New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 594783 = | 36 (0.650) | 5 (0.100) | 4/226 | NT | 12.9% | intergenic (‑22/+105) | PP_0505/PP_0506 | hypothetical protein/ABC transporter permease |
? | NC_002947 | 594844 = | 36 (0.740) | intergenic (‑83/+44) | PP_0505/PP_0506 | hypothetical protein/ABC transporter permease |
CCTTGGGTTCGGCGGCCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAA > NC_002947/594698‑594989 | ccTTGGGTTCGGCGGCCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATCTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCAGTGGGAGCGGGCGTg > 4:60715/1‑149 (MQ=255) gcggcCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCa < 8:276158/149‑1 (MQ=255) gcCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGc > 6:292171/1‑149 (MQ=255) aTAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGt > 1:55339/1‑148 (MQ=255) aTAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGCGCATGCCCCCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAACCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCCTGCCCGCGAAGCAGGCGGt > 1:146496/1‑148 (MQ=255) aTAGAGGCATCGCTACAAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATAGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTCCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGt > 7:1422/1‑148 (MQ=255) gCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGgtgt > 7:59853/1‑149 (MQ=255) ccAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGGGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTTCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGTAGGCGGTGAGGTGTTTGATCAtt < 8:305770/149‑1 (MQ=255) caaGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACt > 7:222265/1‑148 (MQ=255) gcacgcagcaTGGGCTTTGCGGTCCTCTTGGGGGGCATGCCCGCTCCCCCAGGTAGTGCACATGGTCCAACGCCTGGGGGGCTCCCTGTGGGTGGGGGGGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCaga < 8:1422/144‑1 (MQ=255) gCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCagag < 8:59853/149‑1 (MQ=255) gCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCagag < 5:292171/149‑1 (MQ=255) agcaTGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTAt < 2:55339/149‑1 (MQ=255) aTGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTCCACAAGCTCCAACCCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGa < 6:365413/149‑1 (MQ=255) ttGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGACTGCACAAGCTCCCAAGCCGGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAAGGCGGTGAGGGGGTGGAGCAGGACGCGCACTCAGAGGGGGCTGGACAGGCCg > 7:148270/1‑149 (MQ=25) ctctTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTcagccag > 1:57515/1‑149 (MQ=255) ctTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCg > 7:152985/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGAGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGa > 6:235048/1‑149 (MQ=255) ggCATCCCCGCTCCCACCGTTACTGCACACGCACCAACGCCTGGGGGGCGCCGTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAGGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCg < 2:72460/149‑1 (MQ=255) aTGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGt > 6:142234/1‑148 (MQ=255) cCCCGCTCCCACTGGTCCTGCACATGCTCAAATGCCTGGGGGCCTCGCGGGGGTTGGGGGCGGGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTaa > 3:60715‑M1/2‑148 (MQ=255) GCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAg < 6:92218‑M1/149‑1 (MQ=255) cccgctcccacagggagccccgcaggctttggagcttgtgcagtacctgtgggagcgggcGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGc > 4:297518‑M2/61‑149 (MQ=255) CCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGc < 7:165675‑M1/149‑1 (MQ=255) tcccacagggagccccgcaggctttggagcttgtgcagtacctgtgggagcgggcATGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCg < 2:144923‑M2/83‑1 (MQ=255) tcccacagggagccccgcaggctttggagcttgtgcagtacctgtgggagcgggcATGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCg > 1:144923‑M2/56‑138 (MQ=255) acggggagccccgcaggctttggagcttgtgcagtacctgtgggagcgggcGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTca < 7:303909‑M2/69‑1 (MQ=255) acggggagccccgcaggctttggagcttgtgcagtacctgtgggagcgggcGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTca > 8:303909‑M2/52‑120 (MQ=255) ACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGc < 1:132045‑M1/149‑1 (MQ=255) ACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGc < 1:137292‑M1/149‑1 (MQ=255) GTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGcc < 5:320250‑M1/112‑1 (MQ=255) GTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGcc > 6:320250‑M1/1‑112 (MQ=255) cTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACg > 4:15107/1‑149 (MQ=255) tGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcg < 5:293215/50‑1 (MQ=255) cacaAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTg > 6:102081/1‑149 (MQ=255) cacaAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTCTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTg > 6:130718/1‑149 (MQ=255) acaAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATg < 7:100786/97‑1 (MQ=255) acaAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATg > 8:100786/1‑97 (MQ=255) acaAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGc > 4:182831/1‑149 (MQ=255) aaGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGccc < 5:102081/149‑1 (MQ=255) aaGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGcc > 1:182618/1‑148 (MQ=255) aaGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGcc > 1:188508/1‑148 (MQ=255) aaGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGcc > 6:206745/1‑148 (MQ=255) ccAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAg < 1:78322/95‑1 (MQ=255) ccAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAg > 2:78322/1‑95 (MQ=255) ccAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGccc < 8:79247/124‑1 (MQ=255) ccAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGccc > 7:79247/1‑124 (MQ=255) cAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCAGCCACGCCGGCACGCTGCCGATCAg > 7:55683/1‑148 (MQ=255) cGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGcc < 8:152985/149‑1 (MQ=255) gCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCa < 3:15107/149‑1 (MQ=255) cTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAg > 3:100335/1‑149 (MQ=255) cctgtgggagcgggcGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGTGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCg > 1:278405‑M2/16‑107 (MQ=255) cctgtgggagcgggcGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGTGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCg < 2:278405‑M2/92‑1 (MQ=255) cctgtgggagcgggcGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGgat < 3:297518‑M2/134‑1 (MQ=255) tgggtgcgggcGTGCCCGAGTAGCTGTTGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATTGACAGGGCGTCAGCCAGCTATTGGCGGTATGACCGCCACGCCGGCACGCTGCCAATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATa < 8:165675‑M2/138‑1 (MQ=255) tgggagcgggcGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATa < 2:132045‑M2/138‑1 (MQ=255) tgggagcgggcGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATa < 2:137292‑M2/138‑1 (MQ=255) gggcGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGc > 6:175696‑M2/5‑148 (MQ=255) ggcGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGc > 6:310869‑M2/4‑147 (MQ=255) ggagTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCaa < 5:235048/146‑1 (MQ=255) | CCTTGGGTTCGGCGGCCCATAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAA > NC_002947/594698‑594989 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |