New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3123544 = | 54 (0.980) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 6.0% | intergenic (+91/+71) | PP_2740/PP_2741 | MerR family transcriptional regulator/membrane protein |
? | NC_002947 | 3123586 = | 42 (0.800) | intergenic (+133/+29) | PP_2740/PP_2741 | MerR family transcriptional regulator/membrane protein |
GCGCTGGACCTTTGAGCTTGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGATTTGCACCCCATACTCGTT > NC_002947/3123439‑3123731 | gcgcTGGACCTTTGAGCTTGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATc < 7:59009/149‑1 (MQ=255) gaccccgagcagcccaaatgggtgcccaaggagcagtggcacgcggccccgtccaaacctgaaaacaccgggtgagcaatgaggcctcaggtgccgcgcaatgaTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCa > 8:160589‑M1/105‑149 (MQ=255) cTGGACCTTTGAGCTTGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCAtt > 6:365452/1‑149 (MQ=255) ggACCTTTGAGCTTGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTgc > 6:149211/1‑149 (MQ=255) tGAGCTTGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCa < 4:66970/148‑1 (MQ=255) tGAGCTTGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCa < 5:246389/148‑1 (MQ=255) gAGCTTGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCAcc > 8:230275/1‑149 (MQ=255) gCTTGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTg > 3:236315/1‑149 (MQ=255) cTTGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCAGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGa < 1:31164/149‑1 (MQ=255) ttGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAg > 2:350327/1‑149 (MQ=255) ggTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAg < 5:127519/147‑1 (MQ=255) gcccaaggagcagtggcacgcggccccgtccaaacctgaaaacaccgggtgagcaatgaggcctcaggtgccgcgcaatgaTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGAt > 7:60682‑M1/82‑124 (MQ=255) gcccaaggagcagtggcacgcggccccgtccaaacctgaaaacaccgggtgagcaatgaggcctcaggtgccgcgcaatgaTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGAt < 8:60682‑M1/43‑1 (MQ=255) gCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCAcc < 5:149211/149‑1 (MQ=255) tCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGAGGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCg > 1:344266/1‑149 (MQ=255) gTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGCTGtt < 3:55116/149‑1 (MQ=255) tGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGttt > 3:301402/1‑149 (MQ=255) gTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGtttt > 6:340382/1‑148 (MQ=255) tGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAg > 8:33682/1‑149 (MQ=255) gTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGtt < 5:365452/149‑1 (MQ=255) gCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTg > 5:117175/1‑149 (MQ=255) cacaGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTgg < 5:340382/149‑1 (MQ=255) acaGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGa > 1:164011/1‑149 (MQ=255) aGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACg > 6:254250/1‑149 (MQ=255) gCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACgg < 7:33682/149‑1 (MQ=255) tGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCt > 3:214351/1‑100 (MQ=255) tGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCa < 7:230275/149‑1 (MQ=255) ggggCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACt > 6:216066/1‑149 (MQ=255) gggCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTg < 5:254250/149‑1 (MQ=255) ctCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGGCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATAGCCCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGAGTTATCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTgg > 8:154349/1‑149 (MQ=255) gTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTg < 7:336284/88‑1 (MQ=255) gTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTg > 8:336284/1‑88 (MQ=255) ttGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTg > 2:295088/1‑149 (MQ=255) tGGACCCATATCGTCCTCACCGTCTCCTATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCTGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTgg < 3:72107/149‑1 (MQ=255) tGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTgg < 5:216066/149‑1 (MQ=255) gtcccATATCGGCCTCTCCGTCTCCATTGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTggg < 6:117175/146‑1 (MQ=255) gACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTggg < 1:295088/148‑1 (MQ=255) cATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGgctgct > 2:101161/1‑149 (MQ=255) tatCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCg < 4:301402/149‑1 (MQ=255) tgatcaccggcccacagaccgccagcaggacattggagacggtgaTCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTc > 8:160589‑M2/46‑149 (MQ=255) gCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTc < 2:344266/149‑1 (MQ=255) atcaccggcccacagaccgccagcaggacattggagacggtgaTCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGc > 7:60682‑M2/44‑124 (MQ=255) atcaccggcccacagaccgccagcaggacattggagacggtgaTCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGc < 8:60682‑M2/81‑1 (MQ=255) TCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTgg < 7:87431‑M1/133‑1 (MQ=255) TCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTgg > 8:87431‑M1/1‑133 (MQ=255) ACCGTCTCCTATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTCCTCACCGTGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGGCGccc > 4:236315‑M1/1‑148 (MQ=255) CGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAgg > 1:350327‑M1/1‑149 (MQ=255) tcCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGt > 4:201512/1‑149 (MQ=255) tCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGa > 8:319720/1‑149 (MQ=255) ggCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCTGGTGTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGTTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGAtt < 5:362958/149‑1 (MQ=255) gTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACGCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCTCCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGATTTGCa < 2:164011/149‑1 (MQ=255) gTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCcgc > 3:11069/1‑78 (MQ=255) gTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCcgc < 4:11069/78‑1 (MQ=255) tgtgGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGATTTGCAccc > 7:35180/1‑149 (MQ=255) tgGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGATTTGCAccc > 7:216271/1‑147 (MQ=255) tgGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGATTTGCAccc < 8:216271/147‑1 (MQ=255) cggtgaTCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGATTTGCACCCCATACTc < 7:160589‑M2/143‑1 (MQ=255) gtgaTCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCTTTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGATTTGCACCCCATACTCGt > 1:201816‑M2/5‑149 (MQ=255) gtgaTCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGATTTGCACCCCATACTCGt < 1:101161‑M2/145‑1 (MQ=255) tgaTCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGATTTGCACCCCATACTCGtt < 3:201512‑M2/146‑1 (MQ=255) | GCGCTGGACCTTTGAGCTTGGTTCTGCGCCGTGCTCAAAGTGGTTGGGTGCACAGCGGGTTGGTGATGGGGGCGCTGCTCGGCATGCGTTGGACCCATATCGGCCTCACCGTCTCCAATGTCCTGCTGGCGGTCTGTGGGCCGGTGATCATTGCGCGGCACCTGAGGCCTCATTGCTCACCCGGTGTTTTCAGGTTTGGACGGGGCCGCGTGCCACTGCTCCTTGGGCACCCATTTGGGCTGCTCGGGGTCGCCCAGGTAGTGAGGCGACATGATTTGCACCCCATACTCGTT > NC_002947/3123439‑3123731 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |