New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3960868 | 40 (0.720) | 5 (0.090) | 5/246 | NT | 10.5% | coding (156/1074 nt) | PP_3491 | enoly‑coenzyme A hydratase/isomerase family protein |
? | NC_002947 | = 3960907 | 47 (0.880) | coding (195/1074 nt) | PP_3491 | enoly‑coenzyme A hydratase/isomerase family protein |
CACGCTCATACCCCGGCAGCAACAGACCATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCTTTTTCGTCGAAGAGTACGCCCTCGACC > NC_002947/3960722‑3961016 | cacGCTCAAACCCCGGCAGCAACAGACCATGTACTCGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGa < 3:10764/149‑1 (MQ=255) acGCTCATACCCCGGCAGCAACAGACCATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGa > 2:328829/1‑148 (MQ=255) acGCTCATACCCCGGCAGCAACAGACCATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGa > 2:323624/1‑148 (MQ=255) acGCTCATACCCCGGCAGCAACAGACCATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGa > 6:182941/1‑148 (MQ=255) gCTCATACCCCGGCAGCAACAGACCATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCttcgc > 4:2629‑M1/1‑144 (MQ=255) gCTCATACCCCGGCAGCAACAGACCATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACaa < 7:25650/149‑1 (MQ=255) ccccGGCAGCAACAGACCATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAg < 6:237685/149‑1 (MQ=255) ggCAGCAACAGACCATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTAc < 5:182941/149‑1 (MQ=255) aaCAGACCATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCg > 5:218206/1‑149 (MQ=255) ccATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTcc > 2:136983/1‑149 (MQ=255) aTGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTg < 8:227051/149‑1 (MQ=255) cTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGcgcg < 1:136983/148‑1 (MQ=255) gCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCgcgg > 6:189898/1‑146 (MQ=255) gCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCgcgg < 5:189898/146‑1 (MQ=255) cGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCttcgccgcgcaggaccacggcgcgtacctgcggattgtcg > 5:284656‑M1/1‑109 (MQ=255) cGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTgcgc > 3:333753/1‑142 (MQ=255) cGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTgcgc < 4:333753/142‑1 (MQ=255) cGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCGGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACAGGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAg > 8:141032‑M2/1‑148 (MQ=255) ggTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCttcgccgcgcaggaccacggcgcgtacctgcggattgtcggcc < 6:284656‑M1/149‑44 (MQ=255) gCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCttcgccgcgcaggaccacggcgcgtacctgcggattgtcggcccactg < 3:2629‑M1/149‑49 (MQ=255) gCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAg < 1:328829/149‑1 (MQ=255) gCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAg < 1:323624/149‑1 (MQ=255) gCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAg > 3:17242/1‑149 (MQ=255) cAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGtt < 3:83812/149‑1 (MQ=255) aGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCTGGGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACATGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGtt > 1:273025/1‑149 (MQ=255) gATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCTGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCt < 4:17242/149‑1 (MQ=255) tCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCtgt < 2:185043/149‑1 (MQ=255) cGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCtgtg > 2:101366/1‑149 (MQ=255) cccTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGa > 8:110025/1‑148 (MQ=255) ccTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGata > 1:161712/1‑149 (MQ=255) aCCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCCACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCcg > 8:66931/1‑148 (MQ=255) cGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCcgctc < 3:246240/149‑1 (MQ=255) cccAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCttcgccgcgcaggaccacggcgcgtacctgcggattgtcggcccact < 1:185688‑M1/117‑48 (MQ=255) cccAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCttcgccgcgcaggaccacggcgcgtacctgcggattgtcggcccact > 2:185688‑M1/1‑70 (MQ=255) ggTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGAACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGGGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGa > 5:320894/1‑149 (MQ=255) aaTGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAAACCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCtt > 5:216247/1‑149 (MQ=255) gACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGTTGTACGACAGCTTCAAGGCCg > 4:319261/1‑149 (MQ=255) cT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGa > 2:273619/1‑149 (MQ=255) t‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGa > 3:171146/1‑148 (MQ=255) aCATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACg < 4:171146/149‑1 (MQ=255) cATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGc > 3:139761/1‑149 (MQ=255) tGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTg < 2:161712/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCAt > 5:159706/1‑148 (MQ=255) ccTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCt < 7:110025/149‑1 (MQ=255) cGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTGCTGTGCCGGTGGCGATACCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCtttt < 1:93998/148‑1 (MQ=255) aGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCTTTTtcgtc < 1:273619/149‑1 (MQ=255) gCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCTTTTtcgtcg < 7:66931/149‑1 (MQ=255) aCCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCTTTTTCGTCGaa < 1:101366/149‑1 (MQ=255) aCCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCTTTTTCGTCGaa < 4:139761/149‑1 (MQ=255) aCCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTACTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCTTATTCGTCGaa > 7:301308/1‑149 (MQ=255) cAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAggcccactggtccaggtgctgacgcaggctgcgcaccatgtccagggtcagggcattgagaccggctgggcggttcagggtcaggtggccgatctggttgc < 3:2629‑M2/149‑102 (MQ=255) aGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAggcccactggtccaggtgctgacgcaggctgcgcaccatgtccagggtcagggcattgagaccggctggg > 2:185688‑M2/1‑47 (MQ=255) aGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAggcccactggtccaggtgctgacgcaggctgcgcaccatgtccagggtcagggcattgagaccggctggg < 1:185688‑M2/117‑71 (MQ=255) gTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGAGCGGCGAAGGCCCCAAGTGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACTACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCTTGAAACCTTTTtcgg > 8:147591/1‑134 (MQ=255) tGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCTTTTTCGTCGAAGAGTACGCCCt > 7:28466/1‑149 (MQ=255) ggCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAggcccactggtccaggtgctgacgcaggctgcgcaccatgtccagggtcagggcattgagaccggctgggcggttcagggtcaggtggccgatctggttgcggacc < 6:284656‑M2/149‑107 (MQ=255) gCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGT‑GTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCACTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCa < 6:353443/115‑1 (MQ=255) gCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGT‑GTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCACTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCa > 5:353443/1‑115 (MQ=255) ccGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCTTTTTCGTCGAAGAGTACGCCCTCGAc < 2:273025/149‑1 (MQ=255) cttcgccgcgcaggaccacggcgcgtacctgcggattgtcggcccactggtccaggtgctgacgcaggctgcgcaccctgtccagggtcagggcattgagaccggctgggcggttcagggtccggtggccgatctggttgcggacctcg > 8:141032‑M1/1‑1 (MQ=255) cGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAggcccactggtccaggtgctgacgcaggctgcgcaccatgtccagggtcagggcattgagaccggctgggcggttcagggtcaggtggccgatctggttgcggacctcg > 5:284656‑M2/1‑40 (MQ=255) | CACGCTCATACCCCGGCAGCAACAGACCATGTACTGGCCGAGGTCCGCAACCAGATCGGCCACCTGACCCTGAACCGCCCAGCCGGTCTCAATGCCCTGACCCT‑GGACATGGTGCGCAGCCTGCGTCAGCACCTGGACCAGTGGGCCGACAATCCGCAGGTACGCGCCGTGGTCCTGCGCGGCGAAGGCCCCAAGGGGTTCTGTGCCGGTGGCGATATCCGCTCGCTGTACGACAGCTTCAAGGCCGGCGACACGCTGCATGAAACCTTTTTCGTCGAAGAGTACGCCCTCGACC > NC_002947/3960722‑3961016 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |