGCGAAAGGGCCGGGTTAGCGGGGCCAAAAATTTCTGATGTACCAGATCCCCGGCGGTCAACGTCCACAGccc > 6:42625/1‑149 (MQ=255) cgcgG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGccc < 1:187090/147‑1 (MQ=255) cgcgG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGcc < 5:347328/146‑1 (MQ=255) cgcgG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGcc < 8:2250/146‑1 (MQ=255) gcgG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTca < 7:173326/149‑1 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACtt > 5:337905/1‑149 (MQ=255) | CCTCAAACCCGTCCTCGATCACCGGCATCTCCTGGGACATGGGAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCATGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGG‑GCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTT > NC_002947/1899076‑1899364 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |