New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4024595 | 36 (0.650) | 4 (0.080) | 4/244 | NT | 10.1% | coding (1104/1194 nt) | emrA | multidrug transporter membrane fusion protein |
? | NC_002947 | = 4024600 | 37 (0.700) | coding (1099/1194 nt) | emrA | multidrug transporter membrane fusion protein |
ATGGTGGTCAGCAGCAGACTCGGCGGCGTGAACTGGGCAGCGGCGTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCTGAGGTGGATGCGCACGGGTACTCGC > NC_002947/4024453‑4024748 | aTGGTGGTCAGCAGCAGACTCGGCGGCGTGAACTGGGCAGCGGCGTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTg > 7:185565‑M2/1‑148 (MQ=255) agcagcagACTCGGCGGCGTGAACTGGGCAGCGGCGTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCCTCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTg < 2:278766/149‑1 (MQ=255) gcagcagACTCGGCGGCGTGAACTGGGCAGCGGCGTTGTTGCTCATAGGTGCGCCGTCTTGCCGATTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTgg < 8:130268/149‑1 (MQ=255) gcagcagACTCGGCGGCGTGAACTGGGCAGCGGCGTTGCTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTgg < 3:211997/149‑1 (MQ=255) cagACTCGGCGGCGTGAACTGGGCAGCGGCGTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCtt < 7:223876/149‑1 (MQ=255) cagACGCGGCGGCGGGAACGGGGCAGCGGCGTGGTGGCGCATCGTGGCGCCGGCGTGCCGGTTGCGCTGTTCGCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCGGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCtt < 7:219341/149‑1 (MQ=255) ggcggcGTGAACTGGGCAGCGGCGTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGt < 1:164858/149‑1 (MQ=255) ggcggcGTGAACTGGGCAGCGGCGTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGt < 1:8138/149‑1 (MQ=255) aaCTGGGCAGCGGCGTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTgg > 3:329753/1‑149 (MQ=255) ggCAGCGGCGTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAg < 6:43215/149‑1 (MQ=255) ggcgTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCgg < 3:258784/149‑1 (MQ=255) ggcgTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAACTGGCCTTCTGCGGTGGctgctg < 1:141128/137‑1 (MQ=255) gttgttGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCACCCAggtgtatgaccaccagctgatggaagc > 8:336879‑M2/1‑104 (MQ=255) gttgttGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCACCCAggtgtatgaccaccagctgatggaagc < 7:336879‑M2/131‑28 (MQ=255) gCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTg > 1:27897/1‑149 (MQ=255) gcgcCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAg < 2:27897/148‑1 (MQ=255) ccGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGgctg > 2:13771/1‑112 (MQ=255) ccGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGgctg < 1:13771/112‑1 (MQ=255) ccGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTc > 3:346779/1‑148 (MQ=255) cGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCGATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGa > 7:149475/1‑149 (MQ=255) cGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGa < 5:317298/149‑1 (MQ=255) gCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCaa > 7:323694/1‑149 (MQ=255) ccGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAAc < 8:323694/149‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAAc > 2:20202/1‑149 (MQ=255) ggTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCTACTTCAACCa > 1:256985/1‑149 (MQ=255) gcTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCg < 8:297420/110‑1 (MQ=255) gcTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCg > 7:297420/1‑110 (MQ=255) gcTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTg > 6:304434/1‑148 (MQ=255) cTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGa < 3:136636/149‑1 (MQ=255) gTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGc < 4:329753/146‑1 (MQ=255) gTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGa > 6:54530/1‑149 (MQ=255) gCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGGCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTg > 4:291523/1‑103 (MQ=255) gCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGc > 3:224744/1‑85 (MQ=255) ggTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCtt > 5:26158/1‑148 (MQ=255) gTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGa < 5:304434/149‑1 (MQ=255) aTCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCAGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCt < 8:149475/149‑1 (MQ=255) tCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCt > 2:195146/1‑148 (MQ=255) ggtCATACACCTGGGTggtgtatgaccaccagctgatggaagc < 3:110176‑M2/43‑28 (MQ=255) ggtCATACACCTGGGTggtgtatgaccaccagctgatggaagc > 4:110176‑M2/1‑16 (MQ=255) gtCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGGCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACATGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCTGAGGTGGATg < 4:346779/148‑1 (MQ=255) aTACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCTGAGGTGGATGCGCa > 6:349862/1‑149 (MQ=255) acCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTcc > 7:321610/1‑114 (MQ=255) acCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTcc < 8:321610/114‑1 (MQ=255) acCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCTGAGGTGGATGCGCACggg < 1:20202/149‑1 (MQ=255) cTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCTGAGGTGGATGCGCACGGGTa > 6:61240/1‑149 (MQ=255) tGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCTGAGGTGGATGCGCACGGGTAc > 4:31422/1‑149 (MQ=255) gtggtgTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCTGAGGTGGATGCGCACGGGTACTCg < 5:54530/149‑1 (MQ=255) gtggtgTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCTGAGGTGGATGCGCACGGGTACTCg > 2:225089/1‑149 (MQ=255) tggtgTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCTGAGGTGGATGCGCACGGGTACTCGc < 3:31422/149‑1 (MQ=255) | ATGGTGGTCAGCAGCAGACTCGGCGGCGTGAACTGGGCAGCGGCGTTGTTGCTCATCGTTGCGCCGTCTTGCCGGTTGCGCTGTTCTCGTGAATCAGCCGGGCGATCAGGTTGTCGGCTTCCATCAGCTGGTGGTCATACACCTGGGTGGTGTAGCTGGCCTTCTGCGGTGGCTGCTGGGCCAGGGTCGGGCCGCTCTGGTCATGCAGGTCGACTTCAACCACGGTGGACAGGCCGATACGTAGCGGGTGGTCCTTGAGCTGGTCGGGGCTGAGGTGGATGCGCACGGGTACTCGC > NC_002947/4024453‑4024748 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |