New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5415057 | 49 (0.930) | 4 (0.080) | 4/240 | NT | 8.4% | coding (720/1392 nt) | gabP‑V | gamma‑aminobutyrate permease |
? | NC_002947 | = 5415119 | 41 (0.820) | coding (658/1392 nt) | gabP‑V | gamma‑aminobutyrate permease |
GCGGCGTTGGGGATGTTCATGATTTCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGT > NC_002947/5414917‑5415199 | gcggcgTTGGGGATGTTCATGATTTCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGc < 6:340746/149‑1 (MQ=255) ttGGGGATGTTCATGATTTCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGc > 2:167718/1‑149 (MQ=255) ttCATGATTTCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCt < 1:117459/136‑1 (MQ=255) ttCATGATTTCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCt > 2:117459/1‑136 (MQ=255) aTGATTTCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGgcagtgaccatcgccgcgtcagagtc > 8:209853‑M1/1‑123 (MQ=255) aTGATTTCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGa < 6:177469/149‑1 (MQ=255) tGATTTCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGAc > 6:232260/1‑149 (MQ=255) gATTTCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACg > 6:274238/1‑149 (MQ=255) tttCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACggg < 4:309026/149‑1 (MQ=255) tttCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACggg > 4:27030/1‑149 (MQ=255) tCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGt < 5:350649/148‑1 (MQ=255) tCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGt < 3:27030/148‑1 (MQ=255) cAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGc < 5:274238/149‑1 (MQ=255) cgcACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACg < 1:298911/140‑1 (MQ=255) cgcACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACg > 2:298911/1‑140 (MQ=255) gCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCgg < 3:70723/110‑1 (MQ=255) gCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCgg > 4:70723/1‑110 (MQ=255) gTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTg < 6:174519/139‑1 (MQ=255) gTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTg > 5:174519/1‑139 (MQ=255) aaCCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGgcagtgaccatcgccgcgtccgagtccagcgacccgtcgcgcaacatcgc > 7:279720‑M1/1‑98 (MQ=255) aaCCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGc > 3:231074/1‑132 (MQ=255) aaCCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGc < 4:231074/132‑1 (MQ=255) ccaccaCCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGCTCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATg > 3:215198/1‑149 (MQ=255) ccaccaCCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATg > 2:147312/1‑149 (MQ=255) caccacCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATgg > 6:296488/1‑149 (MQ=255) gCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGc < 1:147312/149‑1 (MQ=255) tGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCctcggt > 5:232260‑M2/1‑143 (MQ=255) gCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGa < 3:89383/96‑1 (MQ=255) gCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGa > 4:89383/1‑96 (MQ=255) gggTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGcc > 2:336706/1‑149 (MQ=255) ggTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGgcagtgaccatcgccgcgtccgagtccagcgacccgtcgcgcaacatcgccaaggccacccgctcggtgatc < 7:209853‑M1/149‑73 (MQ=255) gTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGgcagtgaccatcgccgcgtccgagtccagcgacccgtcgcgcaacatcgccaaggccacccgctcggtgat < 8:279720‑M1/147‑72 (MQ=255) gTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGa < 1:167718/149‑1 (MQ=255) ttCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGAACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATg > 1:247534/1‑147 (MQ=255) cACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACg < 3:48965/97‑1 (MQ=255) cACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACg > 4:48965/1‑97 (MQ=255) cACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCt > 2:253282/1‑149 (MQ=255) aCGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTg < 1:336706/149‑1 (MQ=255) aaaTGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGAACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGtg < 2:247534/149‑1 (MQ=255) tGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAg < 8:97122/131‑1 (MQ=255) aTCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCTGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGaa < 4:215198/149‑1 (MQ=255) tCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCGAATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGaa < 1:253282/149‑1 (MQ=255) gAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGAt > 3:41952/1‑120 (MQ=255) gAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGAt < 4:41952/120‑1 (MQ=255) aCAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACt > 4:294502/1‑149 (MQ=255) gATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATcaca > 2:276771/1‑124 (MQ=255) gATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATcaca < 1:276771/124‑1 (MQ=255) aGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAg > 4:145876/1‑149 (MQ=255) gTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACa > 3:322701/1‑109 (MQ=255) gTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACa < 4:322701/109‑1 (MQ=255) tGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGgc > 7:228160/1‑149 (MQ=255) gATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGgc > 3:347366/1‑148 (MQ=255) gCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGt > 5:305841/1‑106 (MQ=255) aGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAAccg < 5:296488/149‑1 (MQ=255) gATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCctcggtgatctggcgtatcagcaccttctacatcctgtcgatcttcgtgatcatttcggtggtgccgtggaacgacc < 7:209853‑M2/149‑78 (MQ=255) gATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAAccgc > 2:348676/1‑149 (MQ=255) aTCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCctcggtgatctggcgtatcagcaccttctacatcctgtcgatcttcgtgatcatttcggtggtgccgtggaacgac < 8:279720‑M2/147‑77 (MQ=255) cACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCACAAAAccgccg > 8:241956/1‑148 (MQ=255) aCCGAGgcagtgaccatcgccgcgtccgagtccagcgacccgtcgcgcaacatcgccaaggccacccgctcggtgatctggcgtatcagcaccttctacatcctgtcgatcttcgtgatcatttcggtggtgccgtggaacgacccgca > 5:232260‑M1/1‑6 (MQ=255) | GCGGCGTTGGGGATGTTCATGATTTCCAGCGCACGCTGGTACGAACCCACCACCGCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGT > NC_002947/5414917‑5415199 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |