| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4575531 | 25 (0.470) | 4 (0.080) | 4/234 | NT | 15.1% | intergenic (+49/‑73) | glgX/ybhP‑II | glycogen debranching enzyme/phosphohydrolase |
| ? | NC_002947 | = 4575558 | 22 (0.450) | intergenic (+76/‑46) | glgX/ybhP‑II | glycogen debranching enzyme/phosphohydrolase | |||||
AATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGCCTGCGGGTACTGACGGTGAATACCCACAAGGGCTTCA > NC_002947/4575412‑4575703 | aaTTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgg > 8:148379‑M2/1‑147 (MQ=255) gATAGTACGTGCGAGTGGAAGGGGCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGATGAGGGAACGGTGATAGCCCAGGCATGTCCTACTTTTTTATCGCCCCGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgggtttg > 3:189827‑M2/1‑142 (MQ=255) aCGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGTTCGCCAGGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑TGCCCCCACAGGGTTTggcggc < 3:164149/148‑1 (MQ=255) gTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgg > 8:328800‑M2/1‑134 (MQ=255) gTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgg < 7:328800‑M2/136‑3 (MQ=255) gAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑TGTGGGGGCCG‑GTACAC‑CGTTCCCACCgggtttggcgtggcgatc > 5:226001‑M2/1‑130 (MQ=255) gAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAgg > 5:139171/1‑147 (MQ=255) gtcgATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGa < 6:301992/130‑1 (MQ=255) gATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCa < 5:256992/149‑1 (MQ=255) cAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTc > 1:305637/1‑148 (MQ=255) cgacgaGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAggg > 3:2036/1‑116 (MQ=255) ccAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCCGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGACGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGt > 5:72286/1‑148 (MQ=255) caggcaggTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCaggag > 1:331135/1‑104 (MQ=255) aggcaggTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCg > 2:226986/1‑118 (MQ=255) aggcaggTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCg < 1:226986/118‑1 (MQ=255) ggcaggTCCTACGTTGGGATCGCCACGCCAAACCC‑GGGGGTAACGGGGTAC‑C‑GGCCCCCACTGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGc < 6:139171/149‑1 (MQ=255) gcggttCCTATGTTGTTCTCGCC‑CCCCAAACCCGGGTTGTATGGGTTTCC‑C‑GCCCCCCAGTGTTTGTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGc < 2:305637/143‑1 (MQ=255) tCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑CGGGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGc > 1:82706/1‑149 (MQ=255) cTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGcc < 8:277262/142‑1 (MQ=255) cTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGcc > 7:277262/1‑142 (MQ=255) aCGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCgg > 3:230239/1‑149 (MQ=255) cGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTc > 1:18770/1‑126 (MQ=255) cGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTc > 1:13212/1‑126 (MQ=255) ccacgccaAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGcc > 5:92131/1‑149 (MQ=255) caAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgggtttggcgtggcgatcacaacgtaggacctgcctgggctatcaccgttcactcctcgtc > 6:211720‑M2/1‑34 (MQ=255) caAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAgggtttggcgtggcgatcacaacgtaggacctgcctgggctatcaccgttcactcctcgtc < 5:211720‑M2/95‑62 (MQ=255) gtgtGAACGGTTTCG‑G‑GGCCCCCTTAGGTTTTGGCGGCGAGAGTGAGGGAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGCCTGCGGGTACTGACg < 6:72286/149‑1 (MQ=255) ggacgggTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGTTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGCGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGCCTGCGGGTACTGACGGt < 7:158294/143‑1 (MQ=255) gtAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGCCTGCGGGTACTGACGGTGa > 4:164098/1‑142 (MQ=255) gtAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGCCTGCGGGTACTGACGGTGa < 3:164098/142‑1 (MQ=255) c‑c‑GGCCCCCACAgggtttggcgtggcgatcacaacgtaggacctgcctgggctatcaccgttcactcctcgtcgtactgcaacaccatcagcagcatcgaccgacccttcacctcgaacgtactatcgaattgcaggtgctgccccttg > 6:226001‑M2/1‑12 (MQ=255) ggCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGCCTGCGGGTACTGACGGTGAATACCCACAAgg > 6:68582/1‑149 (MQ=255) cacaGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGCCTGCGGGTACTGACGGTGAATACCCACAAGGGCTTCa > 4:204953/1‑149 (MQ=255) | AATTCGATAGTACGTTCGAGGTGAAGGGTCGGTCGATGCTGCTGATGGTGTTGCAGTACGACGAGGAGTGAACGGTGATAGCCCAGGCAGGTCCTACGTTGTGATCGCCACGCCAAACCC‑GGTGGGAACGGTGTAC‑C‑GGCCCCCACAGGGTTTGGCGGCGACAGTGAGGCAGGGTTAACTTCAGGAGGAATCGTGAGCCTCGAAGCCGGCAGTAATGGTTTCGCCAGCGTCAGCCAGGCCCCGGCCGTGAAACGCCTGCGGGTACTGACGGTGAATACCCACAAGGGCTTCA > NC_002947/4575412‑4575703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |