New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5654307 = | 54 (0.980) | 4 (0.080) | 4/244 | NT | 7.7% | coding (168/1164 nt) | pgk | phosphoglycerate kinase |
? | NC_002947 | 5654350 = | 45 (0.850) | coding (125/1164 nt) | pgk | phosphoglycerate kinase |
CAGCGGCACGTCGCGGCCCAGGGCCTTGCTCAGGTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCATGAATGCAGTCCTTCAGGGCTGT > NC_002947/5654202‑5654496 | cgacctcgacctgcaaggtaagcgcgtactgatccgcgaagacctcaacgtgcctgtgaaggacggtgtggtagccagcgatgcgcgtatcctggcagcgctgccGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCg > 2:279103‑M1/106‑149 (MQ=255) gTCGCGGCCCAGGGCCTTGCTCAGGTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTg > 3:9889/1‑149 (MQ=255) cgGCCCAGGGCCTTGCTCAGGTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAg < 5:184265/149‑1 (MQ=255) ggCCCAGGGCCTTGCTCAGGTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAg > 6:317679/1‑148 (MQ=255) gCCCAGGGCCTTGCTCAGGTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑Ga < 5:45002/149‑1 (MQ=255) ccAGGGCCTTGCTCAGGTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATa < 1:244219/149‑1 (MQ=255) gCCTTGCTCAGGTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACgcgc < 4:134069/149‑1 (MQ=255) cTCAGGTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCt < 2:188193/149‑1 (MQ=255) aGGTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTgg < 3:14423/148‑1 (MQ=255) ggTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGc > 4:184456/1‑148 (MQ=255) tAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAGCGATGCGCGTATC‑CTGGcagc < 1:51820/149‑4 (MQ=255) aTCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGGGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTAcc < 4:9889/148‑1 (MQ=255) ggCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACcaca < 5:317679/148‑1 (MQ=255) gCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACAcc < 8:147236/149‑1 (MQ=255) ccGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTcc > 6:46153/1‑149 (MQ=255) ttGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTca > 3:239372/1‑148 (MQ=255) aGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAg < 3:222184/148‑1 (MQ=255) ggCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAgg > 2:279729/1‑148 (MQ=255) tGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACg > 3:331604/1‑149 (MQ=255) ttCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGTGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGtt < 7:48188/149‑1 (MQ=255) ggCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAg < 4:331604/147‑1 (MQ=255) gtagccagcgatgcgcgtatcctggcagcgctgccGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCgg < 8:161056‑M1/45‑1 (MQ=255) gtagccagcgatgcgcgtatcctggcagcgctgccGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCgg > 7:161056‑M1/36‑80 (MQ=255) cGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGAt < 3:184456/148‑1 (MQ=255) ccTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTgg > 5:345607/1‑103 (MQ=255) ccTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTgg < 6:345607/103‑1 (MQ=255) ccTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAg < 7:173188/149‑1 (MQ=255) cggtcggGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTa < 2:321722/147‑1 (MQ=255) ggtcggGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTAcgc > 1:33811/1‑149 (MQ=255) ccAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCCACTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTg > 1:218468/1‑149 (MQ=255) ccAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGc < 2:33811/149‑1 (MQ=255) cAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCa < 2:268505/149‑1 (MQ=255) gAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCaggtcgag > 4:148261/1‑149 (MQ=255) gAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCaggtcgag < 1:279729/149‑1 (MQ=255) gCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCCGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCGCGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCATGCagctcgaggt > 2:145559/1‑149 (MQ=255) ccgaccatcaagctggccctggagaagggcgcagcggtaatggtcGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTAc > 7:161056‑M2/46‑80 (MQ=255) ccgaccatcaagctggccctggagaagggcgcagcggtaatggtcGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTAc < 8:161056‑M2/35‑1 (MQ=255) aGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCaggtcgaggtcg < 6:354480/149‑1 (MQ=255) cgaccatcaagctggccctggagaagggcgcagcggtaatggtcGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCaggtcgaggtcg > 2:279103‑M2/45‑149 (MQ=255) GACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAggtcgg < 8:198100‑M1/149‑1 (MQ=255) CCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAggtcggtc > 5:46153‑M1/1‑149 (MQ=255) ATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCAt < 5:345515‑M1/149‑1 (MQ=255) cctggagaagggcgcagcggtaatggtcGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACgg < 1:279103‑M2/121‑1 (MQ=255) cc‑cTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACgg > 1:307283/1‑148 (MQ=255) cc‑cTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGt > 7:331863/1‑149 (MQ=255) c‑cTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGt > 1:359369/1‑148 (MQ=255) ttCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCAt > 4:297792/1‑149 (MQ=255) ttCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCAt > 4:12465/1‑149 (MQ=255) tctcCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCAt < 4:298429/148‑1 (MQ=255) ccAGGGCCAGCTTGATGGTCCGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTAGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCATGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCATGa > 4:206713/1‑147 (MQ=255) cAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCATGAAt < 8:331863/148‑1 (MQ=255) gggCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCATGAATGCa < 2:307283/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCATGAATGCAg < 7:198100/149‑1 (MQ=255) ccAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCaggtcgaggtcg < 6:259287/119‑1 (MQ=255) ccAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCaggtcgaggtcg > 5:259287/1‑119 (MQ=255) gATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCATGAATGCAGTCCTTCAgg > 4:36369/1‑149 (MQ=255) gATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCATGAATGCAGTCCTTCAgg > 2:241701/1‑149 (MQ=255) ggtcGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCATGAATGCAGTCCTTCAGGGCt > 3:270539‑M2/5‑149 (MQ=255) tcGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCATGAATGCAGTCCTTCAGGGCTGt < 3:297792‑M2/147‑1 (MQ=255) | CAGCGGCACGTCGCGGCCCAGGGCCTTGCTCAGGTAATCGGCGACCGGCTTGAGGCTGTTCTCGGCAGAGAATTCGCCTTCGGTCGGGCGGCCCAAGTGCGAGCAGACCATTACCGCTGCGCC‑CTTCTCCAGGGCCAGCTTGATGGTCGGCAGCGCTGCCAG‑GATACGCGCATCGCTGGCTACCACACCGTCCTTCACAGGCACGTTGAGGTCTTCGCGGATCAGTACGCGCTTACCTTGCAGGTCGAGGTCGGTCATCTTCAACACGGTCATGAATGCAGTCCTTCAGGGCTGT > NC_002947/5654202‑5654496 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |