New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1581220 | 48 (0.910) | 4 (0.080) | 4/248 | NT | 7.8% | coding (177/3153 nt) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
? | NC_002947 | = 1581255 | 48 (0.930) | coding (142/3153 nt) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
TCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCACCAAGGCGATCACCCAGGCGAA > NC_002947/1581072‑1581366 | tCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTG > 5:53369‑M1/1‑149 (MQ=255) cctgtacctgCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCGCAACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTcc < 1:104360/148‑1 (MQ=255) cctgCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGtt > 5:316729/1‑149 (MQ=255) cgcgGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTgc < 5:55723/148‑1 (MQ=255) ggTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCg < 6:316729/149‑1 (MQ=255) gtgtCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGGCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGa < 5:86671/149‑1 (MQ=255) tgtCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAg < 7:209783/149‑1 (MQ=255) tGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAg < 5:116080/137‑1 (MQ=255) tGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAg > 6:116080/1‑137 (MQ=255) tGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAg < 1:177628/149‑1 (MQ=255) ccTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGt > 2:58049/1‑148 (MQ=255) cTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGacctacccgggcgcctcggcgcaaaccgtgcaggaca > 1:44339‑M1/1‑112 (MQ=255) tGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTcac < 5:169747‑M2/149‑4 (MQ=255) tGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTcac < 1:49739‑M2/149‑4 (MQ=255) cGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGacctacccgggcgcctcggcgcaaaccgtgcaggacaccgt < 2:44339‑M1/148‑42 (MQ=255) aGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACggcgatg < 3:180237/149‑1 (MQ=255) gTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCgatggcgatggc > 5:128519/1‑149 (MQ=255) gTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCgatggcgatggc > 2:169694/1‑149 (MQ=255) gTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCCCGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTggcgg > 7:72867/1‑149 (MQ=255) ctgcCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGa < 7:170375/148‑1 (MQ=255) tCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTgg‑g > 1:85877/1‑149 (MQ=255) tttCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGacctacccgggcgcctcggcgcaaaccgtgcaggacaccgtg > 1:44149‑M1/1‑68 (MQ=255) tttCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGacctacccgggcgcctcggcgcaaaccgtgcaggacaccgtg < 2:44149‑M1/110‑43 (MQ=255) tttCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGtt > 3:125509/1‑148 (MQ=255) cg‑‑acgaCACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATc < 6:128519/148‑1 (MQ=255) acgacACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCgg > 2:54262/1‑148 (MQ=255) acgacACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCgg > 4:296318/1‑148 (MQ=255) caTAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTc < 2:85877/149‑1 (MQ=255) aTAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGAtggct > 8:173654/1‑109 (MQ=255) aTAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGgcgc > 8:239088/1‑117 (MQ=255) aCGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAgg < 1:169694/148‑1 (MQ=255) aCGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGa > 7:247364/1‑149 (MQ=255) aGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGa < 1:54262/149‑1 (MQ=255) ggTTGTCGATACCGTTGAGCTGCGGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGAc < 8:72867/149‑1 (MQ=255) tCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGGAGGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAgg < 1:58049/149‑1 (MQ=255) gATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGcc < 3:296318/148‑1 (MQ=255) gTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTg < 4:118676/103‑1 (MQ=255) gTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTg > 3:118676/1‑103 (MQ=255) ctgctCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACtt < 8:138086/102‑2 (MQ=255) ctgctCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTg > 7:138086/1‑102 (MQ=255) tgctCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGc > 4:184619/1‑111 (MQ=255) ctCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCAcc > 4:164595/1‑148 (MQ=255) ctCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCAc < 6:53369/147‑1 (MQ=255) ctCGATCACCTGCACCACGGGGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAgg < 4:303884/128‑1 (MQ=255) gATCACCTGCACCCCGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCACCAAgg > 6:197916/1‑149 (MQ=255) aTCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCACCAAGGc > 6:240109/1‑149 (MQ=255) tCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCACCAAGGc > 6:197612/1‑148 (MQ=255) cTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGcccc > 5:268744/1‑123 (MQ=255) cTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGcccc < 6:268744/123‑1 (MQ=255) caccacGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGAt < 6:247381/108‑1 (MQ=255) caccacGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGAt > 5:247381/1‑108 (MQ=255) accacGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCACCAAGGCGATCACCCa < 8:247364/149‑1 (MQ=255) ccacGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCACCAAGGCGATCACCCAg > 5:74815/1‑149 (MQ=255) ccacGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCACCAAGGCGATCACCCAg < 5:240109/149‑1 (MQ=255) cacGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTcaccgtggtgcaggtgatcgagcagcagctcaacggtatcgacaacctgcgttatgtgtcgtcggaaa < 2:44149‑M2/110‑69 (MQ=255) cacGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTcaccgtggtgcaggtgatcgagcagcagctcaacggtatcgacaacctgcgttatgtgtcgtcggaaa > 1:44149‑M2/1‑42 (MQ=255) cacGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCACCAAGGCGATCACCCAgg < 2:49739/149‑1 (MQ=255) cacGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCACCAAGGCGATCACCCAgg > 7:148586/1‑149 (MQ=255) acGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTcaccgtggtgcaggtgatcgagcagcagctcaacggtatcgacaacctgcgttatgtgtcgtcggaaagtaactccgacggcagcatgaccattaccgccaccttcg < 2:44339‑M2/148‑108 (MQ=255) gtgtCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCa < 2:125055/121‑1 (MQ=255) gtgtCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCa > 1:125055/1‑121 (MQ=255) gTGacctacccgggcgcctcggcgcaaaccgtgcaggacaccgtggtgcaggtgatcgagcagcagctcaacggtatcgacaacctgcgttatgtgtcgtcggaaagtaactccgacggcagcatgaccattaccgccaccttcgaaca < 5:169747‑M1/149‑147 (MQ=255) gTGacctacccgggcgcctcggcgcaaaccgtgcaggacaccgtggtgcaggtgatcgagcagcagctcaacggtatcgacaacctgcgttatgtgtcgtcggaaagtaactccgacggcagcatgaccattaccgccaccttcgaaca < 1:49739‑M1/149‑147 (MQ=255) tgtCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTcaccgtggtgcaggtgatcgagcagcagctcaacggtatcgacaacctgcgttatgtgtcgtcggaaagtaactccgacggcagcatgaccattaccgccaccttcgaacag > 1:44339‑M2/1‑37 (MQ=255) | TCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTGCCGTCGGAGTTACTTTCCG‑‑ACGACACATAACGCAGGTTGTCGATACCGTTGAGCTGCTGCTCGATCACCTGCACCACGGTGTCCTGCACGGTTTGCGCCGAGGCGCCCGGGTAGGTCACGGCGATGGCGATGGCTGGCGGCGCGATACTGG‑GGTACTGGTTGATCGGCAGCTTCAGGATGGACAAGGCCCCGACCAGCATGATCACCAAGGCGATCACCCAGGCGAA > NC_002947/1581072‑1581366 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |