New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5178038 | 37 (0.700) | 3 (0.060) | 3/236 | NT | 7.2% | coding (450/486 nt) | PP_4554 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 5178060 | 43 (0.880) | coding (428/486 nt) | PP_4554 | hypothetical protein |
CTCGGCCAGGTCGAAATCACCCAGCAAGCGGATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCAAAGCTGATCACGGCGGTCATGAAGGCC > NC_002947/5177892‑5178182 | ctcGGCCAGGTCGAAATCACCCAGCAAGCGGATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCg < 4:17208/149‑1 (MQ=255) ctcGGCCAGGTCGAAATCACCCAGCAAGCGGATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCg > 2:17675/1‑149 (MQ=255) cGGCCAGGTCGAAATCACCCAGCAAGCGGATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAAGCGGt > 2:316153/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGAAATCACCCAGCAAGCGGATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCa < 2:272954/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCGAAATCACCCAGCAAGCGGATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAAGCGGTCCa < 1:316153/149‑1 (MQ=255) aTCACCCAGCAAGCGGATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTcc < 4:148204/149‑1 (MQ=255) gCAAGCGGATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCa < 4:87396/144‑1 (MQ=255) gCAAGCGGATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAgagat > 3:87396/1‑145 (MQ=255) ggATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGgctggggagaaagcctggaccgcctggtgga < 4:343809‑M1/149‑32 (MQ=255) gATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGaa < 4:266905/149‑1 (MQ=255) cAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCcctg < 5:253794‑M2/131‑5 (MQ=255) cAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCcctg > 6:253794‑M2/1‑127 (MQ=255) gccgcGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATttc > 3:100822/1‑138 (MQ=255) gccgcGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATttc < 4:100822/138‑1 (MQ=255) cgACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCa < 2:73736/149‑1 (MQ=255) tCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGgctggggagaaagcctggaccgcctggtgg < 4:236553‑M1/119‑31 (MQ=255) tCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGgctggggagaaagcctggaccgcctggtgg > 3:236553‑M1/1‑89 (MQ=255) tCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCg > 5:318828/1‑149 (MQ=255) tACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTc < 1:17675/149‑1 (MQ=255) tgcccgactgatggccgcactggcccaggtgcgtgccgaagtcgGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCttt > 7:267555‑M2/45‑87 (MQ=255) tgcccgactgatggccgcactggcccaggtgcgtgccgaagtcgGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCttt < 8:267555‑M2/43‑1 (MQ=255) ccgactgatggccgcactggcccaggtgcgtgccgaagtcgGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCTCAGCCCtggtgg < 3:294853‑M2/60‑1 (MQ=255) ccgactgatggccgcactggcccaggtgcgtgccgaagtcgGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCTCAGCCCtggtgg > 4:294853‑M2/42‑101 (MQ=255) ccgactgatggccgcactggcccaggtgcgtgccgaagtcgGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAg > 5:80423‑M2/42‑149 (MQ=255) TTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCCCCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACg < 2:43245‑M1/149‑1 (MQ=255) gcacgcacCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCg < 6:318828/149‑1 (MQ=255) actcacCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGAGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGACGCCCAGTTCTTCATGGGCCCGGCAGGCGGTGGCAGTCCAGAGCCAGGCACGGGCGgt > 6:14461/4‑149 (MQ=255) acgcacCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGgt < 6:42451/149‑1 (MQ=255) acCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAg > 3:192469/1‑149 (MQ=255) cTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCg > 4:204146/1‑149 (MQ=255) cTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCAAGGAACGTGCGGTGTAGCg > 6:260085/1‑149 (MQ=255) ggCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCCGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCgg < 7:177550/147‑1 (MQ=255) gCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGtt > 1:94614/1‑149 (MQ=255) ccAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGc < 6:160973/129‑1 (MQ=255) cAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCg > 8:105548/1‑135 (MQ=255) cAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCg < 7:105548/135‑1 (MQ=255) tgcgtgccgaagtcgGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGcc < 6:80423‑M2/134‑1 (MQ=255) ccATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGtt < 3:204146/149‑1 (MQ=255) gtcgGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGAGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGt > 5:86807‑M2/5‑149 (MQ=255) gGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCa > 7:153604‑M2/2‑148 (MQ=255) ggCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTg < 7:132683/104‑1 (MQ=255) ggCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTg > 8:132683/1‑104 (MQ=255) ggCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCa > 1:325121/1‑147 (MQ=255) cATCCGCTGGGTCACCACATCCACCAGGCGGTCCTGGCTTTCTCCCCCGCCCTGGTGTAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCAAAGc < 8:153604/149‑1 (MQ=255) aTCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCAc > 8:303984/1‑109 (MQ=255) aTCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCAc < 7:303984/109‑1 (MQ=255) cGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCAAAGCTGAt < 4:163275/149‑1 (MQ=255) cTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCAAAGCTGATCa < 4:192469/149‑1 (MQ=255) ggTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCAAAGCTGATCAcag < 2:325121/149‑3 (MQ=255) tCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCACATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCAAAGc > 6:44674/1‑138 (MQ=255) accTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTg < 2:179401/119‑1 (MQ=255) accTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCAATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTg > 1:179401/1‑119 (MQ=255) tCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCcctggtggaggtggtgacccagcggatgcccgactgatggccgcactggcccaggtgcgtgccgaagtcgaggctgtgtaccggcaggagtcgcggcgcatactggcgacactgatcc < 4:343809‑M2/149‑119 (MQ=255) tCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCAAAGCTGATCACGGCGGTCATg > 6:110032/1‑147 (MQ=255) ccaccaGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCcctggtggaggtggtgacccagcggatgcccgactgatggccgcactggcccaggtgcgtgccgaagtcgaggctgtgtaccggcagga < 4:236553‑M2/119‑90 (MQ=255) ccaccaGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCcctggtggaggtggtgacccagcggatgcccgactgatggccgcactggcccaggtgcgtgccgaagtcgaggctgtgtaccggcagga > 3:236553‑M2/1‑30 (MQ=255) caccaGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTTGCATTAAAGTGCCAGCCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCACTGTTCCTCGTCAAAGCTTAAAACGGCGGTCATCAAg > 4:252338/1‑148 (MQ=255) ccaGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCAAAGCTGATCACGGCGGTCATGAAGGcc < 1:43245/149‑1 (MQ=255) caGGgctggggagaaagcctggaccgcctggtggaggtggtgacccagcggatgcccgactgatggccgcactggcccaggtgcgtgccgaagtcgaggctgtgtaccggcaggagtcgcggcgcatactg > 6:253794‑M1/1‑4 (MQ=255) caGGgctggggagaaagcctggaccgcctggtggaggtggtgacccagcggatgcccgactgatggccgcactggcccaggtgcgtgccgaagtcgaggctgtgtaccggcaggagtcgcggcgcatactg < 5:253794‑M1/131‑128 (MQ=255) | CTCGGCCAGGTCGAAATCACCCAGCAAGCGGATCAGTGTCGCCAGTATGCGCCGCGACTCCTGCCGGTACACAGCCTCGACTTCGGCACGCACCTGGGCCAGTGCGGCCATCAGTCGGGCATCCGCTGGGTCACCACCTCCACCAGGCGGTCCAGGCTTTCTCCCCAGCCCTGGTGGAAGCCCATTTCTTCATGGGCCCGGCAGTCGGTGGCATTCCAGTGCCAGGCACGGGCGGTGTAGCGGGTTTTGCCCTGTTCCTCGTCAAAGCTGATCACGGCGGTCATGAAGGCC > NC_002947/5177892‑5178182 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |