| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4575531 | 25 (0.470) | 4 (0.080) | 4/234 | NT | 15.1% | intergenic (+49/‑73) | glgX/ybhP‑II | glycogen debranching enzyme/phosphohydrolase |
| ? | NC_002947 | = 4575558 | 22 (0.450) | intergenic (+76/‑46) | glgX/ybhP‑II | glycogen debranching enzyme/phosphohydrolase | |||||
CCGGAGTTGCGCAAGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGCCTGCGGGTA > NC_002947/4575384‑4575675 | ccggAGTTGCGCAAGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑g < 5:276977/149‑1 (MQ=255) ggAGTTGCGCAAGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGt < 5:2113/149‑1 (MQ=255) ggAGTTGCGCAAGGGGCAGCACCTGCAATTCGAAAGTACGTGCGAGGTGAAGGGTCGGGCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTTATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGt < 7:304020/149‑1 (MQ=255) ctttGCGCACGGGGCAGCACCTGCAATTCGTTAGTCCGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTgg < 7:221204/147‑1 (MQ=255) cgcAAGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACg < 4:202496/149‑1 (MQ=255) cgaaaGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTTAAGTGTAGGTCTATGATGCTGATGTTGTTTCAGTACGACGAGGAGTGAAAGGTGATAGACCAGGCAGGTCCTACGTTTAGATCGCCACGACAAACCA‑GGTGGGAACg > 4:189827/4‑149 (MQ=255) gcAAGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTAGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTAGGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACgg < 7:171193/149‑1 (MQ=255) gcAAGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGGTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGCTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑CGAGGGAACgg > 7:144907/1‑149 (MQ=255) cAAGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCCtgtgggggccgg > 6:226001‑M1/1‑137 (MQ=255) cAAGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGgt > 7:148379/1‑149 (MQ=255) aaGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGt < 5:234103/139‑1 (MQ=255) aaGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGt > 6:234103/1‑139 (MQ=255) gcagcaCCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTgg > 4:153100/1‑136 (MQ=255) gcagcaCCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTgg < 3:153100/136‑1 (MQ=255) aCCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGcccc > 7:294105/1‑149 (MQ=255) aaTTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgg > 8:148379‑M2/1‑147 (MQ=255) gATAGTACGTGCGAGTGGAAGGGGCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGATGAGGGAACGGTGATAGCCCAGGCATGTCCTACTTTTTTATCGCCCCGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgggtttg > 3:189827‑M2/1‑142 (MQ=255) aCGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGTTCGCCAGGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑TGCCCCCACAGGGTTTggcggc < 3:164149/148‑1 (MQ=255) gTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgg > 8:328800‑M2/1‑134 (MQ=255) gTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgg < 7:328800‑M2/136‑3 (MQ=255) gAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑TGTGGGGGCCG‑GTACAC‑CGTTCCCACCgggtttggcgtggcgatc > 5:226001‑M2/1‑130 (MQ=255) gAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAgg > 5:139171/1‑147 (MQ=255) gtcgATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGa < 6:301992/130‑1 (MQ=255) gATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCa < 5:256992/149‑1 (MQ=255) ctgATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGt > 6:263058/1‑82 (MQ=255) ctgATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGt < 5:263058/82‑1 (MQ=255) cAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTc > 1:305637/1‑148 (MQ=255) cgacgaGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAggg > 3:2036/1‑116 (MQ=255) gacgaGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCCtgtgggggccggtacaccgttcccaccgggtttg > 6:211720‑M1/1‑61 (MQ=255) gacgaGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCCtgtgggggccggtacaccgttcccaccgggtttg < 5:211720‑M1/95‑35 (MQ=255) ccAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCCGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGACGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGt > 5:72286/1‑148 (MQ=255) caggcaggTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCaggag > 1:331135/1‑104 (MQ=255) aggcaggTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCg < 1:226986/118‑1 (MQ=255) aggcaggTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCg > 2:226986/1‑118 (MQ=255) ggcaggTCCTACGTTGGGATCGCCACGCCAAACCC‑GGGGGTAACGGGGTAC‑C‑GGCCCCCACTGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGc < 6:139171/149‑1 (MQ=255) gcggttCCTATGTTGTTCTCGCC‑CCCCAAACCCGGGTTGTATGGGTTTCC‑C‑GCCCCCCAGTGTTTGTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGc < 2:305637/143‑1 (MQ=255) tCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑CGGGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGc > 1:82706/1‑149 (MQ=255) cTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGcc > 7:277262/1‑142 (MQ=255) cTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGcc < 8:277262/142‑1 (MQ=255) aCGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCgg > 3:230239/1‑149 (MQ=255) cGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTc > 1:13212/1‑126 (MQ=255) cGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTc > 1:18770/1‑126 (MQ=255) gATCGCCACGCCAAACCCggtgggaacggtgtaccggcccccacagggtttggcgtggcgatcacaacgtaggacctgcctgggctatcaccgttcactcctcgtcgtactgcaacaccatcagcagcatcgaccgacccttcacctc > 5:226001‑M1/1‑18 (MQ=255) ccacgccaAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGcc > 5:92131/1‑149 (MQ=255) caAACCCtgtgggggccggtacaccgttcccaccgggtttggcggggcgataaaaaagtaggacatgcctgggctatcaccgttccctcatcgtcgtactgcaacaccatcagcagcatcgaccgccccttccactcgcacgtactatc > 3:189827‑M1/1‑7 (MQ=255) caAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgggtttggcgtggcgatcacaacgtaggacctgcctgggctatcaccgttcactcctcgtc < 5:211720‑M2/95‑62 (MQ=255) caAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgggtttggcgtggcgatcacaacgtaggacctgcctgggctatcaccgttcactcctcgtc > 6:211720‑M2/1‑34 (MQ=255) cctgtgggggccggtacaccgttcccaccgggtttggcgtggcgatcacaacgtaggacctgcctgggctatcaccgttcactcctcgtcgtactgcaacaccatcagcagcatcgaccgacccttcacctcgaacgtactatcgaatt > 8:148379‑M1/1‑2 (MQ=255) cctgtgggggccggtacaccgttcccaccgggtttggcgtggcgatcacaacgtaggacctgcctgggctatcaccgttcactcctcgtcgtactgcaacaccatcagcagcatcgaccgacccttcacctcgaac < 7:328800‑M1/136‑135 (MQ=255) cctgtgggggccggtacaccgttcccaccgggtttggcgtggcgatcacaacgtaggacctgcctgggctatcaccgttcactcctcgtcgtactgcaacaccatcagcagcatcgaccgacccttcacctcgaac > 8:328800‑M1/1‑2 (MQ=255) | CCGGAGTTGCGCAAGGGGCAGCACCTGCAATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGCCTGCGGGTA > NC_002947/4575384‑4575675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |