New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2058506 = | 48 (0.870) | 5 (0.100) | 3/242 | NT | 9.3% | coding (56/525 nt) | PP_1834 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2058555 = | 52 (0.990) | coding (105/525 nt) | PP_1834 | hypothetical protein |
GGTTTGCCTATCGGCTTCATAGAATCTGAACCTTTGACCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGCCAGCTACCACGGTCACCACGAGGCGGTG > NC_002947/2058358‑2058651 | gccgttgtcgttggcaatcagcgggtcggcaccttgcgccagcagcaagcgcaccgcctcgtggtgaccgtggtagctggccagcatcagcagggtatcgcccttgtggttacgcaggttggccggcaggccgctggcaagcaggcgcc < 2:206239‑M1/1‑1 (MQ=255) tttGCCTATCGGCTTCATAGAATCTGAACCTTTGACCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCg < 4:170395/149‑1 (MQ=255) ccTATCGGCTTCATAGAATCTGAACCTTTGACCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCa < 8:41516/149‑1 (MQ=255) tcgttggcaatcagcgggtcggcaccttgcgccagcagcaagcgcaccgcctcgtggtgaccgtggtagctggccagcatcagcagggtatcgcccttgtggttacgcaggttggccggcaggccgctggcaagcaggcgcCCGAGCAg < 4:59382‑M1/8‑1 (MQ=255) cTATCGGCTTCATAGAATCTGAACCTTTGCCCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAg > 7:85279/1‑149 (MQ=255) cTATCGGCTTCATAGAATCTGAACCTTTGACCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGATCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAg < 8:52658/149‑1 (MQ=255) aTCGGCTTCATAGAATCTGAACCTTTGACCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGgt > 1:207097/1‑149 (MQ=255) ggCTTCATAGAATCTGAACCTTTGACCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGtt < 1:331002/149‑1 (MQ=255) tAGAATCTGAACCTTTGACCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGt > 4:62351/1‑149 (MQ=255) aaCCTTTGACCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAg > 1:26500/1‑149 (MQ=255) ccTTTGACCGCAATGGCATGTCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAggg > 2:36573/1‑149 (MQ=255) cTTTGACCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGc > 5:340184/1‑149 (MQ=255) cGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGt > 7:132128/1‑130 (MQ=255) cGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGt < 8:132128/130‑1 (MQ=255) cAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGa > 2:104746/1‑148 (MQ=255) gCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGc < 5:240105/148‑1 (MQ=255) gcgcaccgcctcgtggtgaccgtggtagctggccagcatcagcagggtatcgcccttgtggttacgcaggttggccggcaggccgctggcaagcaggcgcCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCgg > 3:59382‑M1/101‑149 (MQ=255) gcgcaccgcctcgtggtgaccgtggtacctggccagcatcagccgggtatcgcccttgtggttacgcaggttggccggcaggccgctggcaagcaggcgcCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCgg > 2:196706‑M1/101‑149 (MQ=255) gcaccgcctcgtggtgaccgtggtagctggccagcatcagcagggtatcgcccttgtggttacgcaggttggccggcaggccgctggcaagcaggcgcCCGAGc > 3:272496‑M1/99‑104 (MQ=255) gcaccgcctcgtggtgaccgtggtagctggccagcatcagcagggtatcgcccttgtggttacgcaggttggccggcaggccgctggcaagcaggcgcCCGAGc < 4:272496‑M1/6‑1 (MQ=255) gcaccgcctcgtggtgaccgtggtagcaggccagcatcagcagggtctcgcccttctggttacgcaggttggccggcaggccgctggcaagcaggcgcCCGAGCAGGTGTTCGAACCTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGgc > 3:230170‑M1/99‑149 (MQ=255) tGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACACGCCACAATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGTCGACGACGACATGCTCGGgcgc > 5:259181/1‑149 (MQ=255) aCGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGgcgc < 6:340184/147‑1 (MQ=255) cctcgtggtgaccgtggtagctggccagcatcagcagggtatcgcccttgtggttacgcaggttggccggcaggccgctggcaagcaggcgcCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCgg > 8:250931‑M1/93‑141 (MQ=255) cctcgtggtgaccgtggtagctggccagcatcagcagggtatcgcccttgtggttacgcaggttggccggcaggccgctggcaagcaggcgcCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCgg < 7:250931‑M1/49‑1 (MQ=255) ctaattGGGCCATGAATTATGGCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCt < 8:104236/144‑1 (MQ=255) cTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCt > 7:104236/1‑145 (MQ=255) ttGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGc > 6:225337/1‑147 (MQ=255) cATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCg < 7:314107/119‑1 (MQ=255) aaTTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGcc < 5:225337/149‑1 (MQ=255) aaTTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCACCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCgg > 7:144302/1‑143 (MQ=255) aaTTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCACCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCgg < 8:144302/143‑1 (MQ=255) ctggccagcatcagcagggtatcgcccttgtggttacgcaggttggccggcaggccgctggcaagcaggcgcCCGAg < 2:294643‑M1/5‑1 (MQ=255) aTGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGc < 2:207097/148‑1 (MQ=255) tGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCa < 1:104746/149‑1 (MQ=255) cAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGc > 5:27602/1‑140 (MQ=255) cAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGc < 6:27602/140‑1 (MQ=255) cAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCAAGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAAcc > 1:356360/1‑149 (MQ=255) gaggTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGc < 8:85279/149‑1 (MQ=255) tATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGAc < 6:189316/97‑1 (MQ=255) tATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGAc > 5:189316/1‑97 (MQ=255) tATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACcac > 3:220703/1‑148 (MQ=255) tCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAggg > 1:206239/1‑149 (MQ=255) ccGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGa < 7:215557/142‑1 (MQ=255) ccGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGa > 8:215557/1‑142 (MQ=255) ccGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCctg < 8:303104/149‑1 (MQ=255) ccGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCctg > 7:303104/1‑149 (MQ=255) gCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCctgct > 6:51815/1‑149 (MQ=255) gCACCCCCCACCATGACCGATGAGCAAACGGCGGCGTTCGCGGTGCTGGTGTTCGACGGTCCCCGCCAGGGGGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCATCCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCctgct < 2:356360/149‑1 (MQ=255) ccGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATg > 2:310968/1‑149 (MQ=255) ccaTGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCgg < 1:108674/97‑1 (MQ=255) ccaTGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCgg > 2:108674/1‑97 (MQ=255) caTGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGc > 8:189912/1‑147 (MQ=255) aCCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGCCAGCt < 3:62351/148‑1 (MQ=255) tGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGCCAGCTACCACg > 5:212429/1‑149 (MQ=255) aCGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGCCAGCTACCACGGt < 1:310968/149‑1 (MQ=255) cGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGCCAGCTACCACGGt > 4:193719/1‑148 (MQ=255) aaCCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCGAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGc > 6:289581/1‑132 (MQ=255) aaCCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGc < 5:289581/132‑1 (MQ=255) gTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGCCAGCTACCACGGTCACCACGAGGCgg < 2:26500/149‑1 (MQ=255) cGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGCCAGCTACCACGGTCACCACGAGGCGGTg < 7:189912/148‑1 (MQ=255) | GGTTTGCCTATCGGCTTCATAGAATCTGAACCTTTGACCGCAATGGCATGCCTGACGAACACTTGGGCCATCAATTATGCCAGGAGGTTCCCTATGTCCAGCCAAGCCGCACCCGCCACCATGACCGATGACGAAACCGCTGCGTTCGCCGAGCAGGTGTTCGAACGTGCCCGCCAGGGCGACGCCGACATGCTCGGGCGCCTGCTTGCCAGCGGCCTGCCGGCCAACCTGCGTAACCACAAGGGCGATACCCTGCTGATGCTGGCCAGCTACCACGGTCACCACGAGGCGGTG > NC_002947/2058358‑2058651 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |