New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1468458 | 34 (0.640) | 6 (0.120) | 4/242 | NT | 14.2% | coding (234/1479 nt) | algE | alginate production protein AlgE |
? | NC_002947 | = 1468480 | 40 (0.800) | coding (212/1479 nt) | algE | alginate production protein AlgE |
TAGCCGACCCAGAACTCGCGCATGGCCAGGTAGCTTTTGTCTGGTTGACGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGATTTTCACGTCCAGGCCGAAGTTTTTT > NC_002947/1468312‑1468602 | tAGCCGACCCAGAACTCGCGCATGGCCAGGTAGCTTTTGTCTGGTTGACGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTa < 3:40608/149‑1 (MQ=255) gcgcATGGCCAGGTAGCTTTTGTCTGGTTGACGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACcgc > 5:347357/1‑149 (MQ=255) cAGGTAGCTTTTGTCTGGTTGACGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTcgccat > 7:324518‑M2/1‑143 (MQ=255) ttttGTCTGGTTGACGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGagcgcggtaactggagtgcctacgccatgg > 8:55799‑M1/1‑113 (MQ=255) ttttGTCTGGTTGACGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGagcgcggtaactggagtgcctacgccatgg < 7:55799‑M1/143‑31 (MQ=255) ttttGTCTGGTTGACGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCAc > 1:86071/1‑149 (MQ=255) gTCTGGTTGACGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGgc > 8:213457/1‑149 (MQ=255) cTGGTTGACGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGgcgc < 6:347357/149‑1 (MQ=255) aCGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGagcgcggtaactggagtgcctacgccatg > 1:156413‑M1/1‑100 (MQ=255) aCGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGagcgcggtaactggagtgcctacgccatg < 2:161672‑M1/129‑30 (MQ=255) aCGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGagcgcggtaactggagtgcctacgccatg < 2:156413‑M1/129‑30 (MQ=255) aCGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGagcgcggtaactggagtgcctacgccatg > 1:161672‑M1/1‑100 (MQ=255) cGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGATCTGGCGCAAGCTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATccag > 2:69896/1‑149 (MQ=255) ggCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATccagg > 4:72313/1‑149 (MQ=255) ccGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGtt < 2:86071/149‑1 (MQ=255) ggTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCTTTCTGGCGCAAGGTGTCTGTTTCGATGGTGTCGGTCTCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCTCTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGAGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGa < 5:161825/149‑1 (MQ=255) ggTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGa > 3:159790/1‑149 (MQ=255) tCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTc < 3:72313/149‑1 (MQ=255) ggTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTcgccgc > 4:323861/1‑146 (MQ=255) gTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCa < 7:213457/147‑1 (MQ=255) tGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCagag > 7:258675/1‑149 (MQ=255) ccGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTcgccgc > 3:3349/1‑142 (MQ=255) ccGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTcgccgc < 4:3349/142‑1 (MQ=255) cgtcgtcgtTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCgg < 1:70967/149‑1 (MQ=255) gcAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCTTACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGATGTCACgg < 1:69896/149‑1 (MQ=255) gcAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATccagg > 3:187915/1‑104 (MQ=255) gcAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATccagg < 4:187915/104‑1 (MQ=255) aaGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGgtc > 2:312249/1‑149 (MQ=255) cGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTg < 3:323861/148‑1 (MQ=255) gATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGc > 1:145430/1‑149 (MQ=255) aTGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGcc < 1:312249/149‑1 (MQ=255) tGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCg > 2:72459/1‑149 (MQ=255) gtcggtcgCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGa > 7:297049/1‑149 (MQ=255) gcggtcgCTGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCCTACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGAt > 5:224812/2‑149 (MQ=255) gtcgCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAg < 3:155683/116‑1 (MQ=255) gtcgCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAg > 4:155683/1‑116 (MQ=255) gtcgCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGAtttt < 8:297049/149‑1 (MQ=255) ccATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTcgccatgggccaggcggtcgctgcgaccgacaccatcgaaaccgacaccttgcgccagaacgacgacggcaccagcaccgacaccggcgacgacagccgtcaaccagacaaaa > 8:55799‑M2/1‑30 (MQ=255) ccATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTcgccatgggccaggcggtcgctgcgaccgacaccatcgaaaccgacaccttgcgccagaacgacgacggcaccagcaccgacaccggcgacgacagccgtcaaccagacaaaa < 7:55799‑M2/143‑114 (MQ=255) cATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTcgccatgggccaggcggtcgctgcgaccgacaccatcgaaaccgacaccttgcgccagaacgacgacggcaccagcaccgacaccggcgacgacagccgt > 1:161672‑M2/1‑29 (MQ=255) cATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTcgccatgggccaggcggtcgctgcgaccgacaccatcgaaaccgacaccttgcgccagaacgacgacggcaccagcaccgacaccggcgacgacagccgt > 1:156413‑M2/1‑29 (MQ=255) cATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTcgccatgggccaggcggtcgctgcgaccgacaccatcgaaaccgacaccttgcgccagaacgacgacggcaccagcaccgacaccggcgacgacagccgt < 2:161672‑M2/129‑101 (MQ=255) cATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTcgccatgggccaggcggtcgctgcgaccgacaccatcgaaaccgacaccttgcgccagaacgacgacggcaccagcaccgacaccggcgacgacagccgt < 2:156413‑M2/129‑101 (MQ=255) cATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGATTTTCACGTcc > 1:325859/1‑136 (MQ=255) cATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGATTTTCACGTcc < 2:325859/136‑1 (MQ=255) cATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGATTTTCACGTCCAg > 6:181864/1‑138 (MQ=255) cATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGATTTTCACGTCCAg < 5:181864/138‑1 (MQ=255) cATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGATTTTCACGTCCAGGCCGAAGtttt > 4:300150/1‑149 (MQ=255) aTGGCGagcgcggtaactggagtgcctacgccatgggccaggcggtcgctgcgaccgacaccatcgaaaccgacaccttgcgccagaacgacgacggcaccagcaccgacaccggcgacgacagccgtcaaccagacaaaagctacctg > 7:324518‑M1/1‑6 (MQ=255) tGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGATTTTCACGTCCAGGCCGAAGtttttt < 8:258675/149‑1 (MQ=255) gTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGACCGGTGATTTTCACGTCCAGGCCGAAGttttt < 1:236449/144‑1 (MQ=255) gTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGACCGGTGATTTTCACGTCCAGGCCGAAGttttt > 2:236449/1‑144 (MQ=255) | TAGCCGACCCAGAACTCGCGCATGGCCAGGTAGCTTTTGTCTGGTTGACGGCTGTCGTCGCCGGTGTCGGTGCTGGTGCCGTCGTCGTTCTGGCGCAAGGTGTCGGTTTCGATGGTGTCGGTCGCAGCGACCGCCTGGCCCATGGCGTAGGCACTCCAGTTACCGCGCTCGCCATACACCCACGGGCGCAGATCCAGGCCCAGGCCGTTGACGTCGCCGCCAGAGCGGGTGCCGAGGTCACGGTCGTCTTCCGACTGGCCGGTGATTTTCACGTCCAGGCCGAAGTTTTTT > NC_002947/1468312‑1468602 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |