New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1917222 = | 52 (0.980) | 6 (0.120) | 4/232 | NT | 11.6% | coding (1003/1083 nt) | PP_1718 | EAL domain‑containing diguanylate phosphodiesterase |
? | NC_002947 | 1917301 = | 44 (0.910) | coding (924/1083 nt) | PP_1718 | EAL domain‑containing diguanylate phosphodiesterase |
GTTCGGGTGTTCGAGTACAGCTATCCCGAAACGGCCTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCTGTGAATCAACCCGCACCCCCTGCCATCGG > NC_002947/1917078‑1917353 | caaccgacagtgcacttgaatgccacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTc > 7:293422‑M1/145‑149 (MQ=255) caaccgacagtgcacttgaatgccacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTc < 1:307004‑M1/5‑1 (MQ=255) ttCGGGTGTTCGAGTACAGCTATCCCGAAACGGCCTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTcg > 7:304905/1‑149 (MQ=255) tCGGGTGTTCGAGTACAGCTATCCCGAAACGGCCTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTcgc > 5:293827/1‑149 (MQ=255) gggTGTTCGAGTACGGCTATCCCGAAACGGCCTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCgg < 6:189544/149‑1 (MQ=255) cgacagtgcacttgaatgccacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgattgcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGCgg > 2:307004‑M1/141‑149 (MQ=255) cgacagtgcacttgaatgccacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGCgg > 8:27470‑M1/141‑149 (MQ=255) gacagtgcacttgaatgccacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggatgcattggaagtggtggatgccgatggcagggggagagggttgattaacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGAggg < 3:192108‑M1/10‑1 (MQ=255) ttCGAGTACAGCTATCCCGAAACGGCCTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTaa < 2:169370/148‑1 (MQ=255) ttgaatgccacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGCGGGTTCACCCGc < 8:247712‑M1/19‑1 (MQ=255) ttgaatgccacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGCGGGTAAACCCGCt < 1:192335‑M1/20‑1 (MQ=255) tgccacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGCGGGTTcacccgcgaatag > 7:247712‑M1/125‑143 (MQ=255) tATCCCGAAACGGCCTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg > 3:275357/1‑149 (MQ=255) ccacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGCgg < 8:175219‑M1/9‑1 (MQ=255) ccacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGCgg > 7:175219‑M1/123‑131 (MQ=255) cacgatcgggcagctgctggagctgtttggccgataccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTc > 8:179428‑M1/122‑126 (MQ=255) ccGAAACGGCCTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCt > 1:332277/1‑148 (MQ=255) ccGAAAAGGCCTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGAGGTGACCCTGAGCTAAAAGGCACCACCTTCTCGCCAATTTCCACCCGTCGATCTCCGTTGCCGCCGCCACCGAATTCCCGGTTAAAACCGCAccaaacc > 2:104086/1‑141 (MQ=25) cGAAACGGCCTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCtga < 5:94503/149‑1 (MQ=255) cTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCtgattggtgatt < 2:332277/149‑1 (MQ=255) gAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCtgattggtgattgg > 5:54290/1‑149 (MQ=255) aaGCGTTGCCCATTCCATCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCtgattggtgattgg < 8:112920/148‑1 (MQ=255) aaGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCtgattggtgattg < 7:186615/147‑1 (MQ=255) aGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGc < 8:304905/149‑1 (MQ=255) gTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGcaca < 6:293827/149‑1 (MQ=255) gTTGCCCATTACAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGca > 2:271798/1‑147 (MQ=255) ccAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCg > 6:169063/1‑147 (MQ=255) ccAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGt < 4:275357/148‑1 (MQ=255) cAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAgg < 4:78413/140‑1 (MQ=255) cAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAgg > 3:78413/1‑140 (MQ=255) gCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCtgattggtgattg > 5:231165/1‑130 (MQ=255) gCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCtgattggtgattg < 6:231165/130‑1 (MQ=255) cTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGc < 7:68393/149‑1 (MQ=255) cTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGc > 2:291794/1‑149 (MQ=255) cTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGc < 1:291794/149‑1 (MQ=255) ccagcacctggaggcattggaagtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCg > 2:192335‑M1/86‑148 (MQ=255) ttCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCtgattggtgatt < 8:102467/124‑1 (MQ=255) ttCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCtgattggtgatt > 7:102467/1‑124 (MQ=255) gTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGCGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTc < 6:54290/149‑1 (MQ=255) gtggtgACGATGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCAAGCTTCGTTCTGCTTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTTAACCCGCTCCTACGCCTTATTGGTGATTTGTAACAGGCCCCCGTAGGAGCggt < 4:347881/139‑2 (MQ=21) gtggtgACCATGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCAACCGTCGTTCTCCGTTTCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCAGTAGGAGCggg > 3:347881/1‑139 (MQ=255) cTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACGCCTGATTTGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCg > 3:325323/1‑149 (MQ=255) agtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGc > 5:250586‑M1/65‑126 (MQ=255) agtggtggatgccgatggcagggggtgcgggttgattcacagggatgcgctgcctgtgccggccTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGc < 6:250586‑M1/62‑1 (MQ=255) ggCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAgc < 5:169063/149‑1 (MQ=255) gCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAgcg > 6:139660/1‑149 (MQ=255) gCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAgcg > 8:203178/1‑149 (MQ=255) aGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTa < 5:176891/108‑1 (MQ=255) aGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTa > 6:176891/1‑108 (MQ=255) gCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATcc < 5:139660/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCGACGGCGGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCCAATAGGCCGGCCCCGGCAGCGCATccc > 4:289618/1‑149 (MQ=25) ctgGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCtgt < 7:203178/148‑1 (MQ=255) ctgGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCtgt < 1:271798/148‑1 (MQ=255) ctgGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCtg < 3:289618/147‑1 (MQ=255) gCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCTGTGaa < 5:219941/148‑1 (MQ=255) cAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCTGTGAATc > 5:163708/1‑148 (MQ=255) cAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCCGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCTGTGAATc > 1:249190/1‑148 (MQ=255) aCCCGTCGTTCTCCGTTTCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAgg < 3:334258/121‑1 (MQ=255) cccGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCCGGTAAAACCCCACCAAAGCCAGATTTGTGATTTGGCACCCGCCCCCCTAAGAGCGGGTTAACCCCCGAAAAAGCCCGCACAAGCAGCCCAAACCAGTGAATAAAACCCCAcc > 4:172217/1‑149 (MQ=255) gtcgtTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGcaca > 3:268566/1‑115 (MQ=255) gtcgtTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGcaca < 4:268566/115‑1 (MQ=255) cGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCTGTGAATCAACCCGCACCCCCTGCCATCgg > 1:44638/1‑149 (MQ=255) cGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCTGTGa > 2:51496/1‑124 (MQ=255) cGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCTGTGa < 1:51496/124‑1 (MQ=255) gccgccgccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAg > 8:115878/1‑71 (MQ=255) gccgccgccACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAg < 7:115878/71‑1 (MQ=255) | GTTCGGGTGTTCGAGTACAGCTATCCCGAAACGGCCTGAAGCGTTGCCCATTCCAGCCTATTCGTTATAGGTGGTGACCCTGAGCGAAAAGGCAGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGTCGTTCTCCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGATTGGTGATTGGGCACAGGCCCCCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGCACAGGCAGCGCATCCCTGTGAATCAACCCGCACCCCCTGCCATCGG > NC_002947/1917078‑1917353 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |